Difference between revisions of "Team:EPFL/Experiments"

 
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+
                        <h1 style="color:purple" ><br>   Protocols</h1>  
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                        <h2 style="color:purple" ><br> <br> <br> <br>          Protocols</h2>  
+
 
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                                        <h2 class="post-title" style="color:purple">Protocols</h2>
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                                                <h3 class="post-title" style="color:purple">Signal generation</h3>
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−
                                                    <ul style="list-style-type:disc;">
+
−
                                                      <li>sfGFP gene assembly</li>
+
−
                                                      <li>CDO gene</li>
+
−
                                                      <li><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.7nhhmb6" target="_blank">CDO expression in cell-free system</a></li>
+
−
                                                    </ul>
+
−
                                                <h3 class="post-title" style="color:purple">Cell-free system</h3>
+
−
                                                    <ul style="list-style-type:disc;">
+
−
                                                      <li>Coffee</li>
+
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                                                      <li>Tea</li>
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                                                      <li>Milk</li>
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                                                    </ul>
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                                </div>
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                            </article>
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                            <!-- Post end-->
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+
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                            <!-- References-->
+
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                            <article class="post">
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                                <div class="post-wrapper">
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                                        <h2 class="post-title" style="color:purple">References</h2>
+
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−
                                        [under construction]
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                </div>
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            </section>
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<!--**************GENERAL**************-->
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                             <h2 class="text-special text-center m-b-40" style="color:purple">General Protocols</h2>
 
                             <h2 class="text-special text-center m-b-40" style="color:purple">General Protocols</h2>
 
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−
                                     <div class="demo-item"><a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.78rhrv6" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/7/7c/T--EPFL--General_protocol.png" alt=""></a>
−
                                        <h6>PCR</h6>
+
                                         <h6>Agarose Gel Electrophoresis</h6>
−
                                    </div>
+
−
                                </div>
+
−
                                <div class="col-md-2">
+
−
                                    <div class="demo-item"><a href=""><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/2/2d/T--EPFL--AgaroseGel.png" alt=""></a>
+
−
                                         <h6>Gel Electrophoresis</h6>
+
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
<div class="col-md-2">
 
<div class="col-md-2">
−
                                     <div class="demo-item"><a href=""><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.775hrq6" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/7/7c/T--EPFL--General_protocol.png" alt=""></a>
−
                                         <h6>SDS Page</h6>
+
                                         <h6>SDS-Page Protein electrophoresis</h6>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
<div class="col-md-2">
 
<div class="col-md-2">
−
                                     <div class="demo-item"><a href=""><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.8irhud6" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/7/7c/T--EPFL--General_protocol.png" alt=""></a>
−
                                         <h6>Transformation</h6>
+
                                         <h6> BacterialTransformation</h6>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
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−
                       <div class="col-md-12"><!--**************July**************-->
+
                       <div class="col-md-12">
−
                             <h2 class="text-special text-center m-b-40 style="color:purple" ">DNA Extraction</h2>
+
 
 +
<!--**************DNA EXTRACTION**************-->
 +
 
 +
 
 +
                             <h2 class="text-special text-center m-b-40" style="color:purple">DNA Extraction</h2>
 
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                                 <div class="col-md-2">
−
                                     <div class="demo-item"><a href="https://2019.igem.org/Team:EPFL/SummerSchool"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.8cehste" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/4/42/T--EPFL--DNAextraction_icon.png" alt=""></a>
−
                                         <h6>Microneedle Fabrication</h6>
+
                                         <h6>Microneedle Patches Fabrication</h6>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-md-2">
 
                                 <div class="col-md-2">
−
                                     <div class="demo-item"><a href="https://static.igem.org/mediawiki/2019/5/5d/T--EPFL--Toeholdnotebook_2.1.pdf"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.8cchssw" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/4/42/T--EPFL--DNAextraction_icon.png" alt=""></a>
−
                                        <h6>Buffer Extraction</h6>
+
                                         <h6>DNA extraction</h6>
−
                                    </div>
+
−
                                </div>
+
−
                                <div class="col-md-2">
+
−
                                    <div class="demo-item"><a href="https://static.igem.org/mediawiki/2019/2/2e/T--EPFL--Toeholdnotebook_2.pdf"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
−
                                         <h6>Microneedle Extraction</h6>
+
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                         <div class="col-md-12"><!--**************August**************-->
+
 
 +
 
 +
                         <div class="col-md-12">
 +
 
 +
<!--**************RPA AMPLIFICATION**************-->
 +
 
 +
 
 
                             <h2 class="text-special text-center m-b-40" style="color:purple" >RPA Amplification</h2>
 
                             <h2 class="text-special text-center m-b-40" style="color:purple" >RPA Amplification</h2>
 
                             <div class="row">
 
                             <div class="row">
 
                                 <div class="col-md-2">
 
                                 <div class="col-md-2">
−
                                     <div class="demo-item"><a href="https://static.igem.org/mediawiki/2019/b/b7/T--EPFL--Toeholdnotebook_02.pdf"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5cdg2s6" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/ad/T--EPFL--RPA_icon.png" alt=""></a>
−
                                         <h6>Coffee</h6>
+
                                         <h6>RPA from banana DNA</h6>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-md-2">
 
                                 <div class="col-md-2">
−
                                     <div class="demo-item"><a href="https://2019.igem.org/Team:EPFL/SummerSchool"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.8ephtdn" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/ad/T--EPFL--RPA_icon.png" alt=""></a>
−
                                         <h6>Tea</h6>
+
                                         <h6>RPA Amplification with Agdia AmplifyRP® kit</h6>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="col-md-2">
 
                                 <div class="col-md-2">
−
                                     <div class="demo-item"><a href="https://2019.igem.org/Team:EPFL/SummerSchool"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.8erhtd6"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/ad/T--EPFL--RPA_icon.png" alt=""></a>
−
                                         <h6>Milk</h6>
+
                                         <h6>RPA Amplification with TwistAmp kit</h6>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 138: Line 114:
 
                         </div>
 
                         </div>
  
−
<div class="col-md-12"><!--**************September**************-->
+
 
 +
<div class="col-md-12">
 +
 
 +
 
 +
<!--**************TOEHOLDS**************-->
 +
 
 +
 
 
                               <h2 class="text-special text-center m-b-40". style="color:purple" >Toeholds</h2>
 
                               <h2 class="text-special text-center m-b-40". style="color:purple" >Toeholds</h2>
 
                               <div class="row">
 
                               <div class="row">
 
                                   <div class="col-md-2">
 
                                   <div class="col-md-2">
−
                                       <div class="demo-item"><a href="https://2019.igem.org/Team:EPFL/SummerSchool"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                       <div class="demo-item"><a href=" https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.72bhqan" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/a6/T--EPFL--Toehold_icon.png" alt=""></a>
−
                                           <h6>Toehold Assembly</h6>
+
                                           <h6>Toehold switch assembly</h6>
 
                                       </div>
 
                                       </div>
 
                                   </div>
 
                                   </div>
−
                              </div>
 
−
                          </div>
 
−
<div class="col-md-12"><!--**************September**************-->
 
−
                              <h2 class="text-special text-center m-b-40". style="color:purple" >Signal Generation</h2>
 
−
                              <div class="row">
 
 
                                   <div class="col-md-2">
 
                                   <div class="col-md-2">
−
                                       <div class="demo-item"><a href="https://2019.igem.org/Team:EPFL/SummerSchool"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                       <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.73ehqje" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/a6/T--EPFL--Toehold_icon.png""></a>
−
                                           <h6>sfGFP gene assembly</h6>
+
                                           <h6>Toehold testing</h6>
 
                                       </div>
 
                                       </div>
 
                                   </div>
 
                                   </div>
 
<div class="col-md-2">
 
<div class="col-md-2">
−
                                       <div class="demo-item"><a href="https://2019.igem.org/Team:EPFL/SummerSchool"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                       <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.8grhtv6" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/a6/T--EPFL--Toehold_icon.png""></a>
−
                                           <h6>CDO gene</h6>
+
                                           <h6>Toehold plate reader settings</h6>
 
                                       </div>
 
                                       </div>
 
                                   </div>
 
                                   </div>
 +
                              </div>
 +
                          </div>
 +
 +
 +
<div class="col-md-12">
 +
 +
<!--**************SIGNAL GENERATION**************-->
 +
 +
 +
                              <h2 class="text-special text-center m-b-40". style="color:purple" >Signal Generation</h2>
 +
                            <div class="row"><!--**************First Row**************-->
 +
 +
                                <div class="col-md-2">
 +
                                    <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.7zrhp56" target="_blank" ><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/b/bd/T--EPFL--Signal_icon.png" alt=""></a>
 +
                                        <h6>2-step PCR</h6>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 
<div class="col-md-2">
 
<div class="col-md-2">
−
                                       <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.7nhhmb6" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                       <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.7nhhmb6" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/b/bd/T--EPFL--Signal_icon.png" alt=""></a>
−
                                           <h6>CDO Expression in a cell free system</h6>
+
                                           <h6>CDO Expression in a cell-free system</h6>
 
                                       </div>
 
                                       </div>
 
                                   </div>
 
                                   </div>
 
                               </div>
 
                               </div>
 
                           </div>
 
                           </div>
−
<div class="col-md-12"><!--**************June**************-->
+
<div class="col-md-12">
−
                            <h2 class="text-special text-center m-b-40" style="color:purple">Cell Free System</h2>
+
<!--**************CELL-FREE SYSTEM**************-->
 +
 
 +
 
 +
                            <h2 class="text-special text-center m-b-40" style="color:purple">Cell-Free Systems</h2>
 
                             <div class="row"><!--**************First Row**************-->
 
                             <div class="row"><!--**************First Row**************-->
 +
<div class="col-md-2">
 +
                                    <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.8auhsew" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/f/ff/T--EPFL--OnePot_icon.png" alt=""></a>
 +
                                        <h6>Protein Purification</h6>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 
                                 <div class="col-md-2">
 
                                 <div class="col-md-2">
−
                                     <div class="demo-item"><a href="#"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.5bbg2in" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/f/ff/T--EPFL--OnePot_icon.png" alt=""></a>
−
                                         <h6>Coffee</h6>
+
                                         <h6>Ribosome Purification</h6>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
  
 
<div class="col-md-2">
 
<div class="col-md-2">
−
                                     <div class="demo-item"><a href=""><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.728hqhw" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/f/ff/T--EPFL--OnePot_icon.png" alt=""></a>
−
                                         <h6>Tea</h6>
+
                                        <h6>Buffer preparation</h6>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="col-md-2">
 +
                                    <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.8ayhsfw" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/f/ff/T--EPFL--OnePot_icon.png" alt=""></a>
 +
                                         <h6>Energy Solution preparation</h6>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
<div class="col-md-2">
 
<div class="col-md-2">
−
                                     <div class="demo-item"><a href=""><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--EPFL--Experience.png" alt=""></a>
+
                                     <div class="demo-item"><a href="https://dx.doi.org/10.17504/protocols.io.8avhse6" target="_blank"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/f/ff/T--EPFL--OnePot_icon.png" alt=""></a>
−
                                         <h6>Milk</h6>
+
                                         <h6>Protein expression</h6>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 +
  
 
                             </div>
 
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Latest revision as of 00:37, 22 October 2019


Protocols

General Protocols

Agarose Gel Electrophoresis
SDS-Page Protein electrophoresis
BacterialTransformation

DNA Extraction

Microneedle Patches Fabrication
DNA extraction

RPA Amplification

RPA from banana DNA
RPA Amplification with Agdia AmplifyRP® kit
RPA Amplification with TwistAmp kit

Toeholds

Toehold switch assembly
Toehold testing
Toehold plate reader settings

Signal Generation

2-step PCR
CDO Expression in a cell-free system

Cell-Free Systems

Protein Purification
Ribosome Purification
Buffer preparation
Energy Solution preparation
Protein expression


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