Difference between revisions of "Team:Marburg/Part Collection"

Line 1: Line 1:
 
{{Marburg}}
 
{{Marburg}}
 
<html>
 
<html>
 +
  <style>
 +
    .lbl-toggle {
 +
      text-align: inherit !important;
 +
    }
  
 +
    .box-dark {
 +
      background-color: #3d404d;
 +
      min-height: 30vh;
 +
      box-shadow: 1px 1px 40px black;
 +
      margin-left: -10vw;
 +
      width: 120vw;
 +
      position: relative;
 +
      z-index: 2;
 +
      display: flex;
 +
      flex-direction: column;
 +
      align-items: center;
 +
      transform: rotate(355deg);
 +
      justify-content: center;
 +
      margin-top: -12vh;
 +
    }
  
−
<div class="clear"></div>
+
    .heading {
 +
      color: #f5f5f5;
 +
      text-align: center;
 +
      font-size: 1.75em;
 +
      width: fit-content;
 +
      margin-top: 25px;
 +
      margin-bottom: unset !important;
 +
      transform: rotate(-355deg);
 +
    }
  
 +
    .line {
 +
      border-top: 2px solid #f5f5f5;
 +
      background-color: #f5f5f5;
 +
      border-width: 2px;
 +
      display: block;
 +
      width: 100px;
 +
      margin-top: 25px;
 +
      margin-bottom: unset;
 +
      transform: rotate(-355deg);
 +
    }
  
 +
    .logo {
 +
      width: 100px;
 +
      height: 100px;
 +
      position: absolute;
 +
      bottom: -50px;
 +
      transform: rotate(-355deg);
 +
      margin-left: -10px;
 +
    }
  
 +
    .main {
 +
      overflow-x: hidden;
 +
    }
  
−
<div class="column full_size">
+
    hr {
 +
      display: block;
 +
      height: 1px;
 +
      border: 0;
 +
      border-top: 2px solid #3d404d;
 +
      padding: 0;
 +
      margin: 1em auto;
 +
      width: 50vw;
 +
    }
  
−
<h1> Part Collection </h1>
+
    @media (max-width: 810px) {
−
<p>Did your team make a lot of great parts? Is there a theme that ties all your parts together? Do you have more than 10 parts in this collection? Did you make a CRISPR collection, a MoClo collection, or a collection of awesome pigment parts? Describe your parts collection on this page, so the judges can evaluate you for the Best Part Collection award.</p>
+
  
−
<p>
+
      .logo,
−
While you should put all the characterization information for your parts on the Registry, you are encouraged to explain how all your parts form a collection on this page.  
+
      .line,
−
</p>
+
      .heading {
−
</div>
+
        margin-left: -30px;
 +
      }
  
 +
      .line {
 +
        margin: 1.5rem 0 !important;
 +
        margin-left: -40px !important;
 +
      }
 +
    }
  
−
<div class="column full_size">
+
  </style>
−
<div class="highlight decoration_background">
+
  <div>
−
<h3>Note</h3>
+
    <div class="box-dark">
−
<p>This page should list all the parts in the collection your team made during your project and include direct links to your Parts main pages on the Registry. <b>You must add all characterization information for your parts on Parts Main Page on the Registry.</b> You should <b>not</b> put characterization information on this page.
+
      <h1 class="heading">
−
</p>
+
        P A R T<span style="visibility: hidden;">A</span>C O L L E C T I O N
−
</div>
+
      </h1>
−
</div>
+
      <hr class="line">
−
 
+
      <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/ac/T--Marburg--logo.svg"
−
<div class="column full_size">
+
        class="logo"
−
<h3>Best Part Collection Special Prize</h3>
+
        alt="Syntex Logo">
−
<p> To be eligible for this award, each part in the collection <b>must be well documented on the part's Main Page on the Registry</b>. If you have a collection of parts you wish to nominate your team for this <a href="https://2019.igem.org/Judging/Awards">special prize</a>, make sure you add your part numbers to your <a href="https://2019.igem.org/Judging/Judging_Form">judging form</a> and delete the alert box at the top of this page.</p>
+
    </div>
−
</div>
+
    <div style="margin-top: 10vh;">
−
 
+
      <section class="section">
 +
        <h1 class="title">Part Collection</h1>
 +
        <p style="text-align: justify;">
 +
                <p style="text-align: justify;">
 +
                        We proudly present the Marburg Collection 2.0, consisting of the Marburg Collection from last year’s iGEM Team
 +
                        and the numerous additions that were made this year.<br>
 +
                        <br>
 +
                        The Marburg Collection 1.0 is a Golden Gate based toolbox containing 123 parts, including promoters, reporters,
 +
                        fluorescence and epitope tags, oris, resistance cassettes and genome engineering tools. A specialty in this
 +
                        toolbox are the 36 connectors with which multigene constructs can be easily and flexibly cloned. They also allow
 +
                        the inversion of individual transcription units and function as insulators to avoid undesired crosstalk.<br>
 +
                        <b>The Marburg Collection 2.0</b> adds placeholders to our arsenal, which allow the large scale assembly of
 +
                        plasmids for screenings and characterizations(See: Description place holder) as well as another addition we
 +
                        called the <b>green expansion</b>.<br>
 +
                        <br>
 +
                        This expansion features the world's first MoClo compatible shuttle vector for cyanobacteria (BBa_K3228069). This
 +
                        composite part contains the origins of replication ColE1 (for cloning) and the ori of panS (for maintenance in
 +
                        cyanobacteria) as well as a spectinomycin cassette. It can be used in the Marburg Collection like any other
 +
                        composite part of the type 7+8 (antibiotic cassette + origin of replication). (Link to best Part) <br>
 +
                        This expansion also contains all the parts needed for the genomic integration of one or multiple genes in
 +
                        cyanobacteria. It convinces with a striking flexibility and a very intuitive workflow for the de novo assembly
 +
                        of your plasmid of choice. It encompasses 5 different neutral integration sites to choose from: three
 +
                        conventional sites frequently used in the cyanobacterial community (NSI to NSIII) as well as our own rationally
 +
                        designed artificial neutral integration site options (a.N.S.o. 1 and 2). These sites show no transcriptional
 +
                        activity from neighboring regions and are therefore completely orthogonal. Additionally we offer 4 different
 +
                        antibiotic markers to use (chloramphenicol, gentamycin, spectinomycin and kanamycin). In theory with this setup
 +
                        up to 20 genes could be introduced into a cyanobacterial strain.<br>
 +
                        Thanks to the flexible design this expansion can also be used for the genomic modification of any chassis after
 +
                        the introduction of new species specific LVL 0 integration sites to our Marburg Collection 2.0. As the workflow
 +
                        to build new homologies is a bit more intricate compared to the one pot on step assembly of our other parts due
 +
                        to the internal BsmbI cutting site, we described the workflow for that in our design section (See Design: Design
 +
                        of the A.N.S.O.s).<br>
 +
                        <br>
 +
                        The green expansion proves a valuable addition to our Marburg Collection 2.0 and to the iGEM Registry of Parts.
 +
                        It services users of our chassis and other cyanobacterial strains with a useful tool for genomic modifications
 +
                        but it also contributes a shell that can be used to modify any other model organism as well.<br>
 +
                        <br>
 +
                        <br>
 +
                        <h1 class="subtitle">Parts of the Marburg Collection 2.0</h1>
 +
                        Download the "Marburg Collection 2.0" (als downloadlinkg und symbol zum download dazu)
 +
                        <br>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                                5'Homology Connectors
 +
                                <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        <b>Download all 5'Connectors (Download Symbol für Download)</b>
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228000</td>
 +
                                                    <td>aNSo1 integration up</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228001</td>
 +
                                                    <td>aNSo2 integration up</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228020</td>
 +
                                                    <td>NS1 up</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228021</td>
 +
                                                    <td>NS2 up</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228022</td>
 +
                                                    <td>NS3 up</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_2" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_2" class="lbl-toggle">
 +
                              3'Homology Connectors
 +
                                <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all 3'Homology Connectors (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228002</td>
 +
                                                    <td>aNSo1 integration down</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228003</td>
 +
                                                    <td>aNSo2 integration down</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228023</td>
 +
                                                    <td>NS1 down</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228024</td>
 +
                                                    <td>NS2 down</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228025</td>
 +
                                                    <td>NS3 down</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                                <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                                Promotors
 +
                                <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Promotors (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228053</td>
 +
                                                    <td>T7 consensus Promotor</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                                <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                                Terminators
 +
                                <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Terminators (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228004</td>
 +
                                                    <td>shortTB0010</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228005</td>
 +
                                                    <td>shortTB0015</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228006</td>
 +
                                                    <td>shortTB1002</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228007</td>
 +
                                                    <td>shortTB1003</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228008</td>
 +
                                                    <td>shortTB1004</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228009</td>
 +
                                                    <td>shortTB1005</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228010</td>
 +
                                                    <td>shortTB1006</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228011</td>
 +
                                                    <td>shortTB1007</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228012</td>
 +
                                                    <td>shortTB1008</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228013</td>
 +
                                                    <td>shortTB1009</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228014</td>
 +
                                                    <td>shortTB1010</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228015</td>
 +
                                                    <td>shortDummy</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                                <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                                Antibiotic Resistances
 +
                                <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Antibiotic Resistances (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228016</td>
 +
                                                    <td>SpecRes_short</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228017</td>
 +
                                                    <td>CmlRes_short</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228018</td>
 +
                                                    <td>TetRes_short</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228019</td>
 +
                                                    <td>KanRes_short</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228027</td>
 +
                                                    <td>GenRes_short</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                                <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                            Shuttle Vectors
 +
                            <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Shuttle Vectors (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228026</td>
 +
                                                    <td>oriT integration</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228069</td>
 +
                                                    <td>panS SpecRes LVL1</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228089</td>
 +
                                                    <td>panS KanRes LVL2</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                                <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                                Coding Sequences (CDS)
 +
                                <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Coding Sequences (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228040</td>
 +
                                                    <td>NanoLuc-K1159001</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228041</td>
 +
                                                    <td>NanoLuc (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228042</td>
 +
                                                    <td>TeLuc (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228043</td>
 +
                                                    <td>Antares2 (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228044</td>
 +
                                                    <td>eYFP-E0030</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228045</td>
 +
                                                    <td>sYFP2 (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228046</td>
 +
                                                    <td>pHlourin2 (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228047</td>
 +
                                                    <td>rxYFP (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228048</td>
 +
                                                    <td>sfGFP (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228049</td>
 +
                                                    <td>mTurquoise2 (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228050</td>
 +
                                                    <td>T7-Polymerase (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228051</td>
 +
                                                    <td>Limonene Synthase</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228052</td>
 +
                                                    <td>Farnesen Synthase</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228100</td>
 +
                                                    <td>cpf1</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                                <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                                Ribosome-Binding Sites (RBS)
 +
                                <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Ribosome-Binding Sites (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228054</td>
 +
                                                    <td>riboJ B0034</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228055</td>
 +
                                                    <td>riboJ B0034 noScar</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228056</td>
 +
                                                    <td>SarJ B0034</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228057</td>
 +
                                                    <td>PlmJ B0034</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                                <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                                Spaceholders
 +
                                <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Spaceholders (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228060</td>
 +
                                                    <td>PRO placeholder.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228061</td>
 +
                                                    <td>RBS placeholder</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228062</td>
 +
                                                    <td>CDS placeholder</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228063</td>
 +
                                                    <td>TER placeholder</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                                <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                              Standard Measurement Vectors
 +
                              <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Standard Measurement Vectors (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228073</td>
 +
                                                    <td>PRO S.e.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228074</td>
 +
                                                    <td>RBS S.e.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228075</td>
 +
                                                    <td>CDS S.e.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228090</td>
 +
                                                    <td>Ter S.e.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                                <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                                CRISPR-Kit
 +
                                <hr style="width: unset;">
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download the CRISPR-Kit (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228101</td>
 +
                                                    <td>crRNA-GFP dropout</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228103</td>
 +
                                                    <td>cpf1+crRNA-GFP dropout</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </p>
 +
                </body>
 
</html>
 
</html>
−
{{Marburg/footer}}
 

Revision as of 23:37, 21 October 2019

P A R TAC O L L E C T I O N

Part Collection

We proudly present the Marburg Collection 2.0, consisting of the Marburg Collection from last year’s iGEM Team and the numerous additions that were made this year.

The Marburg Collection 1.0 is a Golden Gate based toolbox containing 123 parts, including promoters, reporters, fluorescence and epitope tags, oris, resistance cassettes and genome engineering tools. A specialty in this toolbox are the 36 connectors with which multigene constructs can be easily and flexibly cloned. They also allow the inversion of individual transcription units and function as insulators to avoid undesired crosstalk.
The Marburg Collection 2.0 adds placeholders to our arsenal, which allow the large scale assembly of plasmids for screenings and characterizations(See: Description place holder) as well as another addition we called the green expansion.

This expansion features the world's first MoClo compatible shuttle vector for cyanobacteria (BBa_K3228069). This composite part contains the origins of replication ColE1 (for cloning) and the ori of panS (for maintenance in cyanobacteria) as well as a spectinomycin cassette. It can be used in the Marburg Collection like any other composite part of the type 7+8 (antibiotic cassette + origin of replication). (Link to best Part)
This expansion also contains all the parts needed for the genomic integration of one or multiple genes in cyanobacteria. It convinces with a striking flexibility and a very intuitive workflow for the de novo assembly of your plasmid of choice. It encompasses 5 different neutral integration sites to choose from: three conventional sites frequently used in the cyanobacterial community (NSI to NSIII) as well as our own rationally designed artificial neutral integration site options (a.N.S.o. 1 and 2). These sites show no transcriptional activity from neighboring regions and are therefore completely orthogonal. Additionally we offer 4 different antibiotic markers to use (chloramphenicol, gentamycin, spectinomycin and kanamycin). In theory with this setup up to 20 genes could be introduced into a cyanobacterial strain.
Thanks to the flexible design this expansion can also be used for the genomic modification of any chassis after the introduction of new species specific LVL 0 integration sites to our Marburg Collection 2.0. As the workflow to build new homologies is a bit more intricate compared to the one pot on step assembly of our other parts due to the internal BsmbI cutting site, we described the workflow for that in our design section (See Design: Design of the A.N.S.O.s).

The green expansion proves a valuable addition to our Marburg Collection 2.0 and to the iGEM Registry of Parts. It services users of our chassis and other cyanobacterial strains with a useful tool for genomic modifications but it also contributes a shell that can be used to modify any other model organism as well.


Parts of the Marburg Collection 2.0

Download the "Marburg Collection 2.0" (als downloadlinkg und symbol zum download dazu)

Download all 5'Connectors (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228000 aNSo1 integration up
K3228001 aNSo2 integration up
K3228020 NS1 up
K3228021 NS2 up
K3228022 NS3 up


Download all 3'Homology Connectors (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228002 aNSo1 integration down
K3228003 aNSo2 integration down
K3228023 NS1 down
K3228024 NS2 down
K3228025 NS3 down


Download all Promotors (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228053 T7 consensus Promotor


Download all Terminators (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228004 shortTB0010
K3228005 shortTB0015
K3228006 shortTB1002
K3228007 shortTB1003
K3228008 shortTB1004
K3228009 shortTB1005
K3228010 shortTB1006
K3228011 shortTB1007
K3228012 shortTB1008
K3228013 shortTB1009
K3228014 shortTB1010
K3228015 shortDummy


Download all Antibiotic Resistances (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228016 SpecRes_short
K3228017 CmlRes_short
K3228018 TetRes_short
K3228019 KanRes_short
K3228027 GenRes_short


Download all Shuttle Vectors (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228026 oriT integration
K3228069 panS SpecRes LVL1
K3228089 panS KanRes LVL2


Download all Coding Sequences (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228040 NanoLuc-K1159001
K3228041 NanoLuc (S.e.)
K3228042 TeLuc (S.e.)
K3228043 Antares2 (S.e.)
K3228044 eYFP-E0030
K3228045 sYFP2 (S.e.)
K3228046 pHlourin2 (S.e.)
K3228047 rxYFP (S.e.)
K3228048 sfGFP (S.e.)
K3228049 mTurquoise2 (S.e.)
K3228050 T7-Polymerase (S.e.)
K3228051 Limonene Synthase
K3228052 Farnesen Synthase
K3228100 cpf1


Download all Ribosome-Binding Sites (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228054 riboJ B0034
K3228055 riboJ B0034 noScar
K3228056 SarJ B0034
K3228057 PlmJ B0034


Download all Spaceholders (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228060 PRO placeholder.
K3228061 RBS placeholder
K3228062 CDS placeholder
K3228063 TER placeholder


Download all Standard Measurement Vectors (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228073 PRO S.e.
K3228074 RBS S.e.
K3228075 CDS S.e.
K3228090 Ter S.e.


Download the CRISPR-Kit (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228101 crRNA-GFP dropout
K3228103 cpf1+crRNA-GFP dropout