Difference between revisions of "Team:Humboldt Berlin/Basic Part"

 
(36 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 1: Line 1:
 
{{Humboldt_Berlin}}
 
{{Humboldt_Berlin}}
 
<html>
 
<html>
 +
  
 
<div class="has-animations description no-js" id="container">
 
<div class="has-animations description no-js" id="container">
Line 30: Line 31:
 
                             <div class="submenu">
 
                             <div class="submenu">
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Team">Team members</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Team">Team members</a>
−
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Collaborations">Collaboration</a>
+
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Collaborations">Collaborations</a>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 78: Line 79:
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Model">Model</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Model">Model</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Plant">Plant</a>
 
                                 <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Plant">Plant</a>
−
                                <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Software">Software</a>
 
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div class="devider"></div>
 
                         <div class="devider"></div>
−
                         <a href="https://igem.org/2019_Judging_Form?team=Humboldt_Berlin">
+
                         <a href="https://2019.igem.org/Team:Humboldt_Berlin/Achievements">
 
                             For Judges
 
                             For Judges
 
                         </a>
 
                         </a>
Line 100: Line 100:
  
 
             <!-- HEADLINE TEXT -->
 
             <!-- HEADLINE TEXT -->
−
             <h1 class="page-headline description" style="color:#ffffff">Basic Part</h1>
+
             <h1 class="page-headline description" style="color:#ffffff">Basic Parts</h1>
 
         </div>
 
         </div>
  
 
         <!------------------------------------------ HEADER END -------------------------------------------------->
 
         <!------------------------------------------ HEADER END -------------------------------------------------->
  
−
        <section class="page-content fixed-header-content experiments">
+
    <section class="page-content fixed-header-content">
−
            <div class="protocolls-header">
+
       
−
                <h2 class="page-subheadline">Protocolls</h2>
+
              
−
                <div class="protocolls-buttons">
+
−
                    <div class="collapse-all">
+
−
                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/3/3e/T--Humboldt_Berlin--ArrowDown.jpg">
+
−
                        Collapse all
+
−
                    </div>
+
−
                    <div class="expand-all">
+
−
                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/3/3e/T--Humboldt_Berlin--ArrowDown.jpg">
+
−
                        Expand all
+
−
                    </div>
+
−
                </div>
+
−
             </div>
+
  
−
            <div class="experiments-container">
+
             
−
                <div class="experiments-bar open">
+
      <!------------------------------------------ Basic L0 parts ---------------------------------------->
−
                    <h3 class="lightgreen">Chlamydomonas Protocol</h3>
+
  
−
                    <div class="experiments-bar-content">
 
−
                        <div class="experiments-bar">
 
−
                            <h3>Media & Plates</h3>
 
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
<div class="width-limit">
−
                                <p>
+
<div class="width-limit padding-container ptable" style="width: 60%; margin-left:auto;margin-right:auto">
−
                                    To be able to work with C. reinhardtii, you will need medium.
+
      <p><table>
−
                                    This medium can be in either liquid or solid form and is essential
+
<!------------------------------------------ Basic L0 parts ---------------------------------------->
−
                                    for any experiment regarding C. reinhardtii. The media we used for
+
                                                 
−
                                    C. reinhardtii is TAP medium.
+
−
                                </p>
+
  
−
                                <table>
+
                                                    <tr>
−
                                    <tr>
+
                                                        <th scope="col">Part Name</th>
−
                                        <th scope="col">Media</th>
+
                                                        <th scope="col">Registry Name </th>
−
                                        <th scope="col">0,5 L</th>
+
                                                        <th scope="col">Registry Type</th>
−
                                        <th scope="col">1,8L</th>
+
                                                        <th scope="col">Description </th>
−
                                    </tr>
+
                                                        <th scope="col">Fusion Sites </th>
−
                                    <tr>
+
                                                        <th scope="col">Position in L1</th>
−
                                        <td><b>40 x TAP/TA/TAPi</b></td>
+
                                                    </tr>
−
                                        <td>12,5 ml</td>
+
−
                                        <td>20 ml</td>
+
−
                                    </tr>
+
−
                                    <tr>
+
−
                                        <td><b>40 x Beijerink Salts</b></td>
+
−
                                        <td>12,5 ml</td>
+
−
                                        <td>20 ml</td>
+
−
                                    </tr>
+
−
                                    <tr>
+
−
                                        <td><b>Trace Elements (revised)</b></td>
+
−
                                        <td>3,5 ml</td>
+
−
                                        <td>5,6 ml</td>
+
−
                                    </tr>
+
−
                                    <tr>
+
−
                                        <td><b>H2O</b></td>
+
−
                                        <td>471,5 ml</td>
+
−
                                        <td>754,4 ml</td>
+
−
                                    </tr>
+
−
                                    <tr>
+
−
                                        <td><b>For Plates: + Agar (1,8 %)</b></td>
+
−
                                        <td>7,2 g</td>
+
−
                                        <td>14,4 g</td>
+
−
                                    </tr>
+
−
                                </table>
+
−
                                <p>Tap Medium should be adjusted to 7,0 - 7,2 pH and autoclaved.</p>
+
−
                            </div>
+
−
                        </div>
+
−
                        <div class="experiments-bar">
+
−
                            <h3>Cultivation</h3>
+
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-ARS1</td>
−
                            </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984000">BBa_K2984000 </a> </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>Coding</td>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0 backbone with 3'UTR Arylsulfatase1 secretion signal </td>
−
                            <h3>Transformation</h3>
+
                                                        <td>B2-B2</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-GLE</td>
−
                            </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984001">BBa_K2984001 </a> </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>Coding</td>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0 backbone with 3'UTR gametolysin secretion signal </td>
−
                            <h3>Colony Screening PCR</h3>
+
                                                        <td>B2-B2</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-RFP</td>
−
                            </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984004">BBa_K2984004</a> </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>Coding</td>
−
                    </div>
+
                                                        <td>L0 backbone with RFP</td>
−
                </div>
+
                                                        <td> - </td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
  
−
                <div class="experiments-bar open">
+
                                                    <tr>
−
                    <h3 class="pink">E. coli Protocols</h3>
+
                                                        <td>L0-Paro</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984006">BBa_K2984006 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with Paromomycine resistance CDS </td>
 +
                                                        <td>B3-B4</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
  
−
                    <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                        <div class="experiments-bar open">
+
                                                        <td>L0-amp</td>
−
                            <h3>Cultivation</h3>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984007">BBa_K2984007</a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with ampilicin resistance</td>
 +
                                                        <td> -</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0-PsaD</td>
−
                                    <h3>Media & Plates</h3>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984008">BBa_K2984008 </a> </td>
 +
                                                        <td>Regulatory </td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with PsaD promoter  </td>
 +
                                                        <td>A1-B1</td>
 +
                                                        <td style="color:#1AA67A;text-align:center">&#9607;</td<!grün>
 +
                                                    </tr>
  
−
                                    <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                        TODO
+
                                                        <td>L0-AR</td>
−
                                    </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984009">BBa_K2984009 </a> </td>
−
                                </div>
+
                                                        <td>Regulatory </td>
−
                                <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0 backbone with AR promoter  </td>
−
                                    <h3>Overnight Cultures</h3>
+
                                                        <td>A1-A3</td>
 +
                                                        <td style="color:#1AA67A;text-align:center">&#9607;</td><!grün>
 +
                                                    </tr>
  
−
                                    <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                        TODO
+
                                                        <td>L0 - Backbone  </td>
−
                                    </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984010">BBa_K2984010 </a> </td>
−
                                </div>
+
                                                        <td>Plasmid </td>
−
                            </div>
+
                                                        <td>L0 backbone (plasmid with RFP insert)  </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>-</td>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>-</td>
−
                            <h3>Transformation</h3>
+
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-PETase</td>
−
                            </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984011">BBa_K2984011 </a> </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>Coding</td>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0 backbone with PETase CDS </td>
−
                            <h3>DNA-Isolation</h3>
+
                                                        <td>B3-B4</td>
 +
                                                        <td style="color:#FC4A1F;text-align:center">&#9607;</td><!rot>
 +
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-Hyg</td>
−
                            </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984012">BBa_K2984012 </a> </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>Coding</td>
−
                    </div>
+
                                                        <td>L0 backbone with Hygromycin B resistance CDS </td>
−
                </div>
+
                                                        <td>B3-B4</td>
 +
                                                        <td style="color:#FC4A1F;text-align:center">&#9607;</td><!rot>
 +
                                                    </tr>
  
−
                <div class="experiments-bar open">
+
                                                    <tr>
−
                    <h3 class="lightpurple">Synthesis Protocols</h3>
+
                                                        <td>L0-ptxD</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984013">BBa_K2984013 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS </td>
 +
                                                        <td>B3-B4</td>
 +
                                                        <td style="color:#FC4A1F;text-align:center">&#9607;</td><!rot>
 +
                                                    </tr>
  
−
                    <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0-6xHis tag</td>
−
                            <h3>Sequence & Primer Design</h3>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984014">BBa_K2984014</a> </td>
 +
                                                        <td>Tag</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with 6x histidine tag</td>
 +
                                                        <td>B5-B5</td>
 +
                                                        <td style="color:#A6C2ED;text-align:center">&#9607;</td><!hellblau>
 +
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-3xHis tag</td>
−
                            </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984015">BBa_K2984015</a> </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>Tag</td>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0 backbone with 3x histidine tag</td>
−
                            <h3>PCR</h3>
+
                                                        <td>B5-B5</td>
 +
                                                        <td style="color:#A6C2ED;text-align:center">&#9607;</td><!hellblau>
 +
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-SP<sub>20</sub> </td>
−
                            </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984016">BBa_K2984016</a> </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>Coding</td>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0 backbone with glycomodule for secretion enhancement</td>
−
                            <h3>Digestion</h3>
+
                                                        <td>B5-B5</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-YFP</td>
−
                            </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984017">BBa_K2984017 </a> </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>Coding</td>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS </td>
−
                            <h3>Ligation</h3>
+
                                                        <td>B3-B4</td>
 +
                                                        <td style="color:#FC4A1F;text-align:center">&#9607;</td><!rot>
 +
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-RbcS2</td>
−
                            </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984018">BBa_K2984018</a> </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>Terminator</td>
−
                    </div>
+
                                                        <td>L0 backbone with RuBisCo terminator </td>
−
                </div>
+
                                                        <td>B5-C1</td>
 +
                                                        <td style="color:#0A2187;text-align:center">&#9607;</td><!dunkelblau>
 +
                                                    </tr>
  
−
                <div class="experiments-bar open">
+
                                                    <tr>
−
                    <h3 class="greyblue">General</h3>
+
                                                        <td>L0-YFP</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984020">BBa_K2984020 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS </td>
 +
                                                        <td>B5-B5</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
  
−
                    <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0-RbcS2</td>
−
                            <h3>Gel Electrophoresis</h3>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984021">BBa_K2984021</a> </td>
 +
                                                        <td>Terminator</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with RuBisCo terminator </td>
 +
                                                        <td>B6-C1</td>
 +
                                                        <td style="color:#0A2187;text-align:center">&#9607;</td><!dunkelblau>
 +
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-PsaD</td>
−
                            </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984022">BBa_K2984022 </a> </td>
−
                        </div>
+
                                                        <td>Regulatory </td>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
                                                        <td>L0 backbone with PsaD promoter  </td>
−
                            <h3>Protein Expression: SDS-page</h3>
+
                                                        <td>A1-A3</td>
 +
                                                        <td style="color:#1AA67A;text-align:center">&#9607;</td><!grün>
 +
                                                    </tr>
 +
 
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-YFP</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984024">BBa_K2984024 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS </td>
 +
                                                        <td>B4-B4</td>
 +
                                                        <td style="color:#A6C2ED;text-align:center">&#9607;</td><!hbl>
 +
                                                    </tr>
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
                                                    <tr>
−
                                TODO
+
                                                        <td>L0-AR</td>
−
                             </div>
+
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984025">BBa_K2984025 </a> </td>
−
                         </div>
+
                                                        <td>Regulatory </td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with AR promoter  </td>
 +
                                                        <td>A1-B1</td>
 +
                                                        <td style="color:#1AA67A;text-align:center">&#9607;</td><!grün>
 +
                                                    </tr>
 +
 
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-ptxD</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K29840026">BBa_K2984026 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS </td>
 +
                                                        <td>B3-B3</td>
 +
                                                        <td style="color:#FC4A1F;text-align:center">&#9607;</td><!rot>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                   
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-Linker</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984034">BBa_K2984034</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with Linker sequence </td>
 +
                                                        <td>B2-B2</td>
 +
                                                        <td style="color:#E4DEE7;text-align:center">&#9607;</td><!grau>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-Ble</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984040">BBa_K2984040</a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with Bleomycin resistance </td>
 +
                                                        <td>B1-B1</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-scp</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984044">BBa_K2984044</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with self-cleaving resistance </td>
 +
                                                        <td>B1-B1</td>
 +
                                                        <td>-</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                       
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-PsaDIntron</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984046">BBa_K2984046</a> </td>
 +
                                                        <td>Regulatory</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with PsaDIntron</td>
 +
                                                        <td> A1-A3</td>
 +
                                                        <td style="color:#1AA67A;text-align:center">&#9607;</td><!grün>
 +
                                                    </tr>                                             
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-PETase</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984049">BBa_K2984049</a> </td>
 +
                                                        <td>Regulatory</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with PETase</td>
 +
                                                        <td>B3-B3</td>
 +
                                                        <td style="color:#FC4A1F;text-align:center">&#9607;</td><!rot>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                 
 +
 
 +
                                                   
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-amp</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984058">BBa_K2984058</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>Linker L1c -> L0</td>
 +
                                                        <td> - </td>
 +
                                                        <td style="color:#E4DEE7;text-align:center">&#9607;</td><!grau>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0 Linker</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984060">BBa_K2984060</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>Linker L0 -> L1a</td>
 +
                                                        <td> - </td>
 +
                                                        <td style="color:#E4DEE7;text-align:center">&#9607;</td><!grau>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0 Linker</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984061">BBa_K2984061</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>Linker L0 -> L1b</td>
 +
                                                        <td> - </td>
 +
                                                        <td style="color:#E4DEE7;text-align:center">&#9607;</td><!grau>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L2 Linker</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984062">BBa_K2984062</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>Linker L2 -> L1b</td>
 +
                                                        <td> - </td>
 +
                                                        <td style="color:#E4DEE7;text-align:center">&#9607;</td><!grau>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                   
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>Linker sequence</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984034">BBa_K2984034</a> </td>
 +
                                                        <td>Intermediate</td>
 +
                                                        <td>Linker sequence</td>
 +
                                                        <td> B2-B2 </td>
 +
                                                        <td style="color:#E4DEE7;text-align:center">&#9607;</td><!grau>
 +
                                                    </tr>
 +
 
 +
                                                </table>
 +
 
 +
</div>
 +
 
 +
</br>
 +
             
 +
<!------------------------------------------ TWO COLUMN IMG LEFT -------------------------------------------------->
 +
<div class="width-limit padding-container" >
 +
</br></br>
 +
                    <h3  class="headline3">Here's how our color-code works</h3>
 +
               
 +
</br>
 +
                              
 +
</div>
 +
<div class="two-columns no-margin-top">
 +
                          </br>
 +
<div>
 +
                         <p>
 +
                          <table>
 +
  <tr>
 +
<th scope="col">Promoter</th>
 +
<th scope="col">5' UTR</th>
 +
<th scope="col">CDS</th>
 +
<th scope="col">CDS/Tag</th>
 +
<th scope="col">Terminator</th>
 +
<th scope="col">Linker</th>
 +
                                                    </tr>
 +
<tr>
 +
<td style="text-align:center">A1/A3</br>A1/B1</td>
 +
<td style="text-align:center">B1/B2</td>
 +
<td style="text-align:center">B3/B4</br>B3/B3</td>
 +
<td style="text-align:center">B4/B4</td>
 +
<td style="text-align:center">B5/C1</br>(B6/C1)</td>
 +
<td style="text-align:center">-</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td style="color:#1AA67A;text-align:center">&#9607;</td>
 +
<td style="color:#FFD185;text-align:center">&#9607;</td>
 +
<td style="color:#FC4A1F;text-align:center">&#9607;</td>
 +
<td style="color:#A6C2ED;text-align:center">&#9607;</td>
 +
<td style="color:#0A2187;text-align:center">&#9607;</td>
 +
<td style="color:#E4DEE7;text-align:center">&#9607;</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
                        </p></div>
 +
<div>
 +
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/6/69/T--Humboldt_Berlin--color-code_parts.png" alt="Our color-code for L0 parts" />
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                </div>
+
</div>
 +
<!--------------------------------------- TWO COLUMN IMG LEFT END ----------------------------------------------->
  
−
                <div class="experiments-bar open">
 
−
                    <h3 class="lightblue">Workflow</h3>
 
  
−
                    <div class="experiments-bar-content">
+
<!-------------------------------------- GHOST PARTS ------------------------------------------------------------>
−
                        <div class="experiments-bar">
+
−
                            <h3>Plasmid assembly</h3>
+
  
−
                            <div class="experiments-bar-content">
+
<div class="width-limit padding-container"style="width: 60%; margin-left:auto;margin-right:auto">
−
                                TODO
+
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/0/06/T--Humboldt_Berlin--warning_not-moclo.png" style="max-width:50%; margin-left: auto; margin-right: auto;"/>
−
                            </div>
+
</div> 
−
                        </div>
+
 
−
                    </div>
+
<br><br>
−
                </div>
+
<div class="width-limit padding-container ptable" style="width: 60%; margin-left:auto;margin-right:auto">
−
            </div>
+
<h3 class="headline3">Our ghost (not moclo compatible) parts &#x1f47b;</h3>
−
        </section>
+
<table>
−
    </div>
+
 
 +
 
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <th scope="col">Part Name</th>
 +
                                                        <th scope="col">Registry Name </th>
 +
                                                        <th scope="col">Registry Type</th>
 +
                                                        <th scope="col">Description </th>
 +
                                                    </tr>
 +
 
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-ARS1</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984066">BBa_K2984066 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with 3'UTR Arylsulfatase1 secretion signal</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-GLE</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984067">BBa_K2984067 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with 3'UTR gametolysin secretion signal</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-AR</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984068">BBa_K2984068 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with AR promoter</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-PETase</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984069">BBa_K2984069 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with PETase</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-Hyg</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984070">BBa_K2984070 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with Hygromycin B resistance CDS</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-ptxD</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984071">BBa_K2984071 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-6xHistag</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984072">BBa_K2984072 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with 6x histidine tag</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-3xHis tag</td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984073">BBa_K2984073 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td> L0 backbone with 3x histidine tag</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-SP<sub>20</sub></td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984074">BBa_K2984074 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td> L0 backbone with glycomodule for secretion enhancement</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-YFP</sub></td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984075">BBa_K2984075 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td> L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-RbcS2</sub></td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984076">BBa_K2984076 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with RuBisCo terminator</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-PsaD</sub></td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984077">BBa_K2984077 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with PsaD promoter</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-PsaDIntron</sub></td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984078">BBa_K2984078 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with PsaDIntron</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-Cah</sub></td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984079">BBa_K2984079 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with Carboanhyydrase</td>
 +
                                                    </tr>
  
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>L0-ble+scp</sub></td>
 +
                                                        <td> <a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K2984090">BBa_K2984090 </a> </td>
 +
                                                        <td>Coding</td>
 +
                                                        <td>L0 backbone with Bleomycin resistance</td>
 +
                                                    </tr>
 +
</table>
 +
</div>
 +
<!--------------------------------------- GHOST PART END -----------------------------------------------> 
 +
 +
           
 +
<!--------------------------------------- TO TOP LINK ----------------------------------------------->
 +
                <a href="#" class="to-top-link">
 +
                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/3/3e/T--Humboldt_Berlin--ArrowDown.jpg" /> Go to top
 +
                </a>
 +
                <!--------------------------------------- TO TOP LINK END ------------------------------------------->
 +
</section>
 +
    <!------------------------------------------ FOOTER ---------------------------------------->
 
     <div class="footer-container">
 
     <div class="footer-container">
 
         <footer class="width-limit">
 
         <footer class="width-limit">
−
             <img src="dist/images/T--Humboldt_Berlin--logo_black.png" class="footer-logo" alt="Chlamylicious Logo Black" />
+
             <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/e/ee/T--Humboldt_Berlin--logo_black.png" class="footer-logo" alt="Chlamylicious Logo Black" />
 
             <div class="footer-right">
 
             <div class="footer-right">
 
                 <ul>
 
                 <ul>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a href="/">
+
                         <a href="/Team:Humboldt_Berlin">
 
                             Home
 
                             Home
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a href="/team.html">
+
                         <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Team">
 
                             Team
 
                             Team
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a href="/project.html">
+
                         <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Description">
 
                             Project
 
                             Project
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 +
                </ul>
 +
                <ul>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a href="/parts.html">
+
                         <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Parts">
 
                             Parts
 
                             Parts
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </li>
 
                     </li>
−
                </ul>
 
−
                <ul>
 
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a href="/safety.html">
+
                         <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Safety">
 
                             Safety
 
                             Safety
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a href="/human_practices.html">
+
                         <a href="/Team:Humboldt_Berlin/Human_Practices">
 
                             Human Practices
 
                             Human Practices
 
                         </a>
 
                         </a>
 
                     </li>
 
                     </li>
 
                     <li>
 
                     <li>
−
                         <a href="/awards.html">
+
                         <a href="https://igem.org/2019_Judging_Form?team=Humboldt_Berlin">
−
                            Awards
+
−
                        </a>
+
−
                    </li>
+
−
                    <li>
+
−
                        <a href="/for_judges.html">
+
 
                             For Judges
 
                             For Judges
 
                         </a>
 
                         </a>
Line 360: Line 632:
 
         </footer>
 
         </footer>
 
     </div>
 
     </div>
 +
 +
    <!------------------------------------------ FOOTER END ---------------------------------------->
  
 
     <script>
 
     <script>
−
         var dropdowns = document.querySelectorAll('.experiments-bar h3');
+
         (function () {
−
        var experimentBars = document.querySelectorAll('.experiments-bar');
+
              document.querySelector('.no-js').classList.add('js')
−
        // TODO queryselectorall?
+
              document.querySelector('.no-js').classList.remove('no-js')
−
        for (var i = 0; i < dropdowns.length; i++) {
+
            }())
−
             dropdowns[i].addEventListener('click', function(event) {
+
              
−
                var barContainer = this.closest('.experiments-bar');
+
            window.addEventListener("scroll", function () {
−
                if (barContainer.classList.contains('open')) {
+
              const elements = document.querySelectorAll('.is-revealing');
−
                    barContainer.classList.remove('open');
+
           
−
                } else {
+
              [].forEach.call(elements, function(el) {
−
                    barContainer.classList.add('open');
+
                if (isElementVisible(el)) {
 +
                  el.classList.add('is-revealing-visible')
 
                 }
 
                 }
 +
              });
 
             });
 
             });
−
        }
+
           
−
 
+
            function isElementVisible(el) {
−
        document.querySelector('.collapse-all').addEventListener('click', function() {
+
              var top = el.offsetTop;
−
            for (var i = 0; i < experimentBars.length; i++) {
+
              var height = el.offsetHeight;
−
                experimentBars[i].classList.remove('open');
+
           
−
            };
+
              while(el.offsetParent) {
−
        });
+
                el = el.offsetParent;
−
 
+
                top += el.offsetTop;
−
        document.querySelector('.expand-all').addEventListener('click', function() {
+
              }
−
            for (var i = 0; i < experimentBars.length; i++) {
+
           
−
                experimentBars[i].classList.add('open');
+
              return (
−
            };
+
                (top + height) <= (window.pageYOffset + window.innerHeight) + 100
−
        });
+
              );
 +
            }
 +
           
 +
                    var readMores = document.querySelectorAll('.expandable-readall');
 +
                    var allContainers = document.querySelectorAll('.expandable-container');
 +
           
 +
                    for (var i = 0; i < readMores.length; i++) {
 +
                        readMores[i].addEventListener('click', function(event) {
 +
                            var container = this.closest('.expandable-container');
 +
                            if (container.classList.contains('open')) {
 +
                                container.classList.remove('open');
 +
                            } else {
 +
                                container.classList.add('open');
 +
                            }
 +
                        });
 +
                    }
 +
           
 +
                    document.querySelector('.collapse-all').addEventListener('click', function() {
 +
                        for (var i = 0; i < allContainers.length; i++) {
 +
                            allContainers[i].classList.remove('open');
 +
                        };
 +
                    });
 +
           
 +
                    document.querySelector('.expand-all').addEventListener('click', function() {
 +
                        for (var i = 0; i < allContainers.length; i++) {
 +
                            allContainers[i].classList.add('open');
 +
                        };
 +
                    });
 
     </script>
 
     </script>
  
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 14:00, 21 October 2019

Building Blocks

Basic Parts

Part Name Registry Name Registry Type Description Fusion Sites Position in L1
L0-ARS1 BBa_K2984000 Coding L0 backbone with 3'UTR Arylsulfatase1 secretion signal B2-B2 -
L0-GLE BBa_K2984001 Coding L0 backbone with 3'UTR gametolysin secretion signal B2-B2 -
L0-RFP BBa_K2984004 Coding L0 backbone with RFP - -
L0-Paro BBa_K2984006 Coding L0 backbone with Paromomycine resistance CDS B3-B4 -
L0-amp BBa_K2984007 Coding L0 backbone with ampilicin resistance - -
L0-PsaD BBa_K2984008 Regulatory L0 backbone with PsaD promoter A1-B1 ▇
L0-AR BBa_K2984009 Regulatory L0 backbone with AR promoter A1-A3 ▇
L0 - Backbone BBa_K2984010 Plasmid L0 backbone (plasmid with RFP insert) - -
L0-PETase BBa_K2984011 Coding L0 backbone with PETase CDS B3-B4 ▇
L0-Hyg BBa_K2984012 Coding L0 backbone with Hygromycin B resistance CDS B3-B4 ▇
L0-ptxD BBa_K2984013 Coding L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS B3-B4 ▇
L0-6xHis tag BBa_K2984014 Tag L0 backbone with 6x histidine tag B5-B5 ▇
L0-3xHis tag BBa_K2984015 Tag L0 backbone with 3x histidine tag B5-B5 ▇
L0-SP20 BBa_K2984016 Coding L0 backbone with glycomodule for secretion enhancement B5-B5 -
L0-YFP BBa_K2984017 Coding L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS B3-B4 ▇
L0-RbcS2 BBa_K2984018 Terminator L0 backbone with RuBisCo terminator B5-C1 ▇
L0-YFP BBa_K2984020 Coding L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS B5-B5 -
L0-RbcS2 BBa_K2984021 Terminator L0 backbone with RuBisCo terminator B6-C1 ▇
L0-PsaD BBa_K2984022 Regulatory L0 backbone with PsaD promoter A1-A3 ▇
L0-YFP BBa_K2984024 Coding L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS B4-B4 ▇
L0-AR BBa_K2984025 Regulatory L0 backbone with AR promoter A1-B1 ▇
L0-ptxD BBa_K2984026 Coding L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS B3-B3 ▇
L0-Linker BBa_K2984034 Intermediate L0 backbone with Linker sequence B2-B2 ▇
L0-Ble BBa_K2984040 Coding L0 backbone with Bleomycin resistance B1-B1 -
L0-scp BBa_K2984044 Intermediate L0 backbone with self-cleaving resistance B1-B1 -
L0-PsaDIntron BBa_K2984046 Regulatory L0 backbone with PsaDIntron A1-A3 ▇
L0-PETase BBa_K2984049 Regulatory L0 backbone with PETase B3-B3 ▇
L0-amp BBa_K2984058 Intermediate Linker L1c -> L0 - ▇
L0 Linker BBa_K2984060 Intermediate Linker L0 -> L1a - ▇
L0 Linker BBa_K2984061 Intermediate Linker L0 -> L1b - ▇
L2 Linker BBa_K2984062 Intermediate Linker L2 -> L1b - ▇
Linker sequence BBa_K2984034 Intermediate Linker sequence B2-B2 ▇



Here's how our color-code works



Promoter 5' UTR CDS CDS/Tag Terminator Linker
A1/A3
A1/B1		 B1/B2 B3/B4
B3/B3		 B4/B4 B5/C1
(B6/C1)		 -
▇ ▇ ▇ ▇ ▇ ▇

Our color-code for L0 parts


Our ghost (not moclo compatible) parts 👻

Part Name Registry Name Registry Type Description
L0-ARS1 BBa_K2984066 Coding L0 backbone with 3'UTR Arylsulfatase1 secretion signal
L0-GLE BBa_K2984067 Coding L0 backbone with 3'UTR gametolysin secretion signal
L0-AR BBa_K2984068 Coding L0 backbone with AR promoter
L0-PETase BBa_K2984069 Coding L0 backbone with PETase
L0-Hyg BBa_K2984070 Coding L0 backbone with Hygromycin B resistance CDS
L0-ptxD BBa_K2984071 Coding L0 backbone with phosphite oxidoreductase CDS
L0-6xHistag BBa_K2984072 Coding L0 backbone with 6x histidine tag
L0-3xHis tag BBa_K2984073 Coding L0 backbone with 3x histidine tag
L0-SP20 BBa_K2984074 Coding L0 backbone with glycomodule for secretion enhancement
L0-YFP BBa_K2984075 Coding L0 backbone with yellow fluorescent protein CDS
L0-RbcS2 BBa_K2984076 Coding L0 backbone with RuBisCo terminator
L0-PsaD BBa_K2984077 Coding L0 backbone with PsaD promoter
L0-PsaDIntron BBa_K2984078 Coding L0 backbone with PsaDIntron
L0-Cah BBa_K2984079 Coding L0 backbone with Carboanhyydrase
L0-ble+scp BBa_K2984090 Coding L0 backbone with Bleomycin resistance
Go to top