Difference between revisions of "Team:TUDelft/Notebook"

Line 670: Line 670:
 
             </tr>
 
             </tr>
 
         </table>
 
         </table>
 +
  <h2>Predictable and Transferable Expression</h2>
 +
            <table id="tabletu" class="notebook">
 +
                <tr id="category">
 +
                    <th style="background-color:transparent; color:black;"></th>
 +
                    <th style="background-color:transparent; color:black;">Cloning</th>
 +
                    <th style="background-color:transparent; color:black;" colspan="3">Testing of Plasmid</th>
 +
                </tr>
 +
                <tr>
 +
                    <td class="month">April</td>
 +
                    <td></td>
 +
                    <td colspan="3"></td>
  
 +
                </tr>
 +
                <tr>
 +
                    <td class="month">May</td>
 +
                    <td></td>
 +
                    <td colspan="3"></td>
 +
 +
                </tr>
 +
                <tr>
 +
                    <td class="month">June</td>
 +
                    <td class="modalTD" >
 +
                        <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                        <button class="block modal-button" href="#myModal10">Uber Plasmid</button>
 +
 +
                        <!-- The Modal -->
 +
                        <div id="myModal10" class="modal">
 +
 +
                            <!-- Modal content -->
 +
                            <div class="modal-content">
 +
                                <div class="modal-header">
 +
                                    <span class="close">×</span>
 +
                                    <h2>Uber Plasmid</h2>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="modal-body">
 +
                                    <table>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Goal:</td>
 +
                                            <td>Construction of the Uber Plasmid</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Protocols Used:</td>
 +
                                            <td> <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Nanodrop DNA quantification</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Plasmid Isolation</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Phusion PCR</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Restriction Digestion</a>,
 +
                                                <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E.coli</i> Heat Shock Transformation</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Ligation</a>,
 +
                                                <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Colony Polymerase PCR (GoTaq)</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E. coli</i> Glycerol Stock</a>,
 +
                                                <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">DNA Gel Purification</a>,
 +
                                                <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">DNA Gel Electrophoresis</a>
 +
                                            </td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Plan:</td>
 +
                                            <td>To digest the UBER plasmid and insert a casette with GFP to make the UBER plasmid fluorescence.</td></tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Results:
 +
                                            </td>
 +
                                            <td>Check PCR did not give the right size on the gel.</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="modal-footer">
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
 +
                        </div>
 +
                    </td>
 +
                    <td colspan="3"></td>
 +
 +
                </tr>
 +
                <tr>
 +
                    <td class="month">July</td>
 +
 +
                    <td></td>
 +
                    <td colspan="3"></td>
 +
 +
                </tr>
 +
                <tr>
 +
                    <td class="month">August</td>
 +
                    <td rowspan=3 class="modalTD">
 +
                        <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                        <button class="block modal-button" href="#myModal11">MoClo Assembly</button>
 +
 +
                        <!-- The Modal -->
 +
                        <div id="myModal11" class="modal">
 +
 +
                            <!-- Modal content -->
 +
                            <div class="modal-content">
 +
                                <div class="modal-header">
 +
                                    <span class="close">×</span>
 +
                                    <h2>MoClo Assembly</h2>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="modal-body">
 +
                                    <table>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Goal:</td>
 +
                                            <td>Assembly all the different parts with MoClo</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Protocols Used:</td>
 +
                                            <td> <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Nanodrop DNA quantification</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Plasmid Isolation</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">MoClo</a>,
 +
                                                <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E.coli</i> Heat Shock Transformation</a>,
 +
                                                <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Colony Polymerase PCR (GoTaq)</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E. coli</i> Glycerol Stock</a>,
 +
                                                <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">DNA Gel Electrophoresis</a>
 +
                                                <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Sequencing</a>
 +
                                                <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Xgal Stock</a>
 +
                                            </td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Plan:</td>
 +
                                            <td>For Predictable & Transferable Expression, first, all the level 0's were constructed and then assembled in level 1 to make the following constructs:
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li>0.5 T7 p - SarJ + B0032 - TALEsp1 - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>T7 p - SarJ + B0032 - TALEsp1 - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>0.5 T7 p - RiboJ + B0032 - Juniper GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>T7_sp1 p - RiboJ + B0032 - Juniper GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>T7 p - RiboJ + B0032 - Juniper GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>0.5 T7_sp1 p - RiboJ + B0032 - Juniper GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>Pbhr - SarJ + B0032 - TALEsp1  - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>Pbhr - RiboJ + B0032 - Juniper GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>0.5 T7 p - SarJ + B0032 - TALEsp1 - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>T7 p - SarJ + B0032 - TALEsp1 - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>Pbhr - Sarj + B0032 - TALEsp1 - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>0.5 T7 p - RiboJ + B0032 - GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>0.1 T7 p - RiboJ + B0032 - GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>19bp T7 p - RiboJ + B0032 - GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>19bp 0.5 T7 p - RiboJ + B0032 - GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>19bp 0.1 T7 p - RiboJ + B0032 - GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>T7sp_sp1 p - RiboJ + B0032 - GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>Pbhr_sp1 - RiboJ + Universal RBS - GFP - WT T7 t</li>
 +
                                                    <li>T7 p - SarJ + Universal RBS - GFP - WT T7 t</li>
 +
 +
                                                </ul>
 +
 +
                                                After assembling the level 1's, the following level M's were assembled:
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li>T7p TALEsp1 - Dummy 2 - Dummy 3 - T7p TALEsp1</li>
 +
                                                    <li>T7p TALEsp1 - Dummy 2 - Dummy 3 - T7p GFP</li>
 +
                                                    <li>0.5 T7p TALEsp1 - Dummy 2 - Dummy 3 - 0.5 T7_sp1 p GFP</li>
 +
                                                    <li>0.5 T7p TALEsp1 - Dummy 2 - Dummy 3 - 0.5 T7p GFP</li>
 +
                                                    <li>0.5 T7p TALEsp1 - Dummy 2 - Dummy 3 - T7_sp1 p GFP</li>
 +
                                                    <li>T7p TALEsp1 - Dummy 2 - Dummy 3 - 0.5 T7_sp1 p GFP</li>
 +
                                                    <li>T7p TALEsp1 - T7p TALEsp1</li>
 +
                                                    <li>T7p TALEsp1 - T7p GFP</li>
 +
                                                    <li>0.5 T7p TALEsp1 - 0.5 T7_sp1 p GFP</li>
 +
                                                    <li>T7p Universal RBS TALEsp1 - T7_sp1 p Universal RBS GFP</li>
 +
                                                    <li>Pbhr Universal RBS TALEsp1 - Pbhr_sp1 Universal RBS GFP</li>
 +
                                                    <li>Pbhr Universal RBS TALEsp1 - Pbhr_sp1 v2 Universal RBS GFP</li>
 +
                                                    <li>Pbhr Universal RBS TALEsp1 - Pbhr Universal RBS GFP</li>
 +
                                                    <li>Pbhr SarJ B00032 TALEsp1 - Pbhr Universal GFP</li>
 +
                                                </ul>
 +
 +
                                            </td></tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Results:
 +
                                            </td>
 +
                                            <td>To be added</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="modal-footer">
 +
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
 +
                        </div>
 +
                    <td colspan="3"></td>
 +
 +
                </tr>
 +
<tr>
 +
                    <td class="month">September</td>
 +
                   
 +
                    <td rowspan=2 class="modalTD">
 +
                        <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                        <button class="block modal-button" href="#myModal12">Copy Number Independence</button>
 +
 +
                        <!-- The Modal -->
 +
                        <div id="myModal12" class="modal">
 +
 +
                            <!-- Modal content -->
 +
                            <div class="modal-content">
 +
                                <div class="modal-header">
 +
                                    <span class="close">×</span>
 +
                                    <h2>Copy Number Independence</h2>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="modal-body">
 +
                                    <p>Some text in the Modal Body</p>
 +
                                    <p>Some other text...</p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="modal-footer">
 +
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
 +
                        </div>
 +
                    </td>
 +
                    <td rowspan=2 class="modalTD">
 +
                        <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                        <button class="block modal-button" href="#myModal13">Transcriptional Variance Independence</button>
 +
 +
                        <!-- The Modal -->
 +
                        <div id="myModal13" class="modal">
 +
 +
                            <!-- Modal content -->
 +
                            <div class="modal-content">
 +
                                <div class="modal-header">
 +
                                    <span class="close">×</span>
 +
                                    <h2>Transcriptional Variance Independence</h2>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="modal-body">
 +
                                    <p>Some text in the Modal Body</p>
 +
                                    <p>Some other text...</p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="modal-footer">
 +
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
 +
                        </div>
 +
                    </td>
 +
                    <td rowspan=2 class="modalTD">
 +
                        <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                        <button class="block modal-button" href="#myModal14">Translation Variance Independence</button>
 +
 +
                        <!-- The Modal -->
 +
                        <div id="myModal14" class="modal">
 +
 +
                            <!-- Modal content -->
 +
                            <div class="modal-content">
 +
                                <div class="modal-header">
 +
                                    <span class="close">×</span>
 +
                                    <h2>Translation Variance Independence</h2>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="modal-body">
 +
                                    <p>Some text in the Modal Body</p>
 +
                                    <p>Some other text...</p>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="modal-footer">
 +
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
 +
                        </div>
 +
                    </td>
 +
                </tr>
 +
               
 +
                <tr>
 +
                    <td class="month">October</td>
 +
                 
 +
                </tr>
 +
            </table>
 
     </div>
 
     </div>
  

Revision as of 13:55, 27 September 2019

Sci-Phi 29

Orthogonal Replication


Cloning Testing of Plasmid
April
May
June
July
August
September
October

Predictable and Transferable Expression

Cloning Testing of Plasmid
April
May
June
July
August
September
October