Difference between revisions of "Team:Humboldt Berlin/Notebook"

 
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                             <div class="submenu">
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Team">Team members</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Team">Team members</a>
−
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Collaborations">Collaboration</a>
+
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Collaborations">Collaborations</a>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
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                             <a>Awards</a>
 
                             <a>Awards</a>
 
                             <div class="submenu">
 
                             <div class="submenu">
−
                                <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Entrepreneurship">Entrepreneurship</a>
 
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Hardware">Hardware</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Hardware">Hardware</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Measurement">Measurement</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Measurement">Measurement</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Model">Model</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Model">Model</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Plant">Plant</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Plant">Plant</a>
−
                                <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Software">Software</a>
 
 
                             </div>
 
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                         <div class="devider"></div>
 
                         <div class="devider"></div>
−
                         <a href="https://igem.org/2019_Judging_Form?team=Humboldt_Berlin">
+
                         <a href="https://2019.igem.org/Team:Humboldt_Berlin/Achievements">
 
                             For Judges
 
                             For Judges
 
                         </a>
 
                         </a>
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             </div>
 
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         </nav>
 
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                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/e/e9/T--Humboldt_Berlin--description-header.jpg" alt="notebook" />
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              <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/8/81/T--Humboldt_Berlin--Notebook_Header.jpeg" alt="notebook" />
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            <h1 class="page-headline description">Notebook</h1>
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          <h1 class="page-headline description">Notebook</h1>
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        <div class="full-height fixed-header-content notebook">
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      <div class="full-height fixed-header-content notebook">
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<div class="width-limit padding-container" style="margin: 50px 0;">
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                <div class="category-container">
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<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/e/e3/T--Humboldt_Berlin--notebook_final.png" alt="our stuffed calendar"/></br>
−
                    <h3>Select category</h3>
+
</div>
 +
          <section class="width-limit">
 +
              <div class="category-container">
 +
                  <h3>Select category</h3>
 
                     <div class="category" data-category="synthesis">
 
                     <div class="category" data-category="synthesis">
 
                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/6/6f/T--Humboldt_Berlin--label_notebook_synthesis.png" alt="Synthesis: Parts and Vectors" />
 
                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/6/6f/T--Humboldt_Berlin--label_notebook_synthesis.png" alt="Synthesis: Parts and Vectors" />
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                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/ac/T--Humboldt_Berlin--label_notebook_chlamy.png" alt="c. reinhardtii cultivation and transformations"/>
 
                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/ac/T--Humboldt_Berlin--label_notebook_chlamy.png" alt="c. reinhardtii cultivation and transformations"/>
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                     <div class="category" data-category="bioreaktor">
+
                     <!--<div class="category" data-category="bioreaktor">
 
                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/6/66/T--Humboldt_Berlin--label_notebook_bioreaktor.png" alt="bioreaktor" />
 
                         <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/6/66/T--Humboldt_Berlin--label_notebook_bioreaktor.png" alt="bioreaktor" />
−
                     </div>
+
                     </div>-->
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="timeline">
 
                 <div class="timeline">
 +
                    <!-- synthesis -->
 
                     <div class="timeline-month tl-first-element"
 
                     <div class="timeline-month tl-first-element"
 
                         data-text="- Learning MoClo/Golden Gate Design <br>
 
                         data-text="- Learning MoClo/Golden Gate Design <br>
 
                         - Research on PETase degradation <br>
 
                         - Research on PETase degradation <br>
 
                         - Planning construction design for Golden Gate cloning using 10 different fusion sites according to Patron <br>
 
                         - Planning construction design for Golden Gate cloning using 10 different fusion sites according to Patron <br>
−
                         - Designing Primers for C. reinhardtii specified promotor PsaD containing BpiI recognition site with MoClo fusion sites and fusion sites compatible for L0 backbone. Primers containing mutation to delete BpiI site (Primer 5,6,11-13)."
+
                         - Designing Primers for <i>C. reinhardtii</i> specified promotor PsaD containing BpiI recognition site with MoClo fusion sites and fusion sites compatible for L0 backbone. Primers containing mutation to delete BpiI site (Primer 5,6,11-13)."
 
                         data-date="10/08 - 10/14"
 
                         data-date="10/08 - 10/14"
 
                         data-category="synthesis">
 
                         data-category="synthesis">
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                     </div>
 
                     </div>
 
                     <div class="timeline-dot"
 
                     <div class="timeline-dot"
−
                         data-text="- Research on C. reinhardtii cultivation <br>
+
                         data-text="- Research on <i>C. reinhardtii</i>  cultivation <br>
 
                         <h2>YFP</h2>
 
                         <h2>YFP</h2>
 
                         - Designing Primers for YFP with B5-B5 fusion sites taken from AG Hegemann plasmid p135 (Primer 7+8)"
 
                         - Designing Primers for YFP with B5-B5 fusion sites taken from AG Hegemann plasmid p135 (Primer 7+8)"
Line 137: Line 138:
 
                         - PCR for YFP B5-B5 with primer 7+8"
 
                         - PCR for YFP B5-B5 with primer 7+8"
 
                         data-category="synthesis"
 
                         data-category="synthesis"
−
                         data-date="10/22 - 10/28">
+
                         data-date="10/22 - 10/28"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/e/eb/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_1022.png">
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <div class="timeline-month"
 
                     <div class="timeline-month"
Line 151: Line 153:
 
                         November
 
                         November
 
                     </div>
 
                     </div>
−
 
 
                     <div class="timeline-dot"
 
                     <div class="timeline-dot"
−
                         data-text="- YOYOOY <br>
+
                         data-text="<h2>PsaD</h2>
−
                         <h2>YFP</h2>
+
                        - 11+12 →  fragment 1 <br>
−
                         - Designing Primers for YFP with B5-B5 fusion sites taken from AG Hegemann plasmid p135 (Primer 7+8)"
+
                         - 12+6 →  fragment 2 <br>
−
                         data-date="10/15 - 10/21"
+
                        - 13+5 →  fragment 3 <br>
 +
                        → result: PCR successful <br>
 +
                        -  Second PRC to combine PsaD fragments: <br>
 +
                        fragment 2 + 3 →  part 1 <br>
 +
                        fragment 1 + 3 →  part 2 <br>
 +
                        → result: PCR successful"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="11/05 - 11/11"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/9/9f/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_115.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<div class='two-columns'><div>
 +
                            <h2>PsaD</h2>
 +
                            - Third PRC to amplify PsaD from outer sites <br>
 +
                            1) Template: part 1; primer: 5+6<br>
 +
                            2) Template: Part 2; Primer: 5+6<br>
 +
                            result: PCR was successful <br>
 +
                            Clean-Up of PCR products <br>
 +
                            Golden Gate Restriction/Ligation of PsaD PCR Products (PsaD A1-A3 and PsaD A1-B1) with Level 0 plasmid using <i>Bpi</i>I
 +
                            <h2>YFP</h2>
 +
                            Recognition of frameshift in YFP; new design of Primers for p51 from AG Hegemann <br>
 +
                            - Primer 24+25 → YFP B5-B5 <br>
 +
                            - Primer 26 + 27 → YFP B3-B4 <br>
 +
                            <h2>RFP</h2>
 +
                            - Designing Primers to amplify RFP containing <i>Bpi</i>I and <i>Bsa</i>I recognition site (Primer 39/40) to build a modulated L0-backbone
 +
                        </div>
 +
                        <div>
 +
                            <h2>ARS1</h2>
 +
                            - New design of ARS1 secretion signal as a B2-B2 part <br>
 +
                            - Oligos 16 + 17 were ordered
 +
                            <h2>GLE</h2>
 +
                            - New design of GLE secretion signal as a B2-B2 part <br>
 +
                            - Oligos 18 + 19 were ordered
 +
                            <h2>SP20</h2>
 +
                            -Design of SP20 secretion enhancement as a B5-B5 part<br>
 +
                            - Oligos 20 + 21 were ordered
 +
                        </div></div>"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="11/12 - 11/18"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/8/8c/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_1112_2.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>RFP</h2>
 +
                         - Designing Primers to amplify RFP containing <i>Bpi</i>I and <i>Bsa</i>I recognition site (Primer 39/40) to build a modulated L0-backbone
 +
                        <h2>PsaD</h2>
 +
                        - Heatshock Transformation of L0-PsaD A1/A3 and L0-PsaD A1/B1 into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B
 +
                        Result/Picture: white colonies carrying L0-PsaD, blue colonies just L0
 +
                        YFP Golden Gate Restriction/Ligation of YFP B5-B5 and YFP B3-B4 into L0"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="11/12 - 11/18"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/9/93/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_1119.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>PsaD</h2>
 +
                        - overnight cultures of DH10B with L0-PsaD A1/A3 and L0-PsaD A1/B1
 +
                        <div style='text-indent:20px;'>- plasmid prep of ON-culture</div>
 +
                        <div style='text-indent:20px;'>- Nano-Drop concentration</div>
 +
                        - sequencing result: positive sequencing result of 1 clone each"
 +
                        data-date="11/26 - 12/02"
 +
                        data-category="synthesis">
 +
                        December
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<div class='two-columns'><div>
 +
                            <h2>RFP</h2>
 +
                            - PCR to amplify RFP from pPH041 backbone using primers 39/40 <br>
 +
                            - RFP will be selection marker on L0 backbone within the fusion site <br>
 +
                            - restriction of RFP with <i>Bsa</i>I; restriction of pAGM9121 backbone with <i>Bsa</i>I <br>
 +
                            - Ligation of pAGM9121 backbone with RFP using T4 ligase → L0-RFP (RFP ist NOT an insert, its inside the cloning site) <br>
 +
                            - Heatshock transformation of L0-RFP into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B
 +
                        </div>
 +
                        <div>
 +
                            <h2>ARS1</h2>
 +
                            - Oligoannealing of Oligos 16 + 17 for the creation of the ARS1 secretion signal with B2 fusion sites
 +
                            <h2>GLE</h2>
 +
                            - Oligoannealing of Oligos 18 + 19 for the creation of the GLE secretion signal with B2 fusion sites
 +
                            <h2>SP20</h2>
 +
                            - Oligoannealing of Oligos 20 + 21 for the creation of the SP20 secretion enhancement with B5 fusion sites
 +
                        </div></div>"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="12/03 - 12/09"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/3/3a/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_1203.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<div class='two-columns'><div>
 +
                            <h2>L0-RFP</h2>
 +
                            - positive sequencing result of L0-RFP containing required restriction and fusion sites
 +
                            <h2>PsaD</h2>
 +
                            - Golden Gate Restriction/Ligation of PsaD PCR Products (PsaD A1-A3 and PsaD A1-B1) with L0-RFP plasmid using <i>Bpi</i>I
 +
                            <h2>ARS1</h2>
 +
                            - Ligation of ARS1 into L0-RFP<br>
 +
                            - Heatshock transformation of L0-ARS into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B<br>
 +
                            - 3 Over-night cultures were made and prepped and sent for sequencing
 +
                            <h2>GLE</h2>
 +
                            - Ligation of GLE into L0-RFP<br>
 +
                            - Heatshock transformation of L0-GLE into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B<br>
 +
                            - 3 Over-night cultures were made and prepped and sent for sequencing
 +
                        </div>
 +
                        <div>
 +
                            <h2>SP20</h2>
 +
                            - Ligation of SP20 into L0-RFP<br>
 +
                            - Heatshock transformation of L0-SP20 into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B<br>
 +
                            - 3 Over-night cultures were made and prepped and sent for sequencing
 +
                            <h2>His-Tag</h2>
 +
                            - Design of a 6xHis-Tag for detection, isolation and purification as a C-terminal tag; B5-B5 module<br>
 +
                            - Oligonucleotides 47+48 were ordered
 +
                            <h2>HA-Tag</h2>
 +
                            - Design of a 3xHA-Tag for detection, isolation and purification as a C-terminal tag; B5-B5 module<br>
 +
                            - Oligonucleotides 49+50 were ordered
 +
                        </div></div>"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="12/10 - 12/16"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/e/e1/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_1210_1.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<div class='two-columns'><div>
 +
                            <h2>YFP</h2>
 +
                            - Heatshock Transformation of L0-YFP B5-B5 and B3-B4 into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B
 +
                            3 Over-night cultures were made and prepped and sent for sequencing
 +
                            <h2>PsaD</h2>
 +
                            - Heatshock Transformation of L0-PsaD A1/A3 and L0-PsaD A1/B1 into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B <br>
 +
                            - Result/Picture: white colonies carrying L0-PsaD, red colonies just L0-RFP
 +
                        </div>
 +
                        <div>
 +
                            <h2>His-Tag</h2>
 +
                            - Oligoannealing of 47+48 to produce the 6xHis-Tag with B5-B5 fusion sites<br>
 +
                            - Ligation of the annealed product to L0-RFP
 +
                            <h2>HA-Tag</h2>
 +
                            - Oligoannealing of 49+50 to produce the 3xHA-Tag with B5-B5 fusion sites<br>
 +
                            - Ligation of the annealed product to L0-RFP
 +
                        </div></div>"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="12/17 - 12/23"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/7/77/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_1217_1.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>YFP</h2>
 +
                        - Positive sequencing results of L0-YFP B5-B5 and B3-B4
 +
                        <h2>ARS1</h2>
 +
                        - Positive sequencing results of L0-ARS B2-B2
 +
                        <h2>GLE</h2>
 +
                        - Positive sequencing results of L0-GLE B2-B2
 +
                        <h2>SP20</h2>
 +
                        - Positive sequencing results of L0-SP20 B5-B5
 +
                        <h2>PsaD</h2>
 +
                        - Positive sequencing results of L0-PsaD A1/A3 <br>
 +
                        - negative sequencing results of L0-PsaD A1/B1"
 +
                        data-date="12/31 - 01/06"
 +
                        data-category="synthesis">
 +
                        January
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>His-Tag</h2>
 +
                        - Failed Heatshock Transformation of L0-His-Tag into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B (07.01.) <br>
 +
                        - Repetition of Heatshock transformation (10.01.) <br>
 +
                        - 3 Over-night cultures were made and prepped and sent for sequencing <br>
 +
                        <h2>HA-Tag</h2>
 +
                        Failed Heatshock Transformation of L0-HA-Tag into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B (07.01.) <br>
 +
                        Repetition of Heatshock transformation (10.01) <br>
 +
                        3 Over-night cultures were made and prepped and sent for sequencing"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="01/07 - 01/13"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/5/5b/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_1217_4.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>His-Tag</h2>
 +
                        - Oligoannealing of 47+55 to produce the 6xHis-Tag with B5-B5 fusion sites <br>
 +
                        - Ligation of the annealed product to L0-RFP <br>
 +
                        - Heatshock Transformation of L0-His-Tag into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B <br>
 +
                        - Colony PCR <br>
 +
                        - 3 Over-night cultures were made and prepped and sent for sequencing"
 +
                        data-date="01/28 - 02/03"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/ca/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_0128_1.png">
 +
                        February
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>His-Tag</h2>
 +
                        - Corrected sequencing results of L0-6xHis-Tag B5-B5
 +
                        <h2>B2 Linker for Level 1 plasmid</h2>
 +
                        - Designing DNA Oligos as a Linker module containing B2 fusion sites ('Primer' 72/73)"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="02/04 - 02/10">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>Paromomycin</h2>
 +
                        - Designing primers for aphVIII with B3-B4 fusion sites taken from AG Hegemann plasmid p114 (Primer 75+76)
 +
                        <h2>Hygromycin</h2>
 +
                        - Designing primers for aphVII with B3-B4 fusion sites taken from AG Hegemann plasmid p360 (Primer 77+78)
 +
                        <h2>B2 Linker for Level 1 plasmid</h2>
 +
                        - Oligo Annealing of B2 Linker using Primers 72/73"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                         data-date="02/11 - 02/17">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<div class='two-columns'><div>
 +
                            <h2>Paromomycin</h2>
 +
                            - <b>02/18</b> Doing a PCR with primers 75+76 and p114; PCR-clean up<br>
 +
                            - <b>02/20</b> Golden Gate Restriction/Ligation of Paromomycin PCR Product (Paro B3-B4) with L0-RFP plasmid using <i>Bpi</i>I<br>
 +
                            - <b>02/22</b> Heatshock Transformation of L0-Paro B3-B4 into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B<br>
 +
                            - Colony PCR
 +
                            <h2>Hygromycin</h2>
 +
                            - <b>02/18</b> Doing a PCR with primers 77+78 and p360 → Failed<br>
 +
                            - <b>02/19</b> Repeating PCR with primers 77+78 and p360 → Failed<br>
 +
                            - Optimization of annealing temperature to 62°C → we got the wanted product<br>
 +
                            - <b>02/21</b> Golden Gate Restriction/Ligation of Hygromycin PCR Product (Hyg B3-B4) with L0-RFP plasmid using <i>Bpi</i>I<br>
 +
                            - <b>02/22</b> Heatshock Transformation of L0-Hyg B3-B4 into heat-competent <i>E.coli</i> DH10B<br>
 +
                            - Colony PCR with white colonies → Failed
 +
                        </div>
 +
                        <div>
 +
                            <h2>Amp/Ori part for level 1 plasmid</h2>
 +
                            - PCR to amplify Amp/Ori from pICH47732 backbone using primers 56/57<br>
 +
                            - restriction of Amp/Ori with <i>Xba</i>I and BamHI
 +
                            <h2>L1a,b,c-RFP part for level 1 plasmid</h2>
 +
                            - PCR to amplify RFP from L0-RFP backbone using different primers to get 3 different L1 overhang versions<br>
 +
                            -- L1a-RFP: Primer 58,59<br>
 +
                            -- L1b-RFP: Primer: 60, 61<br>
 +
                            -- L1c-RFP: Primer: 62, 63<br>
 +
                            - Digestion of different PCR products using <i>Spe</i>I & <i>BamH</i>I
 +
                            <h2>L1 Plasmids</h2>
 +
                            - Ligation of Amp/Ori with<br>
 +
                            -- 1) L1a-RFP<br>
 +
                            -- 2) L1b-RFP<br>
 +
                            -- 3) L1c-RFP using T4 ligase<br>
 +
                            - Heat-shock Transformation into competent DH10B cells Result: not succesful
 +
                        </div></div>"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="02/18 - 02/24"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/b/be/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_0218_1.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<div class='two-columns'><div>
 +
                            <h2>Paromomycin</h2>
 +
                            - Preparation of 3 overnight cultures of clones 1, 2, 3 (colony PCR 22.02.) <br>
 +
                            - Plasmid prep the next day<br>
 +
                            - Sending plasmids for sequencing <br>
 +
                            - Corrected sequencing results of L0-Paro B3-B4
 +
                            <h2>Hygromycin</h2>
 +
                            - <b>03/26</b> Second try of doing a colony PCR → worked out<br>
 +
                            - Preparation of 3 overnight cultures K4,7,9<br>
 +
                            - <b>03/27</b> plasmid prep + sending them in for sequencing<br>
 +
                            - <b>03/28</b> Corrected sequencing results of L0-Hyg B3-B4
 +
                        </div>
 +
                        <div>
 +
                            <h2>L1a,b,c - RFP</h2>
 +
                            - mistake: it was noticed that primer to amplify 3 different RFP versions were designed wrong → buffer bases were missing, so that the restriction enzymes did not attach to the DNA <br>
 +
                            - designing and ordering new primers containing buffer bases (primer 84-89)
 +
                        </div></div>"
 +
                        data-date="02/25 - 03/03"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/b/bf/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_0225_1.png">
 +
                        March
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>L1a,c,b, -RFP</h2>
 +
                        - new PCR to amplify different RFP versions"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="03/11 - 03/17">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>YFP</h2>
 +
                        - Primer design for a new YFP B4-B4 contruct (Primer 111 + 27)"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="05/13 - 05/19">
 +
                        May
 +
                    </div>
 +
<div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>YFP</h2>
 +
                        - PCR of YFP B4-B4; size: 749 bp <br>
 +
                        - Ligation YFP B4-B4 with L0-RFP"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/f/f7/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_0527.png"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="05/27 - 06/02">
 +
                        June
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>YFP</h2>
 +
                        - Transformation L0-YFP B4-B4 into <i>E. coli </i><br>
 +
                        - Colony PCR YFP-B4-B4 in <i>E. coli</i>"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="06/03 - 06/09">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>YFP</h2>
 +
                        - sequencing result of YFP B4-B4 clone 2 was positive"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="06/17 - 06/23">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>B2 Linker</h2>
 +
                        - creating new primers"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-date="07/01 - 07/07">
 +
                        July
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>B2 Linker</h2>
 +
                        - Oligo Annealing B2 Linker<br>
 +
                        - succesfull"
 +
                        data-category="synthesis"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/e/e8/T--Humboldt_Berlin--notebook_s_0708.png"
 +
                        data-date="06/17 - 06/23">
 +
                    </div>
 +
 
 +
 
 +
 
 +
                    <!-- human practice -->
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>Green Week Berlin/ Microplastic presentation of BfR</h2>
 +
                        - participants: Fabienne, Andrej"
 +
                        data-date="January 2019"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/4/45/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jan19.jpeg"
 
                         data-category="human-practice">
 
                         data-category="human-practice">
 +
                        January 2019
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>TV report about “Chlamylicious”</h2>
 +
                        - participants: Fabienne, Juli, Andrej, Dimitri"
 +
                        data-date="May 2019"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/2/24/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_May19.png">
 +
                        May
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <div class="timeline-dot"
 
                     <div class="timeline-dot"
−
                         data-text="- Searching for gene templates <br>
+
                         data-text="<h2>2 week study at MPI Göttingen</h2>
−
                        <h2>chemical competent DH10B</h2>
+
                        - participant: Darius"
−
                         - production of chemical competent E. coli DH10B cells <br>
+
                        data-category="human-practice"
−
                         - PCR for YFP B5-B5 with primer 7+8"
+
                        data-date="May 2019">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                         data-text="<h2>Upcycling Project at the family event of Humboldt University with the collaboration of Satch backpacks</h2>
 +
                         - participants: Sophia, Luise, Fabienne"
 
                         data-category="human-practice"
 
                         data-category="human-practice"
−
                         data-date="10/22 - 10/28">
+
                         data-date="May 2019"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/f/fa/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_May19_2.png">
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <div class="timeline-month"
 
                     <div class="timeline-month"
−
                         data-text="<h2>chemical competent DH10B</h2>
+
                         data-text="<h2>Long Night of The Sciences Berlin</h2>
−
                         - checking the chemical competent DH10B cells → Transformation of plasmid containing RFP (Plasmid: pP51) (result/picture: red colonies grew → cells are competent! no cells on negative control)
+
                         - participants: Juli, Darius, Luise, Paul, Johannes, Andrej, Ale, Patrick, Marc, Elena, Dimitri, Sandra, Fabienne, Saskia"
−
                        <h2>ARS</h2>
+
                         data-date="June 2019"
−
                        - Design of Arylsulfatase 1 (ARS) secretion signal as a B2-B2 part
+
−
                        <h2>GLE</h2>
+
−
                        - Design of Gametolysin (GLE) secretion signal as a B2-B2 part"
+
−
                         data-date="10/29 - 11/04"
+
 
                         data-category="human-practice"
 
                         data-category="human-practice"
−
                         data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/1/17/T--Humboldt_Berlin--Notebook-10-29.png">
+
                         data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/8/8b/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jun19.png">
−
                         November
+
                        June
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>Visit at MINT Microalgae Engineering</h2>
 +
                        - participants: Paul, Darius, Dimitri, Andrej"
 +
                        data-date="July 2019"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/6/69/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jul19_1.png">
 +
                         July
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>Visit and presentation at ResearchGate Berlin</h2>
 +
                        - participants: Juli, Darius, Andrej, Paul"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-date="July 2019"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/2/2b/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jul19_2.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>Visit and project presentation at MERCK</h2>
 +
                        - participants: Andrej, Dimitri, Darius, Sophia, Saskia, Juli"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-date="July 2019"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/5/5a/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jul19_4.png">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-dot"
 +
                        data-text="<h2>Visit at algae farm</h2>
 +
                        - participants: Andrej, Dimitri, Darius, Fabienne, Johannes, Luise, Paul, Simon"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-date="July 2019"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/b/b2/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_Jul_5.jpeg">
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>Panel discussion about genetic editing</h2>
 +
                        - participants: Luise, Sophia, Fabienne"
 +
                        data-date="October 2019"
 +
                        data-category="human-practice"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/5/5e/T--Humboldt_Berlin--notebook_h_oct19_3.png">
 +
                        October
 +
                    </div>
 +
 
 +
                    <!-- reinhardtii cultivation and transformations (chlamy) -->
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>Cultivation of <i>C. reinhardtii</i> in the lab started, introductions to sterile working conditions</h2>
 +
                        - participants: Alexander Bergmüller, Simon Kelterborn"
 +
                        data-date="November 2018"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        November 2018
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="<h2>First toxicity-tests on algal growth (strain CC-125) of ethylene glycol at concentrations between 0,005-5 % yields no results</h2>
 +
                        - participants: Alexander Bergmüller"
 +
                        data-date="November 2018 - December 2018"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        December
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="- Toxicity-tests: Inhibition of algal growth (strains CC-125 and CC-3403) by ethylene glycol at a concentration between 6-7 % was shown<br>
 +
                        - Terephthalic acid shown not to inhibit algal growth<br><br>
 +
                        - participants: Alexander Bergmüller, Sophia Schiebler Darius Rauch, Paul Herrmann"
 +
                        data-date="January 2019"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        January
 +
                    </div>
 +
<div class="timeline-month"
 +
                        data-text="- First Toxicity-tests in a multicultivator, which measures algal growth under different conditions: Inhibition of C. reinhardtii by ethylene glycol at a concentration of 6 % was confirmed<br>
 +
                        - Cultivation of strain CC-125 in high salt medium shows inhibited growth <br><br>
 +
                        - participants: Paul Herrmann, Andrej Andjelic"
 +
                        data-date="May 2019"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        May
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="- started the transformations of L1-constructs into Chlamy<br>
 +
                        - checked the functionality of our paromomycin and hygromycin selection cassettes<br>
 +
                        - Cultivation tests of strain SAG 11-32b in high salt medium with added PET in concentrations of 10-800 mg/L. Wastewater contains 250 mg/L PET before treatment. <br><br>
 +
                        - participants: Simon Kelterborn, Darius Rauch, Dimitri Schumacher, Elena Rätsch, Juliana Rojas Pión, Paul Herrmann"
 +
                        data-date="June 2019"
 +
                        data-image="https://static.igem.org/mediawiki/2019/4/40/T--Humboldt_Berlin--HSM_PET.jpeg"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        June
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="- First Chlamy transformations are discarded, since they were contaminated<br>
 +
                        - Transformation of further L1-constructs<br>
 +
                        - constructs containing YFP: colony-PCR showed integration of the plasmid into Chlamy’s genome, but no fluorescence could be measured by the plate reader <br>
 +
                        - PETase-YFP-containing constructs displayed fluorescence visible under the confocal microscopy<br><br>
 +
                        - participants: Darius Rauch, Dimitri Schumacher, Elena Rätsch, Juliana Rojas Pión, Paul Herrmann"
 +
                        data-date="July 2019"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        July
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="- Started with the construction of our own bioreactor. Conceptualization of the functionalities and necessary features had before been experimentally determined during our multicultivation tests<br>"
 +
                        data-date="August 2019"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        August
 +
                    </div>
 +
                    <div class="timeline-month"
 +
                        data-text="- Wiring and programming the sensors and LEDs on the DIY-bioreactor<br>
 +
                        - laser-cutting of the shell and cultivation compartment of our bioreactor"
 +
                        data-date="September 2019"
 +
                        data-category="chlamy">
 +
                        September
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 183: Line 607:
 
                     <div>
 
                     <div>
 
                         <h3 class="infobox-date"></h3>
 
                         <h3 class="infobox-date"></h3>
−
                         <img src="" alt="" class="infobox-image no-image"/>
+
                         <img src="" alt="" class="infobox-image no-image" />
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <p class="infobox-text"></p>
 
                     <p class="infobox-text"></p>
Line 189: Line 613:
 
             </section>
 
             </section>
 
         </div>
 
         </div>
−
    </main>
+
        </main>
  
−
<div class="footer-container">
+
        <div class="footer-container">
−
        <footer class="width-limit">
+
            <footer class="width-limit">
−
            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/e/ee/T--Humboldt_Berlin--logo_black.png" class="footer-logo" alt="Chlamylicious Logo Black" />
+
                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/e/ee/T--Humboldt_Berlin--logo_black.png" class="footer-logo" alt="Chlamylicious Logo Black" />
−
            <div class="footer-right">
+
                <div class="footer-right">
−
                <ul>
+
                    <ul>
−
                    <li>
+
                        <li>
−
                        <a href="/Team:Humboldt_Berlin">
+
                            <a href="/Team:Humboldt_Berlin">
 
                             Home
 
                             Home
 
                         </a>
 
                         </a>
−
                    </li>
+
                        </li>
−
                    <li>
+
                        <li>
−
                        <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Team">
+
                            <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Team">
 
                             Team
 
                             Team
 
                         </a>
 
                         </a>
−
                    </li>
+
                        </li>
−
                    <li>
+
                        <li>
−
                        <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Description">
+
                            <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Description">
 
                             Project
 
                             Project
 
                         </a>
 
                         </a>
−
                    </li>
+
                        </li>
−
                </ul>
+
                    </ul>
−
                <ul>
+
                    <ul>
−
                    <li>
+
                        <li>
−
                        <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Parts">
+
                            <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Parts">
 
                             Parts
 
                             Parts
 
                         </a>
 
                         </a>
−
                    </li>
+
                        </li>
−
                    <li>
+
                        <li>
−
                        <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Safety">
+
                            <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Safety">
 
                             Safety
 
                             Safety
 
                         </a>
 
                         </a>
−
                    </li>
+
                        </li>
−
                    <li>
+
                        <li>
−
                        <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Human_Practices">
+
                            <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Human_Practices">
 
                             Human Practices
 
                             Human Practices
 
                         </a>
 
                         </a>
−
                    </li>
+
                        </li>
−
                    <li>
+
                        <li>
−
                        <a href="https://igem.org/2019_Judging_Form?team=Humboldt_Berlin">
+
                            <a href="https://igem.org/2019_Judging_Form?team=Humboldt_Berlin">
 
                             For Judges
 
                             For Judges
 
                         </a>
 
                         </a>
−
                    </li>
+
                        </li>
−
                </ul>
+
                    </ul>
−
            </div>
+
                </div>
−
        </footer>
+
            </footer>
 +
        </div>
 
     </div>
 
     </div>
  
−
<script>
+
        <script>
−
        var elementOffset = 160;
+
            var elementOffset = 160;
−
        var container = document.querySelector('.notebook');
+
            var container = document.querySelector('.notebook');
−
        var infobox = document.querySelector('.infobox');
+
            var infobox = document.querySelector('.infobox');
−
        var infoboxText = document.querySelector('.infobox-text');
+
            var infoboxText = document.querySelector('.infobox-text');
−
        var infoboxDate = document.querySelector('.infobox-date');
+
            var infoboxDate = document.querySelector('.infobox-date');
−
        var infoboxImage = document.querySelector('.infobox-image');
+
            var infoboxImage = document.querySelector('.infobox-image');
−
        var firstElement = document.querySelectorAll('.timeline > div')[0]
+
            var firstElement = document.querySelectorAll('.timeline > div')[0]
−
        var categoryFilter = document.querySelectorAll('.category');
+
            var categoryFilter = document.querySelectorAll('.category');
−
 
+
   
−
        infoboxText.innerHTML = firstElement.getAttribute('data-text');
+
            infoboxText.innerHTML = firstElement.getAttribute('data-text');
−
        infoboxDate.innerHTML = firstElement.getAttribute('data-date');
+
            infoboxDate.innerHTML = firstElement.getAttribute('data-date');
−
 
+
   
−
        setFilter('synthesis');
+
            setFilter('synthesis');
−
 
+
   
−
        [].forEach.call(categoryFilter, function(el) {
+
            [].forEach.call(categoryFilter, function(el) {
−
            el.addEventListener('click', function() {
+
                el.addEventListener('click', function() {
−
                setFilter(el.getAttribute('data-category'));
+
                    setFilter(el.getAttribute('data-category'));
 +
                });
 +
            })
 +
   
 +
            window.addEventListener("scroll", function () {
 +
                updateTimeline();
 +
                setFixedElements();
 
             });
 
             });
−
        })
+
   
 +
            function setFixedElements() {
 +
                var timelineOffset = document.querySelector('.timeline').getBoundingClientRect().top;
  
−
        window.addEventListener("scroll", function () {
+
                if (timelineOffset < 150) {
−
            updateTimeline();
+
                    infobox.classList.add('fixed')
−
            setFixedElements();
+
−
        });
+
−
 
+
−
        function setFixedElements() {
+
−
            if (window.pageYOffset >= (window.innerHeight + 100)) {
+
−
                infobox.classList.add('fixed')
+
−
            } else {
+
−
                infobox.classList.remove('fixed')
+
−
            }
+
−
        }
+
−
 
+
−
        function setFilter(filter) {
+
−
            const elements = document.querySelectorAll('.timeline > div');
+
−
            container.classList.remove('bioreaktor-color');
+
−
            container.classList.remove('chlamy-color');
+
−
            container.classList.remove('human-practice-color');
+
−
            container.classList.remove('synthesis-color');
+
−
            container.classList.add(filter + '-color');
+
−
 
+
−
            [].forEach.call(elements, function(el) {
+
−
                if (el.getAttribute('data-category') === filter) {
+
−
                    el.classList.add('visible')
+
 
                 } else {
 
                 } else {
−
                     el.classList.remove('visible')
+
                     infobox.classList.remove('fixed')
 
                 }
 
                 }
−
             })
+
             }
−
             updateTimeline()
+
   
−
        }
+
             function setFilter(filter) {
−
 
+
                const elements = document.querySelectorAll('.timeline > div');
−
        function updateTimeline() {
+
                container.classList.remove('bioreaktor-color');
−
            const elements = document.querySelectorAll('.timeline > div');
+
                container.classList.remove('chlamy-color');
−
 
+
                container.classList.remove('human-practice-color');
−
            [].forEach.call(elements, function(el) {
+
                container.classList.remove('synthesis-color');
−
                if (isElementActive(el)) {
+
                container.classList.add(filter + '-color');
−
                    if (el.classList.contains('visible')) {
+
   
−
                        el.classList.add('active-timeline-el')
+
                [].forEach.call(elements, function(el) {
 +
                    if (el.getAttribute('data-category') === filter) {
 +
                        el.classList.add('visible')
 +
                    } else {
 +
                        el.classList.remove('visible')
 +
                    }
 +
                })
 +
                updateTimeline()
 +
            }
 +
   
 +
            function updateTimeline() {
 +
                const elements = document.querySelectorAll('.timeline > div');
 +
   
 +
                [].forEach.call(elements, function(el) {
 +
                    if (isElementActive(el)) {
 +
                        if (el.classList.contains('visible')) {
 +
                            el.classList.add('active-timeline-el')
 +
                        } else {
 +
                            el.classList.remove('active-timeline-el')
 +
                        }
 
                     } else {
 
                     } else {
 
                         el.classList.remove('active-timeline-el')
 
                         el.classList.remove('active-timeline-el')
 
                     }
 
                     }
−
                 } else {
+
                 });
−
                    el.classList.remove('active-timeline-el')
+
   
 +
                const activeElements = document.querySelectorAll('.active-timeline-el');
 +
                var lastActive = activeElements[activeElements.length - 1];
 +
                if (lastActive === undefined) {
 +
                    lastActive = document.querySelectorAll('.timeline > div.visible')[0];
 
                 }
 
                 }
−
            });
+
   
−
 
+
                if (lastActive !== undefined) {
−
            const activeElements = document.querySelectorAll('.active-timeline-el');
+
                    infoboxText.innerHTML = lastActive.getAttribute('data-text')
−
            const lastActive = activeElements[activeElements.length - 1]
+
                    infoboxDate.innerHTML = lastActive.getAttribute('data-date');
−
 
+
   
−
            if (lastActive !== undefined) {
+
                    const imageUrl = lastActive.getAttribute('data-image');
−
                infoboxText.innerHTML = lastActive.getAttribute('data-text')
+
                    if (imageUrl !== null) {
−
                infoboxDate.innerHTML = lastActive.getAttribute('data-date');
+
                        infoboxImage.classList.remove('no-image')
−
 
+
                        infobox.classList.add('has-image');
−
                const imageUrl = lastActive.getAttribute('data-image');
+
                        infoboxImage.src = imageUrl;
−
                if (imageUrl !== null) {
+
                    } else {
−
                    infoboxImage.classList.remove('no-image')
+
                        infoboxImage.classList.add('no-image')
−
                    infobox.classList.add('has-image');
+
                        infobox.classList.remove('has-image');
−
                    infoboxImage.src = imageUrl;
+
                        infoboxImage.src = "";
−
                } else {
+
                    }
−
                    infoboxImage.classList.add('no-image')
+
−
                    infobox.classList.remove('has-image');
+
−
                    infoboxImage.src = "";
+
 
                 }
 
                 }
 
             }
 
             }
−
        }
+
   
−
 
+
            // rename?
−
        // rename?
+
            function isElementActive(el) {
−
        function isElementActive(el) {
+
                var top = el.offsetTop - elementOffset;
−
            var top = el.offsetTop - elementOffset;
+
   
−
 
+
                while(el.offsetParent) {
−
            while(el.offsetParent) {
+
                    el = el.offsetParent;
−
                el = el.offsetParent;
+
                    top += el.offsetTop;
−
                top += el.offsetTop;
+
                }
 +
   
 +
                return (
 +
                    top <= window.pageYOffset
 +
                );
 
             }
 
             }
 +
        </script>
  
−
            return (
 
−
                top <= window.pageYOffset
 
−
            );
 
−
        }
 
−
    </script>
 
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 21:47, 21 October 2019

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