Difference between revisions of "Team:Humboldt Berlin/Basic Part"

Line 115: Line 115:
 
  <div class="width-limit">
 
  <div class="width-limit">
 
       <p><table>
 
       <p><table>
 +
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
 
                                                         <th scope="col">Part Name</th>
 
                                                         <th scope="col">Part Name</th>
Line 125: Line 126:
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0 - Backbone  </td>
+
                                                         <td>L0-ARS1</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984010">BBa_K2984010 </a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984000">BBa_K2984000 </a> </td>
−
                                                         <td>Plasmid </td>
+
                                                         <td>Coding</td>
−
                                                         <td>L0 backbone (plasmid with RFP insert)  </td>
+
                                                         <td>L0 backbone with 3'UTR Arylsulfatase1 secretion signal </td>
 +
                                                        <td>B2-B2</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
−
                                                        <td style="color:#1AA67A;text-align:center">&#9607;</td>
 
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-AR</td>
+
                                                         <td>L0-GLE</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984009">BBa_K2984009 </a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984001">BBa_K2984001 </a> </td>
−
                                                         <td>Regulatory </td>
+
                                                         <td>Coding</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with AR promoter  </td>
+
                                                         <td>L0 backbone with 3'UTR gametolysin secretion signal </td>
−
                                                         <td>A1-A3</td>
+
                                                         <td>B2-B2</td>
−
                                                         <td style="color:#FFD185;text-align:center">&#9607;</td>
+
                                                         <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-AR</td>
+
                                                         <td>L0-RFP</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984025">BBa_K2984025 </a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984004">BBa_K2984004</a> </td>
−
                                                         <td>Regulatory </td>
+
                                                         <td>Coding</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with AR promoter  </td>
+
                                                         <td>L0 backbone with RFP</td>
−
                                                         <td>A1-B1</td>
+
                                                         <td> - </td>
−
                                                         <td style="color:#FC4A1F;text-align:center">&#9607;</td>
+
                                                         <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-PsaD</td>
+
                                                         <td>L0-Paro</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984022">BBa_K2984022 </a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K29840006">BBa_K2984006 </a> </td>
−
                                                         <td>Regulatory </td>
+
                                                         <td>Coding</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with PsaD promoter  </td>
+
                                                         <td>L0 backbone with Paromomycine resistance CDS </td>
−
                                                         <td>A1-A3</td>
+
                                                         <td>B3-B4</td>
−
                                                         <td style="color:#A6C2ED;text-align:center">&#9607;</td>
+
                                                         <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
 +
 
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-amp</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984007">BBa_K2984007</a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with ampilicin resistance</td>
 +
                                                        <td> -</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
  
Line 166: Line 176:
 
                                                         <td>L0 backbone with PsaD promoter  </td>
 
                                                         <td>L0 backbone with PsaD promoter  </td>
 
                                                         <td>A1-B1</td>
 
                                                         <td>A1-B1</td>
−
                                                         <td style="color:#0A2187;text-align:center">&#9607;</td>
+
                                                         <td style="color:#0A2187;text-align:center">&#9607;</td<!blau>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-ARS1</td>
+
                                                         <td>L0-AR</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984000">BBa_K2984000 </a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984009">BBa_K2984009 </a> </td>
−
                                                         <td>Coding</td>
+
                                                         <td>Regulatory </td>
−
                                                         <td>L0 backbone with 3'UTR Arylsulfatase1 secretion signal </td>
+
                                                         <td>L0 backbone with AR promoter  </td>
−
                                                         <td>B2-B2</td>
+
                                                         <td>A1-A3</td>
−
                                                         <td>-</td>
+
                                                         <td style="color:#FFD185;text-align:center">&#9607;</td><!gelb>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-GLE</td>
+
                                                         <td>L0 - Backbone  </td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984001">BBa_K2984001 </a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984010">BBa_K2984010 </a> </td>
−
                                                         <td>Coding</td>
+
                                                         <td>Plasmid </td>
−
                                                         <td>L0 backbone with 3'UTR gametolysin secretion signal </td>
+
                                                         <td>L0 backbone (plasmid with RFP insert)  </td>
−
                                                        <td>B2-B2</td>
+
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
 +
                                                        <td style="color:#1AA67A;text-align:center">&#9607;</td><!gürn>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
  
Line 206: Line 216:
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-Paro</td>
+
                                                         <td>L0-ptxD</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K29840006">BBa_K2984006 </a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984013">BBa_K2984013 </a> </td>
 
                                                         <td>Coding</td>
 
                                                         <td>Coding</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with Paromomycine resistance CDS </td>
+
                                                         <td>L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS </td>
 
                                                         <td>B3-B4</td>
 
                                                         <td>B3-B4</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
Line 215: Line 225:
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-ptxD</td>
+
                                                         <td>L0-6xHis tag</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K29840026">BBa_K2984026 </a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984014">BBa_K2984014</a> </td>
−
                                                         <td>Coding</td>
+
                                                         <td>Tag</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS </td>
+
                                                         <td>L0 backbone with 6x histidine tag</td>
−
                                                         <td>B3-B3</td>
+
                                                         <td>B5-B5</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-ptxD</td>
+
                                                         <td>L0-3xHis tag</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984013">BBa_K2984013 </a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984015">BBa_K2984015</a> </td>
 +
                                                        <td>Tag</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with 3x histidine tag</td>
 +
                                                        <td>B5-B5</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
 +
 
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-SP<sub>20</sub> </td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984016">BBa_K2984016</a> </td>
 
                                                         <td>Coding</td>
 
                                                         <td>Coding</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS </td>
+
                                                         <td>L0 backbone with glycomodule for secretion enhancement</td>
−
                                                         <td>B3-B4</td>
+
                                                         <td>B5-B5</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
Line 242: Line 261:
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-YFP</td>
+
                                                         <td>L0-RbcS2</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984024">BBa_K2984024 </a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984018">BBa_K2984018</a> </td>
−
                                                         <td>Coding</td>
+
                                                         <td>Terminator</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS </td>
+
                                                         <td>L0 backbone with RuBisCo terminator </td>
−
                                                         <td>B4-B4</td>
+
                                                         <td>B5-C1</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
Line 260: Line 279:
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-6xHis tag</td>
+
                                                         <td>L0-RbcS2</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984014">BBa_K2984014</a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984021">BBa_K2984021</a> </td>
−
                                                         <td>Tag</td>
+
                                                         <td>Terminator</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with 6x histidine tag</td>
+
                                                         <td>L0 backbone with RuBisCo terminator </td>
−
                                                         <td>B5-B5</td>
+
                                                         <td>B6-C1</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-3xHis tag</td>
+
                                                         <td>L0-PsaD</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984015">BBa_K2984015</a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984022">BBa_K2984022 </a> </td>
−
                                                         <td>Tag</td>
+
                                                         <td>Regulatory </td>
−
                                                         <td>L0 backbone with 3x histidine tag</td>
+
                                                         <td>L0 backbone with PsaD promoter  </td>
−
                                                         <td>B5-B5</td>
+
                                                         <td>A1-A3</td>
 +
                                                        <td style="color:#A6C2ED;text-align:center">&#9607;</td><!hbl>
 +
                                                    </tr>
 +
 
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-YFP</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984024">BBa_K2984024 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS </td>
 +
                                                        <td>B4-B4</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
  
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-SP<sub>20</sub> </td>
+
                                                         <td>L0-AR</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984016">BBa_K2984016</a> </td>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984025">BBa_K2984025 </a> </td>
 +
                                                        <td>Regulatory </td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with AR promoter  </td>
 +
                                                        <td>A1-B1</td>
 +
                                                        <td style="color:#FC4A1F;text-align:center">&#9607;</td><!rot>
 +
                                                    </tr>
 +
 
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-ptxD</td>
 +
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K29840026">BBa_K2984026 </a> </td>
 
                                                         <td>Coding</td>
 
                                                         <td>Coding</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with glycomodule for secretion enhancement</td>
+
                                                         <td>L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS </td>
−
                                                         <td>B5-B5</td>
+
                                                         <td>B3-B3</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
 +
                                                   
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-Linker</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984034">BBa_K2984034</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with Linker sequence </td>
 +
                                                        <td>B2-B2</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-Ble</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984040">BBa_K2984040</a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with Bleomycin resistance </td>
 +
                                                        <td>B1-B1</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-scp</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984044">BBa_K2984044</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with Bleomycin resistance </td>
 +
                                                        <td>B1-B1</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                       
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-PsaDIntron</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984046">BBa_K2984046</a> </td>
 +
                                                        <td>Regulatory</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with PsaDIntron</td>
 +
                                                        <td> A1-A3</td>
 +
                                                        <td style="color:#1AA67A;text-align:center">&#9607;</td>
 +
                                                    </tr>                                              <tr>
 +
                                                        <td>L0-PETase</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984049">BBa_K2984049</a> </td>
 +
                                                        <td>Regulatory</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with PETase</td>
 +
                                                        <td>B3-B3</td>
 +
                                                        <td style="color:#FC4A1F;text-align:center">&#9607;</td><!rot>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                 
  
 +
                                                   
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-amp</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984058">BBa_K2984058</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>Linker L1c -> L0</td>
 +
                                                        <td> - </td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
 
                                                     <tr>
 
                                                     <tr>
−
                                                         <td>L0-RbcS2</td>
+
                                                         <td>L0 Linker</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984018">BBa_K2984018</a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984060">BBa_K2984060</a> </td>
−
                                                         <td>Terminator</td>
+
                                                         <td>Intermediate</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with RuBisCo terminator </td>
+
                                                         <td>Linker L0 -> L1a</td>
−
                                                         <td>B5-C1</td>
+
                                                         <td> - </td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
−
<tr>
+
                                                    <tr>
−
                                                         <td>L0-RbcS2</td>
+
                                                         <td>L0 Linker</td>
−
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984021">BBa_K2984021</a> </td>
+
                                                         <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984061">BBa_K2984061</a> </td>
−
                                                         <td>Terminator</td>
+
                                                         <td>Intermediate</td>
−
                                                         <td>L0 backbone with RuBisCo terminator </td>
+
                                                         <td>Linker L0 -> L1b</td>
−
                                                         <td>B6-C1</td>
+
                                                         <td> - </td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                         <td>-</td>
 
                                                     </tr>
 
                                                     </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L2 Linker</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984062">BBa_K2984062</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>Linker L2 -> L1b</td>
 +
                                                        <td> - </td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                   
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>Linker sequence</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984034">BBa_K2984034</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>Linker sequence</td>
 +
                                                        <td> B2-B2 </td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
 +
 
                                                 </table>
 
                                                 </table>
−
</div>
+
 
 +
 
 +
</div>  
 +
 
 +
</br>
 +
             
 
  <!------------------------------------------ TWO COLUMN IMG LEFT -------------------------------------------------->
 
  <!------------------------------------------ TWO COLUMN IMG LEFT -------------------------------------------------->
 
<div class="width-limit padding-container" >
 
<div class="width-limit padding-container" >

Revision as of 14:58, 19 October 2019

Building Blocks

Basic Part

Part Name Registry Name Registry Type Description Fusion Sites Position in L1
L0-ARS1 BBa_K2984000 Coding L0 backbone with 3'UTR Arylsulfatase1 secretion signal B2-B2 -
L0-GLE BBa_K2984001 Coding L0 backbone with 3'UTR gametolysin secretion signal B2-B2 -
L0-RFP BBa_K2984004 Coding L0 backbone with RFP - -
L0-Paro BBa_K2984006 Coding L0 backbone with Paromomycine resistance CDS B3-B4 -
L0-amp BBa_K2984007 Coding L0 backbone with ampilicin resistance - -
L0-PsaD BBa_K2984008 Regulatory L0 backbone with PsaD promoter A1-B1 ▇
L0-AR BBa_K2984009 Regulatory L0 backbone with AR promoter A1-A3 ▇
L0 - Backbone BBa_K2984010 Plasmid L0 backbone (plasmid with RFP insert) - ▇
L0-PETase BBa_K2984011 Coding L0 backbone with PETase CDS B3-B4 -
L0-Hyg BBa_K2984012 Coding L0 backbone with Hygromycin B resistance CDS B3-B4 -
L0-ptxD BBa_K2984013 Coding L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS B3-B4 -
L0-6xHis tag BBa_K2984014 Tag L0 backbone with 6x histidine tag B5-B5 -
L0-3xHis tag BBa_K2984015 Tag L0 backbone with 3x histidine tag B5-B5 -
L0-SP20 BBa_K2984016 Coding L0 backbone with glycomodule for secretion enhancement B5-B5 -
L0-YFP BBa_K2984017 Coding L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS B3-B4 -
L0-RbcS2 BBa_K2984018 Terminator L0 backbone with RuBisCo terminator B5-C1 -
L0-YFP BBa_K2984020 Coding L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS B5-B5 -
L0-RbcS2 BBa_K2984021 Terminator L0 backbone with RuBisCo terminator B6-C1 -
L0-PsaD BBa_K2984022 Regulatory L0 backbone with PsaD promoter A1-A3 ▇
L0-YFP BBa_K2984024 Coding L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS B4-B4 -
L0-AR BBa_K2984025 Regulatory L0 backbone with AR promoter A1-B1 ▇
L0-ptxD BBa_K2984026 Coding L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS B3-B3 -
L0-Linker BBa_K2984034 Intermediate L0 backbone with Linker sequence B2-B2 -
L0-Ble BBa_K2984040 Coding L0 backbone with Bleomycin resistance B1-B1 -
L0-scp BBa_K2984044 Intermediate L0 backbone with Bleomycin resistance B1-B1 -
L0-PsaDIntron BBa_K2984046 Regulatory L0 backbone with PsaDIntron A1-A3 ▇
L0-PETase BBa_K2984049 Regulatory L0 backbone with PETase B3-B3 ▇
L0-amp BBa_K2984058 Intermediate Linker L1c -> L0 - -
L0 Linker BBa_K2984060 Intermediate Linker L0 -> L1a - -
L0 Linker BBa_K2984061 Intermediate Linker L0 -> L1b - -
L2 Linker BBa_K2984062 Intermediate Linker L2 -> L1b - -
Linker sequence BBa_K2984034 Intermediate Linker sequence B2-B2 -



Here's how our color-code works



Promoter 5' UTR CDS CDS/Tag Terminator
A1/A3
A1/B1		 B1/B2 B3/B4
B3/B3		 B4/B4 B5/C1
(B6/C1)
▇ ▇ ▇ ▇ ▇

Our color-code for L0 parts
Go to top