Difference between revisions of "Team:Humboldt Berlin/Model"

Line 202: Line 202:
 
<!--------------------------------------- TWO COLUMN IMG RIGHT END ------------------------------------------------>
 
<!--------------------------------------- TWO COLUMN IMG RIGHT END ------------------------------------------------>
  
 +
<!--------------------------------------- Table ------------------------------------------------------------------>
  
−
<!------------------------------------------ TWO COLUMN LONG TEXT ------------------------------------------------>
+
<table>
−
                <div class="two-columns-headline">
+
                                            <tr>
−
                    <!-- HEADLINE -->
+
                                                <th scope="col">Media</th>
−
                    <h3 class="headline3">Long text headline</h3>
+
                                                <th scope="col">0,5 L</th>
−
                </div>
+
                                                <th scope="col">1,8L</th>
−
                <div class="two-columns block-text medium-sized not-centered no-margin-top">
+
                                            </tr>
−
                    <div>
+
                                            <tr>
−
                        <!-- TEXT - PARAGRAPHS ARE WRAPPED IN <p> TAGS -->
+
                                                <td><b>40 x TAP/TA/TAPi</b></td>
−
                        <p>
+
                                                <td>12,5 ml</td>
−
                            Paragraph Left 1
+
                                                <td>20 ml</td>
−
                        </p>
+
                                            </tr>
−
                        <p>
+
                                            <tr>
−
                            Paragraph Left 2
+
                                                <td><b>40 x Beijerink Salts</b></td>
−
                        </p>
+
                                                <td>12,5 ml</td>
−
                        <br />
+
                                                <td>20 ml</td>
−
                        <!-- IMAGE INBETWEEN -->
+
                                            </tr>
−
                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/4/42/T--Humboldt_Berlin--chlamy_overview-cloning-system.png" alt="Pverview of the hierarchical and modular cloning system"/>
+
                                            <tr>
−
                        <p>
+
                                                <td><b>Trace Elements (revised)</b></td>
−
                            Paragraph Left 3
+
                                                <td>3,5 ml</td>
−
                        </p>
+
                                                <td>5,6 ml</td>
−
                    </div>
+
                                            </tr>
−
                    <div>
+
                                            <tr>
−
                        <p>
+
                                                <td><b>H2O</b></td>
−
                            Paragraph Right 1
+
                                                <td>471,5 ml</td>
−
                        </p>
+
                                                <td>754,4 ml</td>
−
                        <p>
+
                                            </tr>
−
                            Paragraph Right 2
+
                                            <tr>
−
                        </p>
+
                                                <td><b>For Plates: + Agar (1,8 %)</b></td>
−
                        <p>
+
                                                <td>7,2 g</td>
−
                            Paragraph Right 3
+
                                                <td>14,4 g</td>
−
                        </p>
+
                                            </tr>
−
                        <p>
+
                                        </table>
−
                            Paragraph Right 4
+
−
                        </p>
+
−
                    </div>
+
−
                </div>
+
−
            </div>
+
−
        </section>
+
  
 
<!------------------------------------------ TWO COLUMN LONG TEXT END -------------------------------------------->
 
<!------------------------------------------ TWO COLUMN LONG TEXT END -------------------------------------------->

Revision as of 15:25, 8 October 2019

code

Modeling

Why Modeling?

Sample Text (introduction to modeling) blablablablablablablablablablab lablablablablablablablabalablaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa aaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaa aaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa

ideonella grafic
Fig. 1. - Overview of the PET degradation model

PET degradation by Chlamydomonas reinhardtii

A C. reinhardtii which expresses and secretes the enzymes PETase and MHETase could pose as a solution for the problem of micro-plastic polluted water. Nevertheless, the viability of PET-degradation by C. reinhardtii at a larger scale is yet unknown. Models of biological systems allow us to design experiments in silico that are difficult to reproduce in vivo and give us special insights into the role that parameters might play in the given biological system. Therefore, to assess the efficiency of PET-degradation by C. reinhardtii, a model of PET degradation was designed.

The overall goal of the model is to determine the time needed to degrade 1 mg of PET. The expression rate, secretion rate and kinetics of the enzymes, such as also the cultivation density, influence the degradation rate of PET. Based on this assumption, the model was designed to take these factors into account. The model was programmed in Tellurium (Choi et al., 2018) and encompasses six reactions. The reactions are as follows, as can be seen on Fig. 1:

"The overall goal of the model is to determine the time needed to degrade 1 mg of PET."

Results: Variating the Cultivation Density

Text for the two column image right block

PET 1 to 10
Fig. 2. - Results of the simulation for the cultivation density 1:10
PET 1 to 100
Fig. 3. - Results of the simulation for the cultivation density 1:100
Media 0,5 L 1,8L
40 x TAP/TA/TAPi 12,5 ml 20 ml
40 x Beijerink Salts 12,5 ml 20 ml
Trace Elements (revised) 3,5 ml 5,6 ml
H2O 471,5 ml 754,4 ml
For Plates: + Agar (1,8 %) 7,2 g 14,4 g

Small Text Left Column

Small Text Right Column