Difference between revisions of "Team:TUDelft/Notebook"

Line 8: Line 8:
 
         <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
 
         <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
 
         <style>
 
         <style>
 +
 +
            #tabletu {
 +
                background-color: transparent;
 +
                border-collapse: collapse;
 +
                width:100%;
 +
            }
 +
 +
            #tabletu td, th {
 +
                border: 1px solid #000000;
 +
                padding: 8px;
 +
            }
 +
 +
            #tabletu th {
 +
                padding: 8px;
 +
                text-align: left;
 +
                border: 1px solid #000000; 
 +
                background-color: rgba(0,110,167,1);
 +
                color: white;
 +
            }
 +
 +
            .modalTD {padding: 0!important;
 +
            background-color: #00a6d6;
 +
            }
 +
       
 
             /* The Modal (background) */
 
             /* The Modal (background) */
 
             .modal {
 
             .modal {
Line 13: Line 37:
 
                 position: fixed; /* Stay in place */
 
                 position: fixed; /* Stay in place */
 
                 z-index: 1; /* Sit on top */
 
                 z-index: 1; /* Sit on top */
−
                 padding-top: 100px; /* Location of the box */
+
                 padding-top: 10px; /* Location of the box */
 
                 left: 0;
 
                 left: 0;
 
                 top: 0;
 
                 top: 0;
Line 25: Line 49:
 
             /* Modal Content */
 
             /* Modal Content */
 
             .modal-content {
 
             .modal-content {
 +
                position: relative;
 
                 background-color: #fefefe;
 
                 background-color: #fefefe;
 
                 margin: auto;
 
                 margin: auto;
−
                 padding: 20px;
+
                 padding: 0px;
 
                 border: 1px solid #888;
 
                 border: 1px solid #888;
 
                 width: 80%;
 
                 width: 80%;
 +
                box-shadow: 0 4px 8px 0 rgba(0,0,0,0.2),0 6px 20px 0 rgba(0,0,0,0.19);
 +
                -webkit-animation-name: animatetop;
 +
                -webkit-animation-duration: 0.4s;
 +
                animation-name: animatetop;
 +
                animation-duration: 0.4s
 
             }
 
             }
−
            .modalTD {padding: 0!important;}
 
−
            .modalTD button {height: 65px!important;}
 
  
−
             #tabletu.modal td {
+
             /* Add Animation */
−
                 padding:0px;
+
            @-webkit-keyframes animatetop {
 +
                 from {top:-300px; opacity:0}
 +
                to {top:0; opacity:1}
 
             }
 
             }
 +
 +
            @keyframes animatetop {
 +
                from {top:-300px; opacity:0}
 +
                to {top:0; opacity:1}
 +
            }
 +
 
             /* The Close Button */
 
             /* The Close Button */
 
             .close {
 
             .close {
−
                 color: #aaaaaa;
+
                 color: black;
 
                 float: right;
 
                 float: right;
 
                 font-size: 28px;
 
                 font-size: 28px;
Line 47: Line 83:
 
             .close:hover,
 
             .close:hover,
 
             .close:focus {
 
             .close:focus {
−
                 color: #000;
+
                 color: white;
 
                 text-decoration: none;
 
                 text-decoration: none;
 
                 cursor: pointer;
 
                 cursor: pointer;
Line 55: Line 91:
 
                 border-collapse: collapse;
 
                 border-collapse: collapse;
 
                 width:70%;}
 
                 width:70%;}
−
            .notebook td:hover {background-color: #ddd;}
 
  
 +
            .notebook td.modalTD:hover .block:hover {background-color: yellow;
 +
                            color: black;}
 
             .notebook td, .notebook th {
 
             .notebook td, .notebook th {
 
                 border: 1px solid #ddd;
 
                 border: 1px solid #ddd;
Line 64: Line 101:
 
                 display: block;
 
                 display: block;
 
                 width: 100%;
 
                 width: 100%;
 +
                height:100%;
 
                 border: none;
 
                 border: none;
−
                 background-color: rgba(0, 166, 214, 1);
+
                 background-color: #00a6d6;
 
                 padding: 14px 28px;
 
                 padding: 14px 28px;
 
                 font-size: 16px;
 
                 font-size: 16px;
Line 71: Line 109:
 
                 text-align: center;
 
                 text-align: center;
 
                 box-sizing: border-box;
 
                 box-sizing: border-box;
−
            }
 
−
 
−
            .block:hover {
 
−
                background-color: #ddd;
 
−
                color: black;
 
 
             }
 
             }
 
             .month {
 
             .month {
 
                 text-align: center;
 
                 text-align: center;
 +
                font-weight: bold;
 
             }         
 
             }         
 
             #category {
 
             #category {
 
                 padding:8px;
 
                 padding:8px;
 +
                background-color: transparent;
 +
            }
 +
            .modal-header {
 +
                padding: 30px 30px;
 +
                background-color: yellow  ;
 +
           
 +
            }
 +
            .modal-body {padding: 20px 16px;
 +
            overflow-y: auto;
 +
                height:230px;
 +
            }
 +
 +
            .modal-footer {
 +
                padding: 30px 16px;
 +
                background-color: yellow;
 +
            }
 +
            .modal-header h2 {
 +
                color:black;
 +
            }
 +
           
 +
            .modal-content table {
 +
                border-collapse: collapse;
 +
                width:100%;
 +
            }
 +
           
 +
            .modal-content tbody tr td:first-child {
 +
 +
  width: 17%;
 +
}
 +
            .modal-content a:link {
 +
                color:black;
 +
                text-decoration: none;
 +
            }
 +
            .modal-content a:hover {
 +
                color: #00A6D6;
 
             }
 
             }
 
         </style>
 
         </style>
Line 99: Line 168:
 
         </div>
 
         </div>
 
     <div class="centerjustify">
 
     <div class="centerjustify">
−
    <h2>Experiment Notebook</h2>
+
        <h2>Orthogonal Replication</h2>
−
 
+
<br>
−
         <table id="tabletu" class="notebook" style="width:100%;">
+
         <table id="tabletu" class="notebook">
 
             <tr id="category">
 
             <tr id="category">
−
                 <th ></th>
+
                 <th style="background-color:transparent; color:black;"></th>
−
                 <th id="category">Orthogonal Replication</th>
+
                 <th style="background-color:transparent; color:black;" colspan=2> Cloning</th>
−
                <th>Controlable Expression</th>
+
                 <th style="background-color:transparent; color:black;" colspan=2>Testing of Plasmid</th>
−
                 <th>Other</th>
+
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
−
                 <td rowspan=2 class="month">April</td>
+
                 <td class="month">April</td>
−
                 <td class="modalTD" bgcolor="#00a6d6"><!-- Trigger/Open The Modal -->
+
                 <td rowspan=4 class="modalTD">
−
                     <button id="myBtn2" class="block">Open Modal</button>
+
                    <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                     <button class="block modal-button" href="#myModal1">Gibson Assembly of Gene of Interest Plasmid</button>
  
 
                     <!-- The Modal -->
 
                     <!-- The Modal -->
−
                     <div id="myModal" class="modal">
+
                     <div id="myModal1" class="modal">
  
 
                         <!-- Modal content -->
 
                         <!-- Modal content -->
 
                         <div class="modal-content">
 
                         <div class="modal-content">
−
                             <span class="close">&times;</span>
+
                             <div class="modal-header">
−
                             <p>Some text in the Modal..</p>
+
                                <span class="close">×</span>
 +
                                <h2>Gibson Assembly of Gene of Interest Plasmid</h2>
 +
                             </div>
 +
                            <div class="modal-body">
 +
                              <table>
 +
                                  <tr>
 +
                                <td>Goal:</td>
 +
                                      <td>Construction of the Gene of Interest Plasmid</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Protocols Used:</td>
 +
                                  <td> <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Nanodrop DNA quantification</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Plasmid Isolation</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Phusion PCR</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Restriction Digestion</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E.coli</i> Heat Shock Transformation</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">KOD Extreme PCR</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Colony Polymerase PCR (GoTaq)</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E. coli</i> Glycerol Stock</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Gibson Assembly</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">DNA Gel Purification</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">DNA Gel Electrophoresis</a>
 +
                                    </td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Plan:</td>
 +
                                  <td>The plasmid we had contained OriL and OriR flanking GFP. We wanted to clone a kanamycin gene inside this to use as a selection marker.</td></tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Results:
 +
                                      </td>
 +
                                      <td>There were no plates with colonies, therefore Gibson Assembly has not work.</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-footer">
 +
                               
 +
                            </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
  
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </td>
 
                 </td>
−
                 <td><button id="myBtn2" class="block">Open Modal</button></td>
+
                 <td rowspan=4 class="modalTD" >
−
                 <td>Germany</td>
+
                    <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                    <button class="block modal-button" href="#myModal2">Gibson Assembly of Support Plasmid</button>
 +
 
 +
                    <!-- The Modal -->
 +
                    <div id="myModal2" class="modal">
 +
 
 +
                        <!-- Modal content -->
 +
                        <div class="modal-content">
 +
                            <div class="modal-header">
 +
                                <span class="close">×</span>
 +
                                <h2>Gibson Assembly of Support Plasmid</h2>
 +
                            </div>
 +
                              <div class="modal-body">
 +
                              <table>
 +
                                  <tr>
 +
                                <td>Goal:</td>
 +
                                      <td>Construction of the Support Plasmid</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Protocols Used:</td>
 +
                                  <td> <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Nanodrop DNA quantification</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Plasmid Isolation</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Phusion PCR</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Restriction Digestion</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E.coli</i> Heat Shock Transformation</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">KOD Extreme PCR</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Colony Polymerase PCR (GoTaq)</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E. coli</i> Glycerol Stock</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Gibson Assembly</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">DNA Gel Purification</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">DNA Gel Electrophoresis</a>
 +
                                    </td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Plan:</td>
 +
                                  <td>We had two different plasmids. One plasmid with p5 and p6 on it and one plasmid with phi 29 DNAP and phi 29 TP. We wanted to put this on one plasmid through Gibson Assembly</td></tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Results:
 +
                                      </td>
 +
                                      <td>There were no plates with colonies, therefore Gibson Assembly has not work.</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-footer">
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                    </div>
 +
                 </td>
 +
                <td colspan=2></td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
 +
                <td class="month">May</td>
  
−
                <td>Berglunds snabbköp</td>
+
 
−
                <td>Christina Berglund</td>
+
                 <td colspan=2></td>
−
                 <td>Sweden</td>
+
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
−
                 <td></td>
+
                 <td class="month">June</td>
−
                 <td>Centro comercial Moctezuma</td>
+
                 <td colspan=2></td>
−
                <td>Francisco Chang</td>
+
 
−
                <td>Mexico</td>
+
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
−
                 <td></td>
+
                 <td class="month">July</td>
−
                 <td>Ernst Handel</td>
+
 
−
                <td>Roland Mendel</td>
+
 
−
                <td>Austria</td>
+
 
 +
                 <td colspan=2 class="modalTD">
 +
                    <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                    <button class="block modal-button" href="#myModal3">Brute Force Experiments 1</button>
 +
 
 +
                    <!-- The Modal -->
 +
                    <div id="myModal3" class="modal">
 +
 
 +
                        <!-- Modal content -->
 +
                        <div class="modal-content">
 +
                            <div class="modal-header">
 +
                                <span class="close">×</span>
 +
                                <h2>Brute Force Experiments 1</h2>
 +
                            </div>
 +
                              <div class="modal-body">
 +
                              <table>
 +
                                  <tr>
 +
                                <td>Goal:</td>
 +
                                      <td>Putting all separate plasmids in and see what survives</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Protocols Used:</td>
 +
                                  <td> <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Transformation</a>,
 +
 
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">IPTG stock</a>,
 +
                                    </td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Plan:</td>
 +
                                  <td>As construction of the plasmids did not work, we just wanted to put all the separate constructs in, to see whether something would grow or not. We induced it with no IPTG, 10 µM IPTG and 50 µM IPTG. We put in the following constructs:
 +
                                      <ul>
 +
  <li>p02+p04+oriL-GFP-oriR</li>
 +
  <li>p02+oriL-GFP-oriR</li>
 +
  <li>oriL-GFP-oriR</li>
 +
                                          <li>p01+p02+p04</li>
 +
</ul></td></tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Results:
 +
                                      </td>
 +
                                      <td>Some plates grew, some not. No conclusive result.</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-footer">
 +
                               
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                    </div>
 +
                </td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
−
                 <td></td>
+
                 <td class="month">August</td>
−
                 <td>Island Trading</td>
+
                 <td rowspan=2 colspan=2 class="modalTD">
−
                <td>Helen Bennett</td>
+
                    <!-- Trigger/Open The Modal -->
−
                 <td>UK</td>
+
                    <button class="block modal-button" href="#myModal4">MoClo Assembly</button>
 +
 
 +
                    <!-- The Modal -->
 +
                    <div id="myModal4" class="modal">
 +
 
 +
                        <!-- Modal content -->
 +
                        <div class="modal-content">
 +
                            <div class="modal-header">
 +
                                <span class="close">×</span>
 +
                                <h2>MoClo Assembly</h2>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-body">
 +
                              <table>
 +
                                  <tr>
 +
                                <td>Goal:</td>
 +
                                      <td>Assembly all the different parts with MoClo</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Protocols Used:</td>
 +
                                  <td> <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Nanodrop DNA quantification</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Plasmid Isolation</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">MoClo</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E.coli</i> Heat Shock Transformation</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">KOD Extreme PCR</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Colony Polymerase PCR (GoTaq)</a>, <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E. coli</i> Glycerol Stock</a>,
 +
                                    <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">DNA Gel Electrophoresis</a>
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Sequencing</a>
 +
                                    </td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Plan:</td>
 +
                                  <td>For Orthogonal Replication, first, all the level 0's were constructed and then assembled in level 1 to make the following constructs:
 +
                                        <ul>
 +
  <li>0.1 T7 p - U RBS - DNAP - WT</li>
 +
  <li>0.5 T7 p - U RBS - DNAP - WT</li>
 +
                                              <li>WT T7 p - U RBS - DNAP - WT</li>
 +
                                              <li>0.1 T7 p - U RBS - TP - WT</li>
 +
                                              <li>0.5 T7 p - U RBS - TP - WT</li>
 +
                                              <li>WT T7 p - U RBS - TP - WT</li>
 +
                                              <li>0.1 T7 p - U RBS - p5 - WT</li>
 +
                                              <li>0.5 T7 p - U RBS - p5 - WT</li> 
 +
                                              <li>WT T7 p - U RBS - p5 - WT</li>
 +
                                              <li>0.1 T7 p - U RBS - p6 - WT</li>
 +
                                              <li>0.5 T7 p - U RBS - p6 - WT</li>
 +
                                              <li>WT T7 p - U RBS - p6 - WT</li>
 +
                                              <li>0.1 T7 p - U RBS - GFP - WT</li> 
 +
                                              <li>0.5 T7 p - U RBS - GFP - WT</li>
 +
                                              <li>WT T7 p - U RBS - GFP - WT</li>
 +
</ul>
 +
                                     
 +
                                      </td></tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Results:
 +
                                      </td>
 +
                                      <td>All composite parts are confirmed by sequencing.</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-footer">
 +
                               
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                    </div>
 +
                 </td>
 +
                <td colspan=2 class="modalTD">
 +
                    <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                    <button class="block modal-button" href="#myModal5">Toxicity Experiments 1</button>
 +
 
 +
                    <!-- The Modal -->
 +
                    <div id="myModal5" class="modal">
 +
 
 +
                        <!-- Modal content -->
 +
                        <div class="modal-content">
 +
                            <div class="modal-header">
 +
                                <span class="close">×</span>
 +
                                <h2>Toxicity Experiments 1</h2>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-body">
 +
                                <table>
 +
                                  <tr>
 +
                                <td>Goal:</td>
 +
                                      <td>Determinig what parts are toxic to the cell</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Protocols Used:</td>
 +
                                  <td>
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E.coli</i> Heat Shock Transformation</a>,
 +
                                        <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">OD600 Measurement</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">IPTG stock</a>,
 +
                                    </td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Plan:</td>
 +
                                  <td>
 +
                                        <ul>
 +
  <li>p01 (control)</li>
 +
  <li>p02</li>
 +
                                              <li>p03</li>
 +
                                              <li>p04</li>
 +
                                 
 +
</ul>
 +
                                     
 +
                                      </td></tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Results:
 +
                                      </td>
 +
                                      <td>They all died.</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-footer">
 +
                               
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                    </div>
 +
                </td>
 +
 
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
−
                 <td></td>
+
                 <td rowspan=2 class="month">September</td>
−
                 <td>Königlich Essen</td>
+
 
−
                <td>Philip Cramer</td>
+
 
−
                 <td>Germany</td>
+
                 <td rowspan=2 class="modalTD">
 +
                    <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                    <button class="block modal-button" href="#myModal6">Toxicity Experiments 2</button>
 +
 
 +
                    <!-- The Modal -->
 +
                    <div id="myModal6" class="modal">
 +
 
 +
                        <!-- Modal content -->
 +
                        <div class="modal-content">
 +
                            <div class="modal-header">
 +
                                <span class="close">×</span>
 +
                                <h2>Toxicity Experiments 2</h2>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-body">
 +
                                <table>
 +
                                  <tr>
 +
                                <td>Goal:</td>
 +
                                      <td>Determinig what parts are toxic to the cell</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Protocols Used:</td>
 +
                                  <td>
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments"><i>E.coli</i> Heat Shock Transformation</a>,
 +
                                        <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">OD600 Measurement</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">IPTG stock</a>,
 +
                                    </td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Plan:</td>
 +
                                  <td>To determine which plasmids were toxic, we put transformed the plasmids separately in BL21 pLysS and set an overnight measurement to measure OD600 to see if the cells were alive.
 +
                                        <ul>
 +
  <li>p01 (control)</li>
 +
  <li>p02</li>
 +
                                              <li>p03</li>
 +
                                              <li>p04</li>
 +
                                 
 +
</ul>
 +
                                     
 +
                                      </td></tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Results:
 +
                                      </td>
 +
                                      <td>Add link</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-footer">
 +
                               
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                    </div>
 +
                 </td>
 +
                <td rowspan =2 class="modalTD">
 +
                    <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                    <button class="block modal-button" href="#myModal7">Characterization of Level 1's</button>
 +
 
 +
                    <!-- The Modal -->
 +
                    <div id="myModal7" class="modal">
 +
 
 +
                        <!-- Modal content -->
 +
                        <div class="modal-content">
 +
                            <div class="modal-header">
 +
                                <span class="close">×</span>
 +
                                <h2>Characterization of Level 1's</h2>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-body">
 +
                                <table>
 +
                                  <tr>
 +
                                <td>Goal:</td>
 +
                                      <td>Add characterization for the parts page and see if the different promoters strength are visible</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Protocols Used:</td>
 +
                                  <td>
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">PURE System</a>,
 +
                                        <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Protein Gel</a>,
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Mass Spectrometry</a>,
 +
                                    </td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Plan:</td>
 +
                                  <td>The following constructs were added to the PURE system and then run on a protein gel:
 +
                                      <ul>
 +
                                    <li>0.1 T7 p - U RBS - DNAP - WT</li>
 +
  <li>0.5 T7 p - U RBS - DNAP - WT</li>
 +
                                              <li>WT T7 p - U RBS - DNAP - WT</li>
 +
                                              <li>0.1 T7 p - U RBS - TP - WT</li>
 +
                                              <li>0.5 T7 p - U RBS - TP - WT</li>
 +
                                              <li>WT T7 p - U RBS - TP - WT</li>
 +
                                              <li>0.1 T7 p - U RBS - p5 - WT</li>
 +
                                              <li>0.5 T7 p - U RBS - p5 - WT</li> 
 +
                                              <li>WT T7 p - U RBS - p5 - WT</li>
 +
                                              <li>0.1 T7 p - U RBS - p6 - WT</li>
 +
                                              <li>0.5 T7 p - U RBS - p6 - WT</li>
 +
                                              <li>WT T7 p - U RBS - p6 - WT</li></ul>
 +
                                     
 +
                                      After this, a remainder of the sample was analyzed with Mass Spectrometry.
 +
                                      </td></tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Results:
 +
                                      </td>
 +
                                      <td>Add link</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-footer">
 +
                               
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                    </div>
 +
                </td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 +
 
             <tr>
 
             <tr>
−
                <td></td>
+
 
−
                 <td>Laughing Bacchus Winecellars</td>
+
                 <td colspan=2></td>
−
                <td>Yoshi Tannamuri</td>
+
 
−
                <td>Canada</td>
+
 
             </tr>
 
             </tr>
 +
 
             <tr>
 
             <tr>
−
                 <td></td>
+
                 <td class="month">October</td>
−
                 <td>Magazzini Alimentari Riuniti</td>
+
                 <td> </td>
−
                 <td>Giovanni Rovelli</td>
+
                 <td> </td>
−
                 <td>Italy</td>
+
                 <td rowspan =2 class="modalTD">
−
            </tr>
+
                    <!-- Trigger/Open The Modal -->
−
            <tr>
+
                    <button class="block modal-button" href="#myModal8">Brute Force Experiments 2</button>
−
                <td></td>
+
 
−
                <td>North/South</td>
+
                    <!-- The Modal -->
−
                <td>Simon Crowther</td>
+
                    <div id="myModal8" class="modal">
−
                <td>UK</td>
+
 
−
            </tr>
+
                        <!-- Modal content -->
−
            <tr>
+
                        <div class="modal-content">
−
                <td></td>
+
                            <div class="modal-header">
−
                <td>Paris spécialités</td>
+
                                <span class="close">×</span>
−
                <td>Marie Bertrand</td>
+
                                <h2>Brute Force Experiments 2</h2>
−
                 <td>France</td>
+
                            </div>
 +
                            <div class="modal-body">
 +
                                <table>
 +
                                  <tr>
 +
                                <td>Goal:</td>
 +
                                      <td>Putting all the needed components for orthogonal replication and see which cells replicate</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Protocols Used:</td>
 +
                                  <td> <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">Transformation</a>,
 +
 
 +
                                      <a href="https://2019.igem.org/Team:TUDelft/Experiments">IPTG stock</a>,
 +
                                    </td>
 +
                                  </tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Plan:</td>
 +
                                  <td>To test whether orthogonal replication works in vivo, we transformed all the plasmid with the components needed in pLysS together with a final construct, which is either OriL-Kan-OriR or OriL-GFP-Kan-OriR. This was done with different IPTG concentrations.
 +
                                   
 +
                                      <ul>
 +
  <li>oriL-Kan-OriR with
 +
      <ul>
 +
      <li>WT T7p TP, DNAP, p5, p6</li>
 +
          <li>0.5 T7p TP, DNAP, p5, p6</li>
 +
          <li>0.1 T7p TP, DNAP, p5, p6</li>
 +
      </ul>
 +
                                          </li>
 +
  <li>oriL-GFP-Kan-OriR
 +
      <ul>
 +
      <li>WT T7p TP, DNAP, p5, p6</li>
 +
          <li>0.5 T7p TP, DNAP, p5, p6</li>
 +
          <li>0.1 T7p TP, DNAP, p5, p6</li>
 +
      </ul></li>
 +
 
 +
</ul></td></tr>
 +
                                  <tr>
 +
                                  <td>Results:
 +
                                      </td>
 +
                                      <td>To be done</td>
 +
                                  </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-footer">
 +
                               
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                    </div>
 +
                </td>
 +
                 <td rowspan =2 class="modalTD">
 +
                    <!-- Trigger/Open The Modal -->
 +
                    <button class="block modal-button" href="#myModal9">Orthogonal Replication</button>
 +
 
 +
                    <!-- The Modal -->
 +
                    <div id="myModal9" class="modal">
 +
 
 +
                        <!-- Modal content -->
 +
                        <div class="modal-content">
 +
                            <div class="modal-header">
 +
                                <span class="close">×</span>
 +
                                <h2>Orthogonal Replication</h2>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-body">
 +
                                <p>Some text in the Modal Body</p>
 +
                                <p>Some other text...</p>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="modal-footer">
 +
                               
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
 
 +
                    </div>
 +
                </td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
         </table>
 
         </table>
  
 +
    </div>
  
  
−
</div>
 
  
 
     <script>
 
     <script>
−
        // Get the modal
 
−
        var modal = document.getElementById("myModal");
 
−
 
 
         // Get the button that opens the modal
 
         // Get the button that opens the modal
−
         var btn = document.getElementById("myBtn2");
+
         var btn = document.querySelectorAll("button.modal-button");
 +
 
 +
        // All page modals
 +
        var modals = document.querySelectorAll('.modal');
  
 
         // Get the <span> element that closes the modal
 
         // Get the <span> element that closes the modal
−
         var span = document.getElementsByClassName("close")[0];
+
         var spans = document.getElementsByClassName("close");
  
−
         // When the user clicks the button, open the modal  
+
         // When the user clicks the button, open the modal
−
         btn.onclick = function() {
+
         for (var i = 0; i < btn.length; i++) {
−
            modal.style.display = "block";
+
            btn[i].onclick = function(e) {
 +
                e.preventDefault();
 +
                modal = document.querySelector(e.target.getAttribute("href"));
 +
                modal.style.display = "block";
 +
            }
 
         }
 
         }
  
 
         // When the user clicks on <span> (x), close the modal
 
         // When the user clicks on <span> (x), close the modal
−
         span.onclick = function() {
+
         for (var i = 0; i < spans.length; i++) {
−
            modal.style.display = "none";
+
            spans[i].onclick = function() {
 +
                for (var index in modals) {
 +
                    if (typeof modals[index].style !== 'undefined') modals[index].style.display = "none";  
 +
                }
 +
            }
 
         }
 
         }
  
 
         // When the user clicks anywhere outside of the modal, close it
 
         // When the user clicks anywhere outside of the modal, close it
 
         window.onclick = function(event) {
 
         window.onclick = function(event) {
−
             if (event.target == modal) {
+
             if (event.target.classList.contains('modal')) {
−
                 modal.style.display = "none";
+
                 for (var index in modals) {
 +
                    if (typeof modals[index].style !== 'undefined') modals[index].style.display = "none";  
 +
                }
 
             }
 
             }
 
         }
 
         }
−
    </script>
 
  
 +
    </script>
 
     </body>
 
     </body>
 
</html>
 
</html>
 
{{:Team:TUDelft/Footer}}
 
{{:Team:TUDelft/Footer}}

Revision as of 12:01, 27 September 2019

Sci-Phi 29

Orthogonal Replication


Cloning Testing of Plasmid
April
May
June
July
August
September
October