Difference between revisions of "Team:Marburg/test joana"

Line 80: Line 80:
 
     <div class="box-dark">
 
     <div class="box-dark">
 
       <h1 class="heading">
 
       <h1 class="heading">
−
        C O M P O S I T E<span style="visibility: hidden;">A</span>P A R T S
+
            P A R T<span style="visibility: hidden;">A</span>C O L L E C T I O N
 
       </h1>
 
       </h1>
 
       <hr class="line">
 
       <hr class="line">
Line 89: Line 89:
 
     <div style="margin-top: 10vh;">
 
     <div style="margin-top: 10vh;">
 
       <section class="section">
 
       <section class="section">
−
         <h1 class="title">Composite Parts – level 2 Terminators</h1>
+
         <h1 class="title">Part Collection</h1>
 
         <p style="text-align: justify;">
 
         <p style="text-align: justify;">
 
                 <div>  
 
                 <div>  
−
                         <p>Transcriptional terminators play a key role in regulating natural and synthetic genetic systems <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23511967">(Cambray et al., 2013)</a>. Therefore, it is valuable to know how efficient such a terminator is. The termination efficiency can be detected by measurement. In order to do so a dual fluorescent protein is used <a href="https://parts.igem.org/Help:Terminators/Measurement ">(“Help: Terminators/Measurement”)</a>. This means, there are two reporters in a plasmid and the fluorescence ratio of these two reporters is going to be compared to detect the termination efficiency. The terminator that is going to be measured is in the middle of these two reporters.</p>
+
                         We proudly present the Marburg Collection 2.0, consisting of the Marburg Collection from last year’s iGEM Team
−
                         <p>In the absence of a terminator, the fluorescence ratio is normalized to 1 which is one calibration of this measurement <a href="https://parts.igem.org/Help:Terminators/Measurement ">(“Help: Terminators/Measurement”)</a>. Another method to calibrate this measurement is to measure the reporters individually, so having the same compounds on the plasmid, just changing the reporter <a href="https://core.ac.uk/download/pdf/4410463.pdf ">(Haiyao Huang, 2008)</a>. Furthermore, the measurement can be calibrated by switching the fluorescing parts to measure input and output of each of them  <a href="https://core.ac.uk/download/pdf/4410463.pdf ">(Haiyao Huang, 2008)</a>. </p>
+
                        and the numerous additions that were made this year.<br>
−
                        <p>For the measurement the terminator is flanked by two reporters e.g. a GFP preceding the terminator that shall be measured and a RFP following the terminator  <a href="https://core.ac.uk/download/pdf/4410463.pdf ">(Haiyao Huang, 2008)</a>. The fluorescence ratio of the two reporters is then compared, revealing the termination efficiency. A terminator with a 100% termination efficiency should result in no fluorescence from the second reporter so in this example mentioned above no red signal should be seen  <a href="https://core.ac.uk/download/pdf/4410463.pdf ">(Haiyao Huang, 2008)</a>.</p>
+
                        <br>
−
                        <p>Following the same principle, the efficiency of our level 2 terminators is measured. The terminator that shall be measured is flanked by two reporters. We used a m.Turquoise as preceding reporter and a YFP as following reporter. By comparing the fluorescence ratio of these two reporters, we are able to detect the termination efficiency.</p>
+
                        The Marburg Collection 1.0 is a Golden Gate based toolbox containing 123 parts, including promoters, reporters,
 +
                        fluorescence and epitope tags, oris, resistance cassettes and genome engineering tools. A specialty in this
 +
                        toolbox are the 36 connectors with which multigene constructs can be easily and flexibly cloned. They also allow
 +
                        the inversion of individual transcription units and function as insulators to avoid undesired crosstalk.<br>
 +
                        <b>The Marburg Collection 2.0</b> adds placeholders to our arsenal, which allow the large scale assembly of
 +
                        plasmids for screenings and characterizations(See: Description place holder) as well as another addition we
 +
                        called the <b>green expansion</b>.<br>
 +
                        <br>
 +
                        This expansion features the world's first MoClo compatible shuttle vector for cyanobacteria (BBa_K3228069). This
 +
                        composite part contains the origins of replication ColE1 (for cloning) and the ori of panS (for maintenance in
 +
                        cyanobacteria) as well as a spectinomycin cassette. It can be used in the Marburg Collection like any other
 +
                        composite part of the type 7+8 (antibiotic cassette + origin of replication). (Link to best Part) <br>
 +
                        This expansion also contains all the parts needed for the genomic integration of one or multiple genes in
 +
                        cyanobacteria. It convinces with a striking flexibility and a very intuitive workflow for the de novo assembly
 +
                        of your plasmid of choice. It encompasses 5 different neutral integration sites to choose from: three
 +
                        conventional sites frequently used in the cyanobacterial community (NSI to NSIII) as well as our own rationally
 +
                        designed artificial neutral integration site options (a.N.S.o. 1 and 2). These sites show no transcriptional
 +
                        activity from neighboring regions and are therefore completely orthogonal. Additionally we offer 4 different
 +
                        antibiotic markers to use (chloramphenicol, gentamycin, spectinomycin and kanamycin). In theory with this setup
 +
                        up to 20 genes could be introduced into a cyanobacterial strain.<br>
 +
                        Thanks to the flexible design this expansion can also be used for the genomic modification of any chassis after
 +
                        the introduction of new species specific LVL 0 integration sites to our Marburg Collection 2.0. As the workflow
 +
                        to build new homologies is a bit more intricate compared to the one pot on step assembly of our other parts due
 +
                        to the internal BsmbI cutting site, we described the workflow for that in our design section (See Design: Design
 +
                        of the A.N.S.O.s).<br>
 +
                         <br>
 +
                        The green expansion proves a valuable addition to our Marburg Collection 2.0 and to the iGEM Registry of Parts.
 +
                        It services users of our chassis and other cyanobacterial strains with a useful tool for genomic modifications
 +
                        but it also contributes a shell that can be used to modify any other model organism as well.<br>
 +
                        <br>
 +
                        <br>
 +
                        <h1 class="subtitle">Parts of the Marburg Collection 2.0</h1>
 +
                        Download the "Marburg Collection 2.0" (als downloadlinkg und symbol zum download dazu)
 +
                        <br>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_1" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_1" class="lbl-toggle">
 +
                                <h3 class="title">5'Homology Connector</h3>
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        <b>Download all 5'Connectors (Download Symbol für Download)</b>
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228000</td>
 +
                                                    <td>aNSo1 integration up</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228001</td>
 +
                                                    <td>aNSo2 integration up</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228020</td>
 +
                                                    <td>NS1 up</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228021</td>
 +
                                                    <td>NS2 up</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228022</td>
 +
                                                    <td>NS3 up</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                          
+
                         <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_2" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_2" class="lbl-toggle">
 +
                                <h3 class="title">3'Homology Connectors</h3>
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all 3'Homology Connectors (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228002</td>
 +
                                                    <td>aNSo1 integration down</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228003</td>
 +
                                                    <td>aNSo2 integration down</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228023</td>
 +
                                                    <td>NS1 down</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228024</td>
 +
                                                    <td>NS2 down</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228025</td>
 +
                                                    <td>NS3 down</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                        <figure style="text-align:center">
+
                        <br>
−
                              <img style="height: 320px; width: 1200px;"
+
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
−
                                  src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/f/f6/T--Marburg--Toolbox_TerminatormeasurementB.svg" alt="Toolbox Terminator Measurement B">
+
                            <input id="collapsible34_3" class="toggle" type="checkbox">
−
                              <figcaption style="max-width: 2400px; text-align: center">
+
                            <label for="collapsible34_3" class="lbl-toggle">
−
                                  Fig.1 - Measurement of a level 2 terminator.
+
                                <h3 class="title">Promotors</h3>
−
                              </figcaption>
+
                            </label>
−
                          </figure>
+
                            <div class="collapsible-content">
−
                         
+
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
−
                         </body>
+
                                    <p>
−
        </main>
+
                                        Download all Promotors (Download Symbol für Download)
−
 
+
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228053</td>
 +
                                                    <td>T7 consensus Promotor</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_4" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_4" class="lbl-toggle">
 +
                                <h3 class="title">Terminators</h3>
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Terminators (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228004</td>
 +
                                                    <td>shortTB0010</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228005</td>
 +
                                                    <td>shortTB0015</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228006</td>
 +
                                                    <td>shortTB1002</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228007</td>
 +
                                                    <td>shortTB1003</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228008</td>
 +
                                                    <td>shortTB1004</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228009</td>
 +
                                                    <td>shortTB1005</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228010</td>
 +
                                                    <td>shortTB1006</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228011</td>
 +
                                                    <td>shortTB1007</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228012</td>
 +
                                                    <td>shortTB1008</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228013</td>
 +
                                                    <td>shortTB1009</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228014</td>
 +
                                                    <td>shortTB1010</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228015</td>
 +
                                                    <td>shortDummy</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_5" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_5" class="lbl-toggle">
 +
                                <h3 class="title">Antibiotic Resistances</h3>
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Antibiotic Resistances (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228016</td>
 +
                                                    <td>SpecRes_short</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228017</td>
 +
                                                    <td>CmlRes_short</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228018</td>
 +
                                                    <td>TetRes_short</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228019</td>
 +
                                                    <td>KanRes_short</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228027</td>
 +
                                                    <td>GenRes_short</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_6" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_6" class="lbl-toggle">
 +
                                <h3 class="title">Shuttle Vectors</h3>
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Shuttle Vectors (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228026</td>
 +
                                                    <td>oriT integration</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228069</td>
 +
                                                    <td>panS SpecRes LVL1</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228089</td>
 +
                                                    <td>panS KanRes LVL2</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_7" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_7" class="lbl-toggle">
 +
                                <h3 class="title">Coding Sequences (CDS)</h3>
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Coding Sequences (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228040</td>
 +
                                                    <td>NanoLuc-K1159001</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228041</td>
 +
                                                    <td>NanoLuc (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228042</td>
 +
                                                    <td>TeLuc (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228043</td>
 +
                                                    <td>Antares2 (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228044</td>
 +
                                                    <td>eYFP-E0030</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228045</td>
 +
                                                    <td>sYFP2 (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228046</td>
 +
                                                    <td>pHlourin2 (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228047</td>
 +
                                                    <td>rxYFP (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228048</td>
 +
                                                    <td>sfGFP (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228049</td>
 +
                                                    <td>mTurquoise2 (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228050</td>
 +
                                                    <td>T7-Polymerase (S.e.)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228051</td>
 +
                                                    <td>Limonene Synthase</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228052</td>
 +
                                                    <td>Farnesen Synthase</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228100</td>
 +
                                                    <td>cpf1</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_8" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_8" class="lbl-toggle">
 +
                                <h3 class="title">Ribosome-Binding Sites (RBS)</h3>
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Ribosome-Binding Sites (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228054</td>
 +
                                                    <td>riboJ B0034</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228055</td>
 +
                                                    <td>riboJ B0034 noScar</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228056</td>
 +
                                                    <td>SarJ B0034</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228057</td>
 +
                                                    <td>PlmJ B0034</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_9" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_9" class="lbl-toggle">
 +
                                <h3 class="title">Spaceholders</h3>
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Spaceholders (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228060</td>
 +
                                                    <td>PRO placeholder.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228061</td>
 +
                                                    <td>RBS placeholder</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228062</td>
 +
                                                    <td>CDS placeholder</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228063</td>
 +
                                                    <td>TER placeholder</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_10" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_10" class="lbl-toggle">
 +
                                <h3 class="title">Standard Measurement Vectors</h3>
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download all Standard Measurement Vectors (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228073</td>
 +
                                                    <td>PRO S.e.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228074</td>
 +
                                                    <td>RBS S.e.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228075</td>
 +
                                                    <td>CDS S.e.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228090</td>
 +
                                                    <td>Ter S.e.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                         </div>
 +
                        <br>
 +
                        <div class="wrap-collabsible" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                            <input id="collapsible34_11" class="toggle" type="checkbox">
 +
                            <label for="collapsible34_11" class="lbl-toggle">
 +
                                <h3 class="title">CRISPR-Kit</h3>
 +
                            </label>
 +
                            <div class="collapsible-content">
 +
                                <div class="content-inner" style="text-align: left; text-align-last: left;">
 +
                                    <p>
 +
                                        Download the CRISPR-Kit (Download Symbol für Download)
 +
                                        <br>
 +
                                        <table class="blueTable">
 +
                                            <thead>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <th>BioBrick</th>
 +
                                                    <th>Name</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228101</td>
 +
                                                    <td>crRNA-GFP dropout</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>K3228103</td>
 +
                                                    <td>cpf1+crRNA-GFP dropout</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </p>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </p>
 +
                </body>
 
</html>
 
</html>

Revision as of 23:17, 21 October 2019

P A R TAC O L L E C T I O N

Part Collection

We proudly present the Marburg Collection 2.0, consisting of the Marburg Collection from last year’s iGEM Team and the numerous additions that were made this year.

The Marburg Collection 1.0 is a Golden Gate based toolbox containing 123 parts, including promoters, reporters, fluorescence and epitope tags, oris, resistance cassettes and genome engineering tools. A specialty in this toolbox are the 36 connectors with which multigene constructs can be easily and flexibly cloned. They also allow the inversion of individual transcription units and function as insulators to avoid undesired crosstalk.
The Marburg Collection 2.0 adds placeholders to our arsenal, which allow the large scale assembly of plasmids for screenings and characterizations(See: Description place holder) as well as another addition we called the green expansion.

This expansion features the world's first MoClo compatible shuttle vector for cyanobacteria (BBa_K3228069). This composite part contains the origins of replication ColE1 (for cloning) and the ori of panS (for maintenance in cyanobacteria) as well as a spectinomycin cassette. It can be used in the Marburg Collection like any other composite part of the type 7+8 (antibiotic cassette + origin of replication). (Link to best Part)
This expansion also contains all the parts needed for the genomic integration of one or multiple genes in cyanobacteria. It convinces with a striking flexibility and a very intuitive workflow for the de novo assembly of your plasmid of choice. It encompasses 5 different neutral integration sites to choose from: three conventional sites frequently used in the cyanobacterial community (NSI to NSIII) as well as our own rationally designed artificial neutral integration site options (a.N.S.o. 1 and 2). These sites show no transcriptional activity from neighboring regions and are therefore completely orthogonal. Additionally we offer 4 different antibiotic markers to use (chloramphenicol, gentamycin, spectinomycin and kanamycin). In theory with this setup up to 20 genes could be introduced into a cyanobacterial strain.
Thanks to the flexible design this expansion can also be used for the genomic modification of any chassis after the introduction of new species specific LVL 0 integration sites to our Marburg Collection 2.0. As the workflow to build new homologies is a bit more intricate compared to the one pot on step assembly of our other parts due to the internal BsmbI cutting site, we described the workflow for that in our design section (See Design: Design of the A.N.S.O.s).

The green expansion proves a valuable addition to our Marburg Collection 2.0 and to the iGEM Registry of Parts. It services users of our chassis and other cyanobacterial strains with a useful tool for genomic modifications but it also contributes a shell that can be used to modify any other model organism as well.


Parts of the Marburg Collection 2.0

Download the "Marburg Collection 2.0" (als downloadlinkg und symbol zum download dazu)

Download all 5'Connectors (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228000 aNSo1 integration up
K3228001 aNSo2 integration up
K3228020 NS1 up
K3228021 NS2 up
K3228022 NS3 up


Download all 3'Homology Connectors (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228002 aNSo1 integration down
K3228003 aNSo2 integration down
K3228023 NS1 down
K3228024 NS2 down
K3228025 NS3 down


Download all Promotors (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228053 T7 consensus Promotor


Download all Terminators (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228004 shortTB0010
K3228005 shortTB0015
K3228006 shortTB1002
K3228007 shortTB1003
K3228008 shortTB1004
K3228009 shortTB1005
K3228010 shortTB1006
K3228011 shortTB1007
K3228012 shortTB1008
K3228013 shortTB1009
K3228014 shortTB1010
K3228015 shortDummy


Download all Antibiotic Resistances (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228016 SpecRes_short
K3228017 CmlRes_short
K3228018 TetRes_short
K3228019 KanRes_short
K3228027 GenRes_short


Download all Shuttle Vectors (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228026 oriT integration
K3228069 panS SpecRes LVL1
K3228089 panS KanRes LVL2


Download all Coding Sequences (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228040 NanoLuc-K1159001
K3228041 NanoLuc (S.e.)
K3228042 TeLuc (S.e.)
K3228043 Antares2 (S.e.)
K3228044 eYFP-E0030
K3228045 sYFP2 (S.e.)
K3228046 pHlourin2 (S.e.)
K3228047 rxYFP (S.e.)
K3228048 sfGFP (S.e.)
K3228049 mTurquoise2 (S.e.)
K3228050 T7-Polymerase (S.e.)
K3228051 Limonene Synthase
K3228052 Farnesen Synthase
K3228100 cpf1


Download all Ribosome-Binding Sites (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228054 riboJ B0034
K3228055 riboJ B0034 noScar
K3228056 SarJ B0034
K3228057 PlmJ B0034


Download all Spaceholders (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228060 PRO placeholder.
K3228061 RBS placeholder
K3228062 CDS placeholder
K3228063 TER placeholder


Download all Standard Measurement Vectors (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228073 PRO S.e.
K3228074 RBS S.e.
K3228075 CDS S.e.
K3228090 Ter S.e.


Download the CRISPR-Kit (Download Symbol für Download)

BioBrick Name
K3228101 crRNA-GFP dropout
K3228103 cpf1+crRNA-GFP dropout