Difference between revisions of "Team:Tsinghua/Model"

(Prototype team page)
 
Line 1: Line 1:
 +
 +
 
{{Tsinghua}}
 
{{Tsinghua}}
 
<html>
 
<html>
  
 +
<head>
 +
<meta charset="UTF-8" />
  
 +
<meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
 +
<title>Tsinghua Documentation - 2019.igem.org</title>
 +
<meta name="generator" content="MediaWiki 1.24.1" />
 +
<link rel="shortcut icon" href="/favicon.ico" />
 +
<link rel="search" type="application/opensearchdescription+xml" href="/wiki/opensearch_desc.php" title="2019.igem.org (en)" />
 +
<link rel="alternate" hreflang="x-default" href="/Resources/Template_Documentation" />
 +
<link rel="copyright" href="https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/" />
 +
<link rel="alternate" type="application/atom+xml" title="2019.igem.org Atom feed" href="/wiki/index.php?title=Special:RecentChanges&amp;feed=atom" />
 +
<link rel="stylesheet" href="https://2019.igem.org/wiki/load.php?debug=false&amp;lang=en&amp;modules=mediawiki.legacy.commonPrint%2Cshared%7Cmediawiki.skinning.content.externallinks%7Cmediawiki.skinning.interface%7Cmediawiki.ui.button%7Cskins.igem.styles&amp;only=styles&amp;skin=igem&amp;*" />
 +
<!--[if IE 6]><link rel="stylesheet" href="/wiki/skins/Igem/IE60Fixes.css?303" media="screen" /><![endif]-->
 +
<!--[if IE 7]><link rel="stylesheet" href="/wiki/skins/Igem/IE70Fixes.css?303" media="screen" /><![endif]--><meta name="ResourceLoaderDynamicStyles" content="" />
 +
<style>a:lang(ar),a:lang(kk-arab),a:lang(mzn),a:lang(ps),a:lang(ur){text-decoration:none}
 +
/* cache key: 2019_igem_org:resourceloader:filter:minify-css:7:35f114711b15fda1f15f5df02b43e4bc */</style>
 +
<script src="https://2019.igem.org/wiki/load.php?debug=false&amp;lang=en&amp;modules=startup&amp;only=scripts&amp;skin=igem&amp;*"></script>
 +
<script>if(window.mw){
 +
mw.config.set({"wgCanonicalNamespace":"","wgCanonicalSpecialPageName":false,"wgNamespaceNumber":0,"wgPageName":"Resources/Template_Documentation","wgTitle":"Resources/Template Documentation","wgCurRevisionId":2350,"wgRevisionId":2350,"wgArticleId":121,"wgIsArticle":true,"wgIsRedirect":false,"wgAction":"view","wgUserName":"Yunoinsky","wgUserGroups":["*","user","autoconfirmed"],"wgCategories":[],"wgBreakFrames":false,"wgPageContentLanguage":"en","wgPageContentModel":"wikitext","wgSeparatorTransformTable":["",""],"wgDigitTransformTable":["",""],"wgDefaultDateFormat":"dmy","wgMonthNames":["","January","February","March","April","May","June","July","August","September","October","November","December"],"wgMonthNamesShort":["","Jan","Feb","Mar","Apr","May","Jun","Jul","Aug","Sep","Oct","Nov","Dec"],"wgRelevantPageName":"Resources/Template_Documentation","wgUserId":1817,"wgUserEditCount":0,"wgUserRegistration":1557059995000,"wgUserNewMsgRevisionId":null,"wgIsProbablyEditable":false,"wgRestrictionEdit":[],"wgRestrictionMove":[]});
 +
}</script><script>if(window.mw){
 +
mw.loader.implement("user.options",function($,jQuery){mw.user.options.set({"ccmeonemails":0,"cols":80,"date":"default","diffonly":0,"disablemail":0,"editfont":"default","editondblclick":0,"editsectiononrightclick":0,"enotifminoredits":0,"enotifrevealaddr":0,"enotifusertalkpages":1,"enotifwatchlistpages":1,"extendwatchlist":0,"fancysig":0,"forceeditsummary":0,"gender":"unknown","hideminor":0,"hidepatrolled":0,"imagesize":2,"math":1,"minordefault":0,"newpageshidepatrolled":0,"nickname":"","norollbackdiff":0,"numberheadings":0,"previewonfirst":0,"previewontop":1,"rcdays":7,"rclimit":50,"rows":25,"showhiddencats":0,"shownumberswatching":1,"showtoolbar":1,"skin":"igem","stubthreshold":0,"thumbsize":5,"underline":2,"uselivepreview":0,"usenewrc":1,"watchcreations":1,"watchdefault":1,"watchdeletion":0,"watchlistdays":3,"watchlisthideanons":0,"watchlisthidebots":0,"watchlisthideliu":0,"watchlisthideminor":0,"watchlisthideown":0,"watchlisthidepatrolled":0,"watchmoves":0,"watchrollback":0,
 +
"wllimit":250,"useeditwarning":1,"prefershttps":1,"language":"en","variant-gan":"gan","variant-iu":"iu","variant-kk":"kk","variant-ku":"ku","variant-shi":"shi","variant-sr":"sr","variant-tg":"tg","variant-uz":"uz","variant-zh":"zh","searchNs0":true,"searchNs1":false,"searchNs2":false,"searchNs3":false,"searchNs4":false,"searchNs5":false,"searchNs6":false,"searchNs7":false,"searchNs8":false,"searchNs9":false,"searchNs10":false,"searchNs11":false,"searchNs12":false,"searchNs13":false,"searchNs14":false,"searchNs15":false});},{},{});mw.loader.implement("user.tokens",function($,jQuery){mw.user.tokens.set({"editToken":"0a01daa1c813c6c2dc420febf993afe0+\\","patrolToken":"6bc9eb4357326fc0635615e4f27f0418+\\","watchToken":"151bcf6668aaf2784b71b46ac46a4579+\\"});},{},{});
 +
/* cache key: 2019_igem_org:resourceloader:filter:minify-js:7:7846161d434a545962d1f00908a98090 */
 +
}</script>
 +
<script>if(window.mw){
 +
mw.loader.load(["mediawiki.page.startup","mediawiki.legacy.wikibits","mediawiki.legacy.ajax"]);
 +
}</script>
  
−
<div class="column full_size judges-will-not-evaluate">
 
−
<h3>★  ALERT! </h3>
 
−
<p>This page is used by the judges to evaluate your team for the <a href="https://2019.igem.org/Judging/Medals">medal criterion</a> or <a href="https://2019.igem.org/Judging/Awards"> award listed below</a>. </p>
 
−
<p> Delete this box in order to be evaluated for this medal criterion and/or award. See more information at <a href="https://2019.igem.org/Judging/Pages_for_Awards"> Instructions for Pages for awards</a>.</p>
 
−
</div>
 
−
 
−
 
−
<div class="clear"></div>
 
−
 
−
 
−
<div class="column full_size">
 
−
<h1> Modeling</h1>
 
−
 
−
<p>Mathematical models and computer simulations provide a great way to describe the function and operation of BioBrick Parts and Devices. Synthetic Biology is an engineering discipline, and part of engineering is simulation and modeling to determine the behavior of your design before you build it. Designing and simulating can be iterated many times in a computer before moving to the lab. This award is for teams who build a model of their system and use it to inform system design or simulate expected behavior in conjunction with experiments in the wetlab.</p>
 
−
 
−
</div>
 
−
<div class="clear"></div>
 
−
 
−
<div class="column full_size">
 
−
<h3> Gold Medal Criterion #3</h3>
 
−
<p>
 
−
Convince the judges that your project's design and/or implementation is based on insight you have gained from modeling. This could be either a new model you develop or the implementation of a model from a previous team. You must thoroughly document your model's contribution to your project on your team's wiki, including assumptions, relevant data, model results, and a clear explanation of your model that anyone can understand.
 
−
<br><br>
 
−
The model should impact your project design in a meaningful way. Modeling may include, but is not limited to, deterministic, exploratory, molecular dynamic, and stochastic models. Teams may also explore the physical modeling of a single component within a system or utilize mathematical modeling for predicting function of a more complex device.
 
−
</p>
 
−
 
−
</div>
 
−
 
−
<div class="column two_thirds_size">
 
−
<h3>Best Model Special Prize</h3>
 
  
−
<p>
+
    <!--  -->
−
To compete for the <a href="https://2019.igem.org/Judging/Awards">Best Model prize</a>, please describe your work on this page  and also fill out the description on the <a href="https://2019.igem.org/Judging/Judging_Form">judging form</a>. Please note you can compete for both the Gold Medal criterion #3 and the Best Model prize with this page.  
+
    <!--    Favicons-->
−
<br><br>
+
    <!--    =============================================-->
−
You must also delete the message box on the top of this page to be eligible for the Best Model Prize.
+
   
−
</p>
+
   
 +
    <meta name="theme-color" content="#ffffff">
 +
    <!--  -->
 +
    <!--    Stylesheets-->
 +
    <!--    =============================================-->
 +
    <!-- Default stylesheets-->
 +
    <link href="assets/lib/bootstrap/dist/css/bootstrap.min.css" rel="stylesheet">
 +
    <!-- Template specific stylesheets-->
 +
    <link href="assets/lib/loaders.css/loaders.min.css" rel="stylesheet">
 +
    <link href="https://fonts.googleapis.com/css?family=Hind+Madurai:300,400,500,600,700|Playfair+Display:400,400i,700,700i,900,900i" rel="stylesheet">
 +
    <link href="assets/lib/hamburgers/dist/hamburgers.min.css" rel="stylesheet">
 +
    <link href="assets/lib/font-awesome/css/font-awesome.min.css" rel="stylesheet">
 +
    <link href="assets/lib/lightbox2/dist/css/lightbox.css" rel="stylesheet">
 +
    <link href="assets/lib/flexslider/flexslider.css" rel="stylesheet">
 +
    <!-- Main stylesheet and color file-->
 +
    <link href="assets/css/style.css" rel="stylesheet">
 +
    <link href="assets/css/custom.css" rel="stylesheet">
 +
</head>
 +
 +
    <body data-spy="scroll" data-target=".inner-link" data-offset="60">
 +
        <main>
 +
           
 +
            <div class="loading" id="preloader">
 +
                <div class="h-100vh d-flex align-items-center justify-content-center background-white">
 +
                    <div>                       
 +
                        <img src="assets/images/amenities.jpg" style="width:5%;  position:absolute; left: 46%; top: 43%">
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="znav-container znav-transparent mt-4" id="znav-container">
 +
                <div class="container">
 +
                   
 +
                    <nav class="navbar navbar-expand-lg">
 +
                        <a class="navbar-brand overflow-hidden pr-3 fs-3" href="index.html">iGEM
 +
                            <span class="d-none d-lg-inline-block">Tsinghua</span>
 +
                        </a>
 +
                        <button class="navbar-toggler" type="button" data-toggle="collapse" data-target="#navbarNavDropdown" aria-controls="navbarNavDropdown" aria-expanded="false" aria-label="Toggle navigation">
 +
                            <div class="hamburger hamburger--emphatic">
 +
                                <div class="hamburger-box">
 +
                                    <div class="hamburger-inner"></div>
 +
                                   
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </button>
 +
                        <div class="collapse navbar-collapse" id="navbarNavDropdown">
 +
                            <ul class="navbar-nav font-2 fs-1">
 +
                                <li>
 +
                                    <a href="index.html"><span class="fa fa-home"></span> Home</a>
 +
                                   
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <a href="Team.html">Team</a>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <a href="JavaScript:void(0)">Project</a>
 +
                                    <ul class="dropdown fs-0">
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Description.html">Description</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Experiments.html">Experiments</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Demonstration.html">Results</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Notebook.html">Notebook</a>
 +
                                        </li>
 +
                                       
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Attributions.html">Attributions</a>
 +
                                        </li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <a href="JavaScript:void(0)">Model</a>
 +
                                    <ul class="dropdown fs-0">
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Model.html">Part I</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Model2.html">Part II</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Model3.html">Part III</a>
 +
                                        </li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    <a href="JavaScript:void(0)">Parts</a>
 +
                                    <ul class="dropdown fs-0">
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Basic.html">Basic</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Composite.html">Composite</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Improve.html">Improve</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Characterization.html">Characterization</a>
 +
                                        </li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </li>
 +
                               
 +
                                <li>
 +
                                    <a href="JavaScript:void(0)">Human Practices</a>
 +
                                    <ul class="dropdown fs-0">
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Human_Practices.html">Overview</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="General.html">General</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Integrated.html">Integrated</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Safety.html">Safety</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li>
 +
                                            <a href="Collaborations.html">Collaborations</a>
 +
                                        </li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </li>
 +
                            </ul>
 +
                           
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                    </nav>
 +
                   
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
           
 +
            <div class="flexslider flexslider-simple h-box parallax">
 +
                <div id="whiteMask"><a href="#afterwhiteMask">
 +
                    <img src="assets/images/whitemask.png"></a>
 +
                </div>
 +
               
 +
                <canvas id="myCanvas" width="1536" height="673"></canvas>
 +
                <ul class="slides">
 +
                    <li data-zanim-timeline="{}">
 +
                        <section class="py-0 text-center">
 +
                            <div class="background-holder overlay" style="background-image:url(assets/images/indexSlider1.jpg);"> </div>
 +
                            <!--/.background-holder-->
 +
                            <div class="container">
 +
                                <a class="down-indicator" href="#target-down-indicator"></a>
 +
                                <div class="row align-items-center py-8 parallax h-box" data-inertia='{"weight":1.5}' data-rellax-speed="2">
 +
                                    <div class="col">
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h6 class="text-uppercase color-white fs--1 fs-lg-0 font-2 ls" data-zanim='{"delay":0.2}'>Tsinghua 2019</h6>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h1 class="color-white fs-5 fs-lg-7" data-zanim='{"delay":0.1}'>LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION</h1>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <!--/.row-->
 +
                            </div>
 +
                            <!--/.container-->
 +
                        </section>
 +
                    </li>
 +
                    <li data-zanim-timeline="{}">
 +
                        <section class="py-0 text-center">
 +
                            <div class="background-holder overlay" style="background-image:url(assets/images/indexSlider2.jpg);"> </div>
 +
                            <!--/.background-holder-->
 +
                            <div class="container">
 +
                                <a class="down-indicator" href="#target-down-indicator"></a>
 +
                                <div class="row align-items-center py-8 parallax h-box" data-inertia='{"weight":1.5}' data-rellax-speed="2">
 +
                                    <div class="col">
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h6 class="text-uppercase color-white fs--1 fs-lg-0 font-2 ls" data-zanim='{"delay":0.2}'>Tsinghua 2019</h6>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h1 class="color-white fs-5 fs-lg-7" data-zanim='{"delay":0.1}'>LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION
 +
                                            </h1>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <!--/.row-->
 +
                            </div>
 +
                            <!--/.container-->
 +
                        </section>
 +
                    </li>
 +
                    <li data-zanim-timeline="{}">
 +
                        <section class="py-0 text-center">
 +
                            <div class="background-holder overlay" style="background-image:url(assets/images/indexSlider3.jpg);"> </div>
 +
                            <!--/.background-holder-->
 +
                            <div class="container">
 +
                                <a class="down-indicator" href="#target-down-indicator"></a>
 +
                                <div class="row align-items-center py-8 parallax h-box" data-inertia='{"weight":1.5}' data-rellax-speed="2">
 +
                                    <div class="col">
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h6 class="text-uppercase color-white fs--1 fs-lg-0 font-2 ls" data-zanim='{"delay":0.2}'>Tsinghua 2019</h6>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h1 class="color-white fs-5 fs-lg-7" data-zanim='{"delay":0.1}'>LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION</h1>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <!--/.row-->
 +
                            </div>
 +
                            <!--/.container-->
 +
                        </section>
 +
                    </li>
 +
                    <li data-zanim-timeline="{}">
 +
                        <section class="py-0 text-center">
 +
                            <div class="background-holder overlay" style="background-image:url(assets/images/indexSlider4.jpg);"> </div>
 +
                            <!--/.background-holder-->
 +
                            <div class="container">
 +
                                <a class="down-indicator" href="#target-down-indicator"></a>
 +
                                <div class="row align-items-center py-8 parallax h-box" data-inertia='{"weight":1.5}' data-rellax-speed="2">
 +
                                    <div class="col">
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h6 class="text-uppercase color-white fs--1 fs-lg-0 font-2 ls" data-zanim='{"delay":0.2}'>Tsinghua 2019</h6>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h1 class="color-white fs-5 fs-lg-7" data-zanim='{"delay":0.1}'>LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION</h1>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <!--/.row-->
 +
                            </div>
 +
                            <!--/.container-->
 +
                        </section>
 +
                    </li>
 +
                    <li data-zanim-timeline="{}">
 +
                        <section class="py-0 text-center">
 +
                            <div class="background-holder overlay" style="background-image:url(assets/images/indexSlider5.jpg);"> </div>
 +
                            <!--/.background-holder-->
 +
                            <div class="container">
 +
                                <a class="down-indicator" href="#target-down-indicator"></a>
 +
                                <div class="row align-items-center py-8 parallax h-box" data-inertia='{"weight":1.5}' data-rellax-speed="2">
 +
                                    <div class="col">
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h6 class="text-uppercase color-white fs--1 fs-lg-0 font-2 ls" data-zanim='{"delay":0.2}'>Tsinghua 2019</h6>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h1 class="color-white fs-5 fs-lg-7" data-zanim='{"delay":0.1}'>LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION</h1>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <!--/.row-->
 +
                            </div>
 +
                            <!--/.container-->
 +
                        </section>
 +
                    </li>
 +
                    <li data-zanim-timeline="{}">
 +
                        <section class="py-0 text-center">
 +
                            <div class="background-holder overlay" style="background-image:url(assets/images/indexSlider6.jpg);"> </div>
 +
                            <!--/.background-holder-->
 +
                            <div class="container">
 +
                                <a class="down-indicator" href="#target-down-indicator"></a>
 +
                                <div class="row align-items-center py-8 parallax h-box" data-inertia='{"weight":1.5}' data-rellax-speed="2">
 +
                                    <div class="col">
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h6 class="text-uppercase color-white fs--1 fs-lg-0 font-2 ls" data-zanim='{"delay":0.2}'>Tsinghua 2019</h6>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="overflow-hidden">
 +
                                            <h1 class="color-white fs-5 fs-lg-7" data-zanim='{"delay":0.1}'>LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION</h1>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <!--/.row-->
 +
                            </div>
 +
                            <!--/.container-->
 +
                        </section>
 +
                    </li>
 +
                </ul>
 +
                <span id="afterwhiteMask"></span>
 +
            </div>
 +
            <section class="text-center text-lg-left py-9 background-white">
 +
                <div style="margin-left:auto;margin-right:auto;right: 0;width: 800px;" id="highlight_head">
 +
                    <div style="position: absolute;top:140px;left:220px;height: 280px;width: 30px;background-image:linear-gradient(to bottom, rgb(252, 106, 8), rgb(0, 162, 255));">
 +
                       
 +
                    </div>
 +
                    <p class="fs-5" style="text-indent: 60px;word-spacing: 15px;">
 +
                        In order to precisely control the velocity of biochemical reactions, we applied phase separation system coupled with light induction in E.coli.
 +
                    </p>
 +
                   
 +
                </div>
 +
                <div style="height: 10px;"></div>
 +
                <hr width="1100">
 +
                <div style="height: 20px;"></div>
 +
                <div>
 +
                   
 +
                   
 +
                   
 +
                   
 +
                    <div class = "row" id="highlight1">
 +
                        <div class="col-1"></div>
 +
                        <div class = "col-4">
 +
                            <div style="position:relative">
 +
                                <img src="assets/images/indexhighlight1.png" width="80%">
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-6">
 +
                            <div class="circle" style="position: absolute;left: -30px;top:3px;background-image: linear-gradient(to right, #2f80ed,#56ccf2);;"></div>
 +
                            <div class="index_para" style="width: 90%;"><h1>Phase separation system</h1>
 +
                                <p class="fs-3" style="margin: 1cm 0 1cm 0; text-indent: 1cm;">We constructed the first artificial phase separation system ever in prokaryotes. These droplets in E.coli exhibit similar spherical shape and high fluidity as they were in eukaryotes. By creating membraneless organelles in a cell, phases could realize the redistribution of various targets, including proteins and small organic molecules.</p>
 +
                                <button style="background-image: linear-gradient(to right, #2f80ed,#56ccf2);">Read more</button>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                            <div class="col-1"></div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                    <div style="height:100px"></div>
 +
                    <div class = "row" id="highlight2">
 +
                        <div class="col-2">
 +
                           
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-5">
 +
                            <div class="circle" style="position: absolute;left: -30px;top:3px;background-image: linear-gradient(to right,#fbc7d4, #9796f0);"></div>
 +
                            <div class="index_para" style="width: 100%;"><h1>Photo-activated switch</h1>
 +
                                <p class="fs-3" style="margin: 1cm 0 1cm 0; text-indent: 1cm;">We use laser as a switch to control our system in a high spatial-temporal resolution. Within a few seconds, target proteins would redistribute into existing phases. After incubated in dark for several minutes, targets can reverse to previous smear state.</p>
 +
                                <button style="background-image: linear-gradient(to right, #fbc7d4, #9796f0);">Read more</button>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                        <div class = "col-4">
 +
                            <div style="position:relative">
 +
                                <img src="assets/images/indexhighlight2.png" width="100%">
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-1"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <div class = "row" id="highlight3">
 +
                        <div class="col-1"></div>
 +
                        <div class = "col-4">
 +
                            <div style="position:relative">
 +
                                <img src="assets/images/indexhighlight3.png" width="80%">
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-6">
 +
                            <div class="circle" style="position: absolute;left: -30px;top:3px;background-image: linear-gradient(to right, #ffafbd,#ffc3a0);"></div>
 +
                            <div class="index_para" style="width: 85%;"><h1>Modelling our system</h1>
 +
                                <p class="fs-3" style="margin: 1cm 0 1cm 0; text-indent: 1cm;">We modelled the phase separation system and coupled enzymatic reactions using a differential equation model and a collision model of chemical reactions. The model conceptually explained how phase separation would regulate downstream reactions, and provided insights for enzyme concentration and phase separation system selection. In addition, an interactive interface based on the model is presented on our wiki.</p>
 +
                                <button style="background-image: linear-gradient(to right, #ffafbd,#ffc3a0);">Read more</button>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                            <div class="col-1"></div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                   
 +
                    <div style="height:150px"></div>
 +
                    <div class = "row" id="highlight4">
 +
                        <div class="col-2">
 +
                           
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-5">
 +
                            <div class="circle" style="position: absolute;left: -30px;top:3px;background-image: linear-gradient(to right, #ffe259,#ffa751);;"></div>
 +
                            <div class="index_para" style="width: 90%;"><h1>Downstream reactions</h1>
 +
                                <p class="fs-3" style="margin: 1cm 0 1cm 0; text-indent: 1cm;">Enzymes of proper size could be recruited into phases by using photo-activated switch. Selecting substrates of proper solubility according to our model, we realized the regulation of enzymatic reactions.</p>
 +
                                <button style="background-image: linear-gradient(to right, #ffe259,#ffa751);">Read more</button>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                        <div class = "col-4">
 +
                            <div style="position:relative">
 +
                                <img src="assets/images/indexhighlight4.png" style="float:right" width="80%">
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-1"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <div style="height: 10px;"></div>
 +
                    <div class = "row" id="highlight5">
 +
                        <div class="col-1"></div>
 +
                        <div class = "col-4">
 +
                            <div style="position:relative">
 +
                                <img src="assets/images/indexhighlight5.png" width="90%">
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-6">
 +
                            <div class="circle" style="position: absolute;left: -30px;top:3px;background-image: linear-gradient(to right, #f8ffae,#43c6ac);;"></div>
 +
                            <div class="index_para" style="width: 84%;"><h1>Improvement</h1>
 +
                                <p class="fs-3" style="margin: 1cm 0 1cm 0; text-indent: 1cm;">Enrichment of CRY2 in phase include both homo-aggregation of itself and hetero-aggregation of CRY2 and CIB1. By introducing point mutation to C terminal of CRY2, we attenuate homo-aggregation of CRY2 in dark, increasing the threshold of light induction. This improvement may also be helpful for teams who want to modify the sensitivity of their light-controlled information-processing system.</p>
 +
                                <button style="background-image: linear-gradient(to right, #f8ffae,#43c6ac);">Read more</button>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                            <div class="col-1"></div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                    <div style="height: 90px;"></div>
 +
                    <div class = "row" id="highlight6">
 +
                            <div class="col-2">
 +
                           
 +
                                </div>
 +
                        <div class="col-5">
 +
                            <div class="circle" style="position: absolute;left: -30px;top:3px;background-image: linear-gradient(to right, #a8ff78,#78ffd6);;"></div>
 +
                            <div class="index_para" style="width: 90%;"><h1>Downstream reactions</h1>
 +
                                <p class="fs-3" style="margin: 1cm 0 1cm 0; text-indent: 1cm;">Enzymes of proper size could be recruited into phases by using photo-activated switch. Selecting substrates of proper solubility according to our model, we realized the regulation of enzymatic reactions.</p>
 +
                                        <button style="background-image: linear-gradient(to right, #a8ff78,#78ffd6);">Read more</button>
 +
                            </div>
 +
                           
 +
                        </div>
 +
                       
 +
                        <div class = "col-4">
 +
                            <div style="position:relative">
 +
                                <img src="assets/images/indexhighlight6.png" style="float:right" width="80%">
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-1"></div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
  
−
</div>
+
               
 +
                <div class="container">
 +
                   
 +
                </div>
 +
            </section>
 +
            <section class="text-center text-lg-left py-9 background-white" id="target-down-indicator">
 +
                <div class="container">
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-lg-4">
 +
                            <a href="gallery.html">
 +
                                <div class="hoverbox">
 +
                                    <img src="assets/images/thumb-gallery.jpg" alt="" />
 +
                                    <div class="hoverbox-primary-content as-hoverbox-content d-flex align-items-center justify-content-center h-100">
 +
                                        <h3 class="color-white">Gallery</h3>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="hoverbox-content p-4">
 +
                                        <div class="hoverbox-bg d-flex align-items-center justify-content-center h-100"></div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-lg-4 mt-4 mt-lg-0">
 +
                            <a href="amenities.html">
 +
                                <div class="hoverbox">
 +
                                    <img src="assets/images/thumb-amneities.jpg" alt="" />
 +
                                    <div class="hoverbox-primary-content as-hoverbox-content d-flex align-items-center justify-content-center h-100">
 +
                                        <h3 class="color-white">Amneities</h3>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="hoverbox-content p-4">
 +
                                        <div class="hoverbox-bg d-flex align-items-center justify-content-center h-100"></div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-lg-4 mt-4 mt-lg-0">
 +
                            <a href="packages.html">
 +
                                <div class="hoverbox">
 +
                                    <img src="assets/images/thumb-packages.jpg" alt="" />
 +
                                    <div class="hoverbox-primary-content as-hoverbox-content d-flex align-items-center justify-content-center h-100">
 +
                                        <h3 class="color-white">Packages</h3>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="hoverbox-content p-4">
 +
                                        <div class="hoverbox-bg d-flex align-items-center justify-content-center h-100"></div>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                            </a>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                    <div class="row mt-6">
 +
                        <div class="col-lg-4">
 +
                            <h3 class="color-primary ls">An
 +
                                <em>inviting </em>escape</h3>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="col-lg-8">
 +
                                <p>Crafted with Bootstrap 4, Hideaway is perfectly responsive to every devices available. Thousands of CSS helper classes let you customize this template in any way you want, without writing any code. This is a dummy text that
 +
                                    you can change customize as you like with your description.</p>
 +
                                    <a class="btn btn-outline-primary mt-2 mt-lg-4 py-lg-3 px-lg-4 fw-300" href="#">Our History</a>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                            <!--/.row-->
 +
                        </div>
 +
                        <!--/.container-->
 +
                    </section>
 +
                    <section class="text-center overflow-hidden py-11">
 +
                        <div class="background-holder overlay overlay-2 parallax" style="background-image:url(assets/images/cta.jpg);" data-rellax-percentage="0.5"> </div>
 +
                        <!--/.background-holder-->
 +
                        <div class="container">
 +
                            <div class="row">
 +
                                <div class="col">
 +
                                    <h1 class="color-white fs-4 fs-lg-7 mb-5">Eagerly
 +
                                        <em>waiting </em>to welcome you.</h1>
 +
                                        <a class="btn btn-outline-white btn-lg d-none d-lg-inline-block" href="#">Book Your Stay</a>
 +
                                        <a class="btn btn-outline-white d-lg-none" href="#">Book Your Stay</a>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 +
                                <!--/.row-->
 +
                            </div>
 +
                            <!--/.container-->
 +
                        </section>
 +
                        <section class="text-center py-9">
 +
                            <div class="container">
 +
                                <div class="row">
 +
                                    <div class="col-xl-6">
 +
                                        <h6 class="fs-0 mb-4 color-primary">123 Fake Street, Stone Ridge, NY 12345</h6>
 +
                                        <div class="p-2">
 +
                                            <div class="row">
 +
                                                <div class="col">
 +
                                                    <div class="googlemap" data-latlng="41.8333925,-88.0123393" data-scrollwheel="false" data-icon="assets/images/map-marker.png" data-zoom="15" data-theme="Default" style="height: 353px;">
 +
                                                        <div class="marker-content py-3">
 +
                                                            <h5 class="color-primary">The
 +
                                                                <em>Hideaway </em>Resort</h5>
 +
                                                                <p class="fs--1">A nice description about your place
 +
                                                                    <br/>Customize it as you want.</p>
 +
                                                                </div>
 +
                                                            </div>
 +
                                                        </div>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="col-xl-6 mt-6 mt-xl-0">
 +
                                                <a class="d-inline-block mx-1 mx-lg-2 font-1 color-primary mb-lg-4" href="#">Instagram</a>
 +
                                                <span>/</span>
 +
                                                <a class="d-inline-block mx-1 mx-lg-2 font-1 color-primary mb-lg-4" href="#">Facebook</a>
 +
                                                <span>/</span>
 +
                                                <a class="d-inline-block mx-1 mx-lg-2 font-1 color-primary mb-lg-4" href="#">Twitter</a>
 +
                                                <div class="row no-gutters mt-4 mt-lg-0">
 +
                                                    <div class="col-md-6 col-lg-4 p-1">
 +
                                                        <a href="assets/images/feature/3.jpg" data-lightbox="image" data-title="my caption">
 +
                                                            <img src="assets/images/feature/3.jpg" alt="" />
 +
                                                        </a>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-md-6 col-lg-4 p-1">
 +
                                                        <a href="assets/images/feature/8.jpg" data-lightbox="image" data-title="my caption">
 +
                                                            <img src="assets/images/feature/8.jpg" alt="" />
 +
                                                        </a>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-md-6 col-lg-4 p-1">
 +
                                                        <a href="assets/images/feature/5.jpg" data-lightbox="image" data-title="my caption">
 +
                                                            <img src="assets/images/feature/5.jpg" alt="" />
 +
                                                        </a>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-md-6 col-lg-4 p-1">
 +
                                                        <a href="assets/images/feature/1.jpg" data-lightbox="image" data-title="my caption">
 +
                                                            <img src="assets/images/feature/1.jpg" alt="" />
 +
                                                        </a>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-md-6 col-lg-4 p-1">
 +
                                                        <a href="assets/images/feature/6.jpg" data-lightbox="image" data-title="my caption">
 +
                                                            <img src="assets/images/feature/6.jpg" alt="" />
 +
                                                        </a>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-md-6 col-lg-4 p-1">
 +
                                                        <a href="assets/images/feature/12.jpg" data-lightbox="image" data-title="my caption">
 +
                                                            <img src="assets/images/feature/12.jpg" alt="" />
 +
                                                        </a>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                            </div>
 +
                                        </div>
 +
                                        <!--/.row-->
 +
                                    </div>
 +
                                    <!--/.container-->
 +
                                </section>
 +
                                <section class="text-center pb-3">
 +
                                    <div class="background-holder overlay overlay-2" style="background-image:url(assets/images/footer-bg.jpg);background-position: top;"> </div>
 +
                                    <!--/.background-holder-->
 +
                                    <div class="container">
 +
                                        <div class="row justify-content-center">
 +
                                            <div class="col-12">
 +
                                                <h4 class="mb-2 color-white">Join the
 +
                                                    <em>Hideaway </em>Newsletters</h4>
 +
                                                    <p class="mb-0 color-9">Subscribe to our mailing list to receive updates and promotional offers.</p>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="col-md-10 col-lg-7 col-xl-5 mt-4">
 +
                                                    <form method="post">
 +
                                                        <div class="row align-items-center no-gutters">
 +
                                                            <div class="col-md-8 px-2">
 +
                                                                <input class="form-control" type="hidden" name="to" value="username@domain.extension" />
 +
                                                                <input class="form-control border-color-white" type="text" placeholder="Enter Email Here" /> </div>
 +
                                                                <div class="col-md-4 px-2 mt-3 mt-md-0">
 +
                                                                    <button class="btn btn-block btn-white" type="submit">
 +
                                                                        <span>Submit</span>
 +
                                                                    </button>
 +
                                                                </div>
 +
                                                            </div>
 +
                                                        </form>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                                <div class="row mt-8 fs--1">
 +
                                                    <div class="col-lg-auto ml-lg-auto order-lg-2 mb-2 mb-lg-0">
 +
                                                        <a class="d-inline-block mx-2 color-8" href="#">Home</a>
 +
                                                        <a class="d-inline-block mx-2 color-8" href="#">Book Now</a>
 +
                                                        <a class="d-inline-block mx-2 color-8" href="#">Contact</a>
 +
                                                        <a class="d-inline-block mx-2 color-8" href="#">Events</a>
 +
                                                        <a class="d-inline-block mx-2 color-8" href="#">Policies</a>
 +
                                                        <a class="d-inline-block mx-2 color-8" href="#">Term + Conditions</a>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class="col-lg text-lg-left">
 +
                                                        <div class="color-8">&copy; Hideaway 2018 | Template crafted by
 +
                                                            <a class="color-8" href="https://themewagon.com/" target="_blank">Themewagon</a>
 +
                                                        </div>
 +
                                                    </div>
 +
                                                </div>
 +
                                                <!--/.row-->
 +
                                            </div>
 +
                                            <!--/.container-->
 +
                                        </section>
 +
                                    </main>
 +
                                    <!--  -->
 +
                                    <!--    JavaScripts-->
 +
                                    <!--    =============================================-->
 +
                                    <script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/modernizr/2.8.3/modernizr.min.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/lib/jquery/dist/jquery.min.js"></script>
 +
                                    <script src="https://cdnjs.cloudflare.com/ajax/libs/popper.js/1.11.0/umd/popper.min.js" integrity="sha384-b/U6ypiBEHpOf/4+1nzFpr53nxSS+GLCkfwBdFNTxtclqqenISfwAzpKaMNFNmj4" crossorigin="anonymous"></script>
 +
                                    <script src="assets/lib/bootstrap/dist/js/bootstrap.min.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/js/googlemap.js"></script>
 +
                                   
 +
                                    <script src="assets/lib/imagesloaded/imagesloaded.pkgd.min.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/lib/jquery-menu-aim/jquery.menu-aim.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/lib/gsap/src/minified/TweenMax.min.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/lib/gsap/src/minified/plugins/ScrollToPlugin.min.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/lib/CustomEase.min.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/js/config.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/lib/rellax/rellax.min.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/js/zanimation.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/js/inertia.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/lib/lightbox2/dist/js/lightbox.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/lib/flexslider/jquery.flexslider-min.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/js/core.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/js/main.js"></script>
 +
                                    <script src="assets/js/particleanimate.js"></script>
 +
                                </body>
  
  
−
<div class="column third_size">
 
−
<div class="highlight decoration_A_full">
 
−
<h3> Inspiration </h3>
 
−
<p>
 
−
Here are a few examples from previous teams:
 
−
</p>
 
−
<ul>
 
−
<li><a href="https://2018.igem.org/Team:GreatBay_China/Model">2018 GreatBay China</a></li>
 
−
<li><a href="https://2018.igem.org/Team:Leiden/Model">2018 Leiden</a></li>
 
−
<li><a href="https://2016.igem.org/Team:Manchester/Model">2016 Manchester</a></li>
 
−
<li><a href="https://2016.igem.org/Team:TU_Delft/Model">2016 TU Delft</li>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:ETH_Zurich/modeling/overview">2014 ETH Zurich</a></li>
 
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Waterloo/Math_Book">2014 Waterloo</a></li>
 
−
</ul>
 
−
</div>
 
−
</div>
 
  
 
</html>
 
</html>

Revision as of 12:38, 16 October 2019


Tsinghua Documentation - 2019.igem.org
  • Tsinghua 2019

    LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION

  • Tsinghua 2019

    LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION

  • Tsinghua 2019

    LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION

  • Tsinghua 2019

    LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION

  • Tsinghua 2019

    LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION

  • Tsinghua 2019

    LIGHT-INDUCED PHASE SEPARATION

In order to precisely control the velocity of biochemical reactions, we applied phase separation system coupled with light induction in E.coli.

Phase separation system

We constructed the first artificial phase separation system ever in prokaryotes. These droplets in E.coli exhibit similar spherical shape and high fluidity as they were in eukaryotes. By creating membraneless organelles in a cell, phases could realize the redistribution of various targets, including proteins and small organic molecules.

Photo-activated switch

We use laser as a switch to control our system in a high spatial-temporal resolution. Within a few seconds, target proteins would redistribute into existing phases. After incubated in dark for several minutes, targets can reverse to previous smear state.

Modelling our system

We modelled the phase separation system and coupled enzymatic reactions using a differential equation model and a collision model of chemical reactions. The model conceptually explained how phase separation would regulate downstream reactions, and provided insights for enzyme concentration and phase separation system selection. In addition, an interactive interface based on the model is presented on our wiki.

Downstream reactions

Enzymes of proper size could be recruited into phases by using photo-activated switch. Selecting substrates of proper solubility according to our model, we realized the regulation of enzymatic reactions.

Improvement

Enrichment of CRY2 in phase include both homo-aggregation of itself and hetero-aggregation of CRY2 and CIB1. By introducing point mutation to C terminal of CRY2, we attenuate homo-aggregation of CRY2 in dark, increasing the threshold of light induction. This improvement may also be helpful for teams who want to modify the sensitivity of their light-controlled information-processing system.

Downstream reactions

Enzymes of proper size could be recruited into phases by using photo-activated switch. Selecting substrates of proper solubility according to our model, we realized the regulation of enzymatic reactions.

Gallery

Amneities

Packages

An inviting escape

Crafted with Bootstrap 4, Hideaway is perfectly responsive to every devices available. Thousands of CSS helper classes let you customize this template in any way you want, without writing any code. This is a dummy text that you can change customize as you like with your description.

Our History

Eagerly waiting to welcome you.

Book Your Stay Book Your Stay
123 Fake Street, Stone Ridge, NY 12345
The Hideaway Resort

A nice description about your place
Customize it as you want.

Instagram / Facebook / Twitter

Join the Hideaway Newsletters

Subscribe to our mailing list to receive updates and promotional offers.

Home Book Now Contact Events Policies Term + Conditions
© Hideaway 2018 | Template crafted by Themewagon