Difference between revisions of "Team:Humboldt Berlin/Notebook"

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                     <div class="category" data-category="chlamy">
 
                     <div class="category" data-category="chlamy">
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                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/ac/T--Humboldt_Berlin--label_notebook_chlamy.png" alt="c. reinhardtii cultivation and transformations" />
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                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/ac/T--Humboldt_Berlin--label_notebook_chlamy.png" alt="c. reinhardtii cultivation and transformations"/>
 
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                     <div class="category" data-category="bioreaktor">
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                     <!--<div class="category" data-category="bioreaktor">
 
                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/6/66/T--Humboldt_Berlin--label_notebook_bioreaktor.png" alt="bioreaktor" />
 
                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/6/66/T--Humboldt_Berlin--label_notebook_bioreaktor.png" alt="bioreaktor" />
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                         data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_0128_1.png">
 
                         data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_0128_1.png">
 
                         February
 
                         February
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
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                        data-text="<h2>His-Tag</h2>
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                        - Corrected sequencing results of L0-6xHis-Tag B5-B5
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                        <h2>B2 Linker for Level 1 plasmid</h2>
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                        - Designing DNA Oligos as a Linker module containing B2 fusion sites ('Primer' 72/73)"
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                        data-category="synthesis"
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                        data-date="02/04 - 02/10">
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                    </div>
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                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>Paromomycin</h2>
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                        - Designing primers for aphVIII with B3-B4 fusion sites taken from AG Hegemann plasmid p114 (Primer 75+76)
 +
                        <h2>Hygromycin</h2>
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                        - Designing primers for aphVII with B3-B4 fusion sites taken from AG Hegemann plasmid p360 (Primer 77+78)
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                        <h2>B2 Linker for Level 1 plasmid</h2>
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                        - Oligo Annealing of B2 Linker using Primers 72/73"
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                        data-category="synthesis"
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                        data-date="02/11 - 02/17">
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                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<div class='two-columns'><div>
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                            <h2>Paromomycin</h2>
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                            - <b>02/18</b> Doing a PCR with primers 75+76 and p114; PCR-clean up<br>
 +
                            - <b>02/20</b> Golden Gate Restriction/Ligation of Paromomycin PCR Product (Paro B3-B4) with L0-RFP plasmid using <i>Bpi</i>I<br>
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                            - <b>02/22</b> Heatshock Transformation of L0-Paro B3-B4 into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B<br>
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                            - Colony PCR
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                            <h2>Hygromycin</h2>
 +
                            - <b>02/18</b> Doing a PCR with primers 77+78 and p360 → Failed<br>
 +
                            - <b>02/19</b> Repeating PCR with primers 77+78 and p360 → Failed<br>
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                            - Optimization of annealing temperature to 62°C → we got the wanted product<br>
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                            - <b>02/21</b> Golden Gate Restriction/Ligation of Hygromycin PCR Product (Hyg B3-B4) with L0-RFP plasmid using <i>Bpi</i>I<br>
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                            - <b>02/22</b> Heatshock Transformation of L0-Hyg B3-B4 into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B<br>
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                            - Colony PCR with white colonies → Failed
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                        </div>
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                        <div>
 +
                            <h2>Amp/Ori part for level 1 plasmid</h2>
 +
                            - PCR to amplify Amp/Ori from pICH47732 backbone using primers 56/57<br>
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                            - restriction of Amp/Ori with <i>Xba</i>I and BamHI
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                            <h2>L1a,b,c-RFP part for level 1 plasmid</h2>
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                            - PCR to amplify RFP from L0-RFP backbone using different primers to get 3 different L1 overhang versions<br>
 +
                            -- L1a-RFP: Primer 58,59<br>
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                            -- L1b-RFP: Primer: 60, 61<br>
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                            -- L1c-RFP: Primer: 62, 63<br>
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                            - Digestion of different PCR products using <i>Spe</i>I & <i>BamH</i>I
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                            <h2>L1 Plasmids</h2>
 +
                            - Ligation of Amp/Ori with<br>
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                            -- 1) L1a-RFP<br>
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                            -- 2) L1b-RFP<br>
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                            -- 3) L1c-RFP using T4 ligase<br>
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                            - Heat-shock Transformation into competent DH10B cells Result: not succesful
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                        </div></div>"
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                        data-category="synthesis"
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                        data-date="02/18 - 02/24"
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                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/b/be/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_0218_1.png">
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                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<div class='two-columns'><div>
 +
                            <h2>Paromomycin</h2>
 +
                            - Preparation of 3 overnight cultures of clone 1,2,3 (colony PCR 22.02.) <br>
 +
                            -- Plasmid prep the next day<br>
 +
                            -- Sending plasmids for sequencing <br>
 +
                            - Corrected sequencing results of L0-Paro B3-B4
 +
                            <h2>Hygromycin</h2>
 +
                            - <b>03/26</b> Second try of doing a colony PCR → worked out<br>
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                            - Preparation of 3 overnight cultures K4,7,9<br>
 +
                            - <b>03/27</b> plasmid prep + sending them in for sequencing<br>
 +
                            - <b>03/28</b> Corrected sequencing results of L0-Hyg B3-B4
 +
                        </div>
 +
                        <div>
 +
                            <h2>L1a,b,c - RFP</h2>
 +
                            - mistake: it was noticed that primer to amplify 3 different RFP versions were designed wrong → buffer bases were missing, so that the restriction enzymes did not attached to the DNA <br>
 +
                            - designing and ordering new primers containing buffer bases (primer 84-89)
 +
                        </div></div>"
 +
                        data-date="02/25 - 03/03"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/b/bf/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_0225_1.png">
 +
                        March
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>L1a,c,b, -RFP</h2>
 +
                        - new PCR to amplify different RFP versions"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="03/11 - 03/17">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>YFP</h2>
 +
                        - Primer design for a new YFP B4-B4 contruct (Primer 111 + 27)"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="05/13 - 05/19">
 +
                        May
 
                     </div>
 
                     </div>
  
 
                     <!-- human practice -->
 
                     <!-- human practice -->
−
                     <div class="timeline-dot"
+
                     <div class="timeline-month"
−
                         data-text="- YOYOOY <br>
+
                         data-text="<h2>Green Week Berlin/ Microplastic presentation of BfR</h2>
−
                        <h2>YFP</h2>
+
                         - participants: Fabienne, Andrej"
−
                         - Designing Primers for YFP with B5-B5 fusion sites taken from AG Hegemann plasmid p135 (Primer 7+8)"
+
                         data-date="January 2019"
−
                         data-date="10/15 - 10/21"
+
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/4/45/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jan19.jpeg"
 
                         data-category="human-practice">
 
                         data-category="human-practice">
 +
                        January 2019
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>TV report about “Chlamylicious”</h2>
 +
                        - participants: Fabienne, Juli, Andrej, Dimitri"
 +
                        data-date="May 2019"
 +
                        data-category="human-practice">
 +
                        May
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <div class="timeline-dot"
 
                     <div class="timeline-dot"
−
                         data-text="- Searching for gene templates <br>
+
                         data-text="<h2>2 week study at MPI Göttingen</h2>
−
                        <h2>chemical competent DH10B</h2>
+
                         - participant: Darius"
−
                         - production of chemical competent E. coli DH10B cells <br>
+
−
                        - PCR for YFP B5-B5 with primer 7+8"
+
 
                         data-category="human-practice"
 
                         data-category="human-practice"
−
                         data-date="10/22 - 10/28">
+
                         data-date="May 2019">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>Upcycling Project at the family event of Humboldt University with the collaboration of Satch backpacks</h2>
 +
                        - participants: Sophia, Luise, Fabienne"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-date="May 2019"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/f/fa/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_May19_2.png">
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <div class="timeline-month"
 
                     <div class="timeline-month"
−
                         data-text="<h2>chemical competent DH10B</h2>
+
                         data-text="<h2>Long Night of The Sciences Berlin</h2>
−
                         - checking the chemical competent DH10B cells → Transformation of plasmid containing RFP (Plasmid: pP51) (result/picture: red colonies grew → cells are competent! no cells on negative control)
+
                         - participants: Juli, Darius, Luise, Paul, Johannes, Andrej, Ale, Patrick, Marc, Elena, Dimitri, Sandra, Fabienne, Saskia"
−
                        <h2>ARS</h2>
+
                         data-date="June 2019"
−
                        - Design of Arylsulfatase 1 (ARS) secretion signal as a B2-B2 part
+
−
                        <h2>GLE</h2>
+
−
                        - Design of Gametolysin (GLE) secretion signal as a B2-B2 part"
+
−
                         data-date="10/29 - 11/04"
+
 
                         data-category="human-practice"
 
                         data-category="human-practice"
−
                         data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/1/17/T--Humboldt_Berlin--Notebook-10-29.png">
+
                         data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/8/8b/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jun19.png">
−
                         November
+
                        June
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>Visit at MINT Microalgae Engineering</h2>
 +
                        - participants: Paul, Darius, Dimitri, Andrej"
 +
                        data-date="July 2019"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/6/69/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jul19_1.png">
 +
                         July
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>Visit and presentation at ResearchGate Berlin</h2>
 +
                        - participants: Juli, Darius, Andrej, Paul"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-date="July 2019"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/2/2b/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jul19_2.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>Visit and project presentation at MERCK</h2>
 +
                        - participants: Andrej, Dimitri, Darius, Sophia, Saskia, Juli"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-date="July 2019"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/5/5a/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jul19_4.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>Visit at algae farm</h2>
 +
                        - participants: Andrej, Dimitri, Darius, Fabienne, Johannes, Luise, Paul, Simon"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-date="July 2019"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/b/b2/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jul_5.jpeg">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>Panel discussion about genetic editing</h2>
 +
                        - participants: Luise, Sophia, Fabienne"
 +
                        data-date="October 2019"
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                        data-category="human-practice"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/5/5e/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_oct19_3.png">
 +
                        October
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <!-- reinhardtii cultivation and transformations (chlamy) -->
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>Cultivation of <i>C. reinhardtii</i> in the lab started, introductions to sterile working conditions</h2>
 +
                        - participants: Alexander Bergmüller, Simon Kelterborn"
 +
                        data-date="November 2018"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        November 2018
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>First toxicity-tests on algal growth (strain CC-125) of ethylene glycol at concentrations between 0,005-5 % yields no results</h2>
 +
                        - participants: Alexander Bergmüller"
 +
                        data-date="November 2018 - December 2018"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        December
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="- Toxicity-tests: Inhibition of algal growth (strains CC-125 and CC-3403) by ethylene glycol at a concentration between 6-7 % was shown<br>
 +
                        - Terephthalic acid shown not to inhibit algal growth<br><br>
 +
                        - participants: Alexander Bergmüller, Sophia Schiebler Darius Rauch, Paul Herrmann"
 +
                        data-date="January 2019"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        January
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>

Revision as of 06:16, 16 October 2019

notebook

Notebook

Select category

Synthesis: Parts and Vectors
human practice
c. reinhardtii cultivation and transformations
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