Difference between revisions of "Team:SEU/Software"

(Undo revision 338589 by YeZiwen (talk))
 
(107 intermediate revisions by 3 users not shown)
Line 1: Line 1:
−
{{SEU:Header}}
+
{{SEU/Header}}
 
<html>
 
<html>
−
<!-- 解决官网bug的 CSS -->
 
 
<style>
 
<style>
 
       .diagramWhole{
 
       .diagramWhole{
Line 11: Line 10:
 
             overflow:auto;
 
             overflow:auto;
 
             float: center;
 
             float: center;
−
           
+
 
 
         }
 
         }
 
       .diagram{
 
       .diagram{
Line 32: Line 31:
 
             overflow:auto;
 
             overflow:auto;
 
             float: center;
 
             float: center;
−
           
+
 
 
         }
 
         }
−
         .inputDiagram {  
+
         .inputDiagram {
−
             border:0px;  
+
             border:0px;
 
             /*background-image:url(images/long-input.png);  */
 
             /*background-image:url(images/long-input.png);  */
−
             background-repeat:no-repeat;  
+
             background-repeat:no-repeat;
−
             background-position-x:right;  
+
             background-position-x:right;
−
             padding-left:3px;  
+
             padding-left:3px;
−
             padding-right:3px;  
+
             padding-right:3px;
−
             height:18px;  
+
             height:18px;
−
             font-size:11px;  
+
             font-size:11px;
−
             width:70px;  
+
             width:70px;
−
         }  
+
         }
 
         .buttonBackpropagation{
 
         .buttonBackpropagation{
 
           border: 0;
 
           border: 0;
Line 50: Line 49:
 
           height: 155px;
 
           height: 155px;
 
           background: url(https://static.igem.org/mediawiki/2019/d/d1/T--SEU--backpropagation.png);
 
           background: url(https://static.igem.org/mediawiki/2019/d/d1/T--SEU--backpropagation.png);
−
           background-repeat:no-repeat;
+
           background-repeat:no-repeat;
 
           background-size: 100%;
 
           background-size: 100%;
 
           border: 0px solid #4abe43;
 
           border: 0px solid #4abe43;
Line 68: Line 67:
 
           height: 155px;
 
           height: 155px;
 
           background: url(https://static.igem.org/mediawiki/2019/7/79/T--SEU--inputLayer.png);
 
           background: url(https://static.igem.org/mediawiki/2019/7/79/T--SEU--inputLayer.png);
−
           background-repeat:no-repeat;
+
           background-repeat:no-repeat;
 
           font-size: 0px;
 
           font-size: 0px;
 
           background-size: 100%;
 
           background-size: 100%;
Line 85: Line 84:
 
           height: 155px;
 
           height: 155px;
 
           background: url(https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/c7/T--SEU--activation.png);
 
           background: url(https://static.igem.org/mediawiki/2019/c/c7/T--SEU--activation.png);
−
           background-repeat:no-repeat;
+
           background-repeat:no-repeat;
 
           font-size: 0px;
 
           font-size: 0px;
 
           background-size: 100%;
 
           background-size: 100%;
Line 98: Line 97:
 
         }
 
         }
 
</style>
 
</style>
 +
 
     <meta charset="utf-8">
 
     <meta charset="utf-8">
−
    <link href="https://fonts.googleapis.com/css?family=Raleway:100,300,400,500,700,900" rel="stylesheet">
 
 
     <link href="https://2019.igem.org/Template:SEU/Home_CSS?action=raw&ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css">
 
     <link href="https://2019.igem.org/Template:SEU/Home_CSS?action=raw&ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css">
 
     <link href="https://2019.igem.org/Template:SEU/Home_CSS2?action=raw&ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css">
 
     <link href="https://2019.igem.org/Template:SEU/Home_CSS2?action=raw&ctype=text/css" rel="stylesheet" type="text/css">
 +
 +
 
         <div id="fullpage" class="fullpage-default">
 
         <div id="fullpage" class="fullpage-default">
 
             <div>
 
             <div>
Line 107: Line 108:
 
                     <div class="about-section">
 
                     <div class="about-section">
 
                         <div class="row justify-content-center">
 
                         <div class="row justify-content-center">
−
                             <div>
+
                             <div class="col-md-6">
 
                                 <div class="row">
 
                                 <div class="row">
−
                                     <div class="row justify-content-center">
+
                                     <div class="col-md-6.col-md-offset-3">
−
                                         <div>
+
                                         <br><br><br><br>
−
                                            <div class="about-contentbox">
+
                                        <h1>User Instruction</h1>
−
                                                <div>
+
                                        <p><font size="4">This tool is developed to generate DNA-based neural networks and corresponding DNA sequences. We simply provide the reactions that are required in a single neuron, as a layer of neural network can be directly implemented by combining each neuron.</font></p>
−
                                                    <br><br><br><br>
+
                                        <p><font size="4">To use this tool, users should firstly specify the number of inputs to a neuron by typing the value in the <b>Number</b> frame and click <b>Submit</b>. After clicking the <b>Submit</b> button, sequences will be generated and shown in the lower diagram. Users can also click the <b>Download Sequences</b> button to download the generated sequences as a .txt file.</font></p>
−
                                                        <h1>User Instruction</h1>
+
                                        <p><font size="4">By cliking on the three figures below the <b>Number</b> frame, reactions utilized in the three parts of the neuron will be shown respectively. Structures of DNA strands will be given in the upper diagram.</font></p>
−
                                                        <p align="left">This is a webpage tool which showcases DNA reactions utilized to synthesize a neural network and generates corresponding DNA sequences. We simply provide the reactions that are required in a single neuron, as a layer of neural network can be implemented by combining such objects.</p>
+
−
                                                        <p align="left">To use this tool, users should firstly specify the number of inputs to a neuron by typing the value in the <b>Number</b> frame and click <b>Submit</b>. After clicking the <b>Submit</b> button, sequences will be generated and showed in the lower diagram. Users can also click the <b>Download Sequences</b> button to download the generated sequences as a .txt file.</p>
+
−
                                                        <p align="left">By cliking on the three figures below the <b>Number</b> frame, reactions utilized in the three parts of the neuron will be shown respectively. Structures of DNA strands will be given in the upper diagram.</p>
+
−
                                       
+
−
                                                        <p>Though our theory is able to expand to construct a neuron with arbitrary inputs, due to the limitation of compute capacity of web browsers we limit the number of inputs of each neuron to 8.</p>
+
−
                                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/a8/T--SEU--tool.png" style="background-color: transparent;width:80%"><br><br>
+
−
                                                        <center>
+
−
                                                          Number:
+
−
                                                          <input type="text" id="number" name="number" value="">
+
−
                                                          <button onclick="clearCanvas();draw();showSeq();" type="submit">Submit</button><br><br>
+
−
                                                          <div id="alreadySubmit"></div>
+
−
                                                          <button onclick="clearCanvas();drawWeightedSum([2*DNAseperate,2*DNAseperate]);" class="buttonInputLayer">Click to show: Weighted Sum</button>
+
−
                                                          <button onclick="clearCanvas();drawSubNeuron([2*DNAseperate,2*DNAseperate]);" class="buttonActivation">Click to show: Activation</button>
+
−
                                                          <button onclick="clearCanvas();drawBackprop([2*DNAseperate,2*DNAseperate]);" class="buttonBackpropagation">Click to show: Backpropagation</button><br>
+
−
                                                      </center>
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                    <div>
+
−
                                                        <body>
+
  
−
                                                            <center>
+
                                        <p><font size="4">Our theory is able to construct a neuron with arbitrary number of inputs. However, due to the limitation of computation capacity of web browsers, we limit the number of inputs of each neuron to 8 (generation of a DNA-based neuron might take 0-20 seconds depending on the input size).</font></p>
−
                                           
+
                                        <center>
−
                                                                <div class="diagram" id="words">
+
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2019/a/a8/T--SEU--tool.png" style="background-color: transparent;width:80%"><br><br>
−
                                                                    <canvas id="canvas" width="2500" height="25000"></canvas><br>
+
                                        </center>
−
                                                                    <!-- <script type="text/javascript">draw();</script> -->
+
                                        <center>
−
 
+
                                        Number:
−
                                                                </div>
+
                                        <input type="text" id="number" name="number" value="">
−
 
+
                                        <button onclick="clearCanvas();draw();showSeq();" type="submit">Submit</button><br><br>
−
                                                                <button onclick="windowSeq();">Download Sequences</button>
+
                                        <div id="alreadySubmit"></div>
−
                                                                <div class="sequence" id="sequence">
+
                                        <button onclick="clearCanvas();drawWeightedSum([2*DNAseperate,2*DNAseperate]);" class="buttonInputLayer">Click to show: Weighted Sum</button>
−
                                                  <!--  <canvas id="seqCanvas" width="200" height="20000"></canvas> -->
+
                                        <button onclick="clearCanvas();drawSubNeuron([2*DNAseperate,2*DNAseperate]);" class="buttonActivation">Click to show: Activation</button>
−
                                                    <!-- <script type="text/javascript">draw();</script> -->
+
                                        <button onclick="clearCanvas();drawBackprop([2*DNAseperate,2*DNAseperate]);" class="buttonBackpropagation">Click to show: Backpropagation</button><br>
−
 
+
                                         </center>
−
                                                                </div>
+
−
                                           
+
−
                                                            </center>
+
−
                                                        </body>
+
−
                                   
+
−
                                                    </div>
+
−
                                                </div>
+
−
                                            </div>                                   
+
−
                                         </div>                    
+
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 163: Line 137:
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
−
   
+
        </div>       
−
    <!-- <script src="https://2019.igem.org/Template:SEU/Home_JS?action=raw&ctype=text/javascript" type="text/javascript"></script> -->
+
        <div id="fullpage" class="fullpage-default">
−
    <!-- <script src="https://2019.igem.org/Template:SEU/toolJS?action=raw&ctype=text/javascript" type="text/javascript"></script> -->
+
            <div>
−
    <script src="mainMess.js" type="text/javascript"></script>
+
                <div class="section-inner">
 +
                    <div class="about-section">
 +
                        <div class="row justify-content-center">
 +
                            <div class="col-md-10">
 +
                                <div class="row">
 +
                                    <div class="col-md-12">
 +
                                          <center>
 +
                                              <div class="diagram" id="words">
 +
                                                  <canvas id="canvas"  width="1700" height="25000"></canvas><br>
 +
                                                      <!-- <script type="text/javascript">draw();</script> -->
 +
                                              </div>
 +
                                              <button onclick="windowSeq();">Download Sequences</button>
 +
                                              <div class="sequence" id="sequence">
 +
                                                    <!--  <canvas id="seqCanvas"  width="200" height="20000"></canvas> -->
 +
                                                      <!-- <script type="text/javascript">draw();</script> -->
 +
                                              </div>
 +
                                          </center>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>                     
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div> 
 +
        </div>   
 +
    <script src="https://2019.igem.org/Template:SEU/toolJS?action=raw&ctype=text/javascript" type="text/javascript"></script>
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 06:35, 19 October 2019









User Instruction

This tool is developed to generate DNA-based neural networks and corresponding DNA sequences. We simply provide the reactions that are required in a single neuron, as a layer of neural network can be directly implemented by combining each neuron.

To use this tool, users should firstly specify the number of inputs to a neuron by typing the value in the Number frame and click Submit. After clicking the Submit button, sequences will be generated and shown in the lower diagram. Users can also click the Download Sequences button to download the generated sequences as a .txt file.

By cliking on the three figures below the Number frame, reactions utilized in the three parts of the neuron will be shown respectively. Structures of DNA strands will be given in the upper diagram.

Our theory is able to construct a neuron with arbitrary number of inputs. However, due to the limitation of computation capacity of web browsers, we limit the number of inputs of each neuron to 8 (generation of a DNA-based neuron might take 0-20 seconds depending on the input size).



Number: